История эта кончилась ничем. Летом 1863 года в «Московских ведомостях» поднялась буря «против малорусского литературного движения, коснувшаяся меня тем более, что в этой газете имя мое было выставлено на позор, как одного из преступных составителей замыслов, по мнению противников, грозивших опасностью государственному порядку. Пошли в ход слова: сепаратизм и украинофильство. Инсинуации давались преимущественно из Киева…На обвинения „Московских ведомостей“ я написал большое опровержение, но цензура его не пропустила. Тогда я обратился лично к министру внутренних дел Валуеву, который назначил мне свидание на своей даче на Аптекарском острове и сообщил мне, что, хотя мысль о написании популярных сочинений по-малорусски с целью распространения в народе полезных знаний не только не преступна, но и похвальна, однако в настоящее время правительство по своим соображениям считает нужным приостановить ее, чтобы не подать повода злонамеренным людям воспользоваться для иных целей и под видом дозволенного распространения в народе популярно-научных книг не дать им возможности распространять законопреступных подущений к мятежам и беспорядкам. Вслед за тем я узнал, что состоялось запрещение печатания по-малорусски книг, имеющих учебное значение. Я успел выпустить только первый выпуск „Священной истории“ Опатовича, у которого остались готовые два другие, и арифметику Конисского. Печатались еще два жития святых и остались также невыпущенными. Министр народного просвещения Головнин относился совершенно беспристрастно к вопросу о малорусской литературе… По его предложению я напечатал в „Журнале Министерства народного просвещенияu статью об особенностях малорусского наречия, дающих ему право самобытности в ряду славянских языков и не дозволяющих признать его ни видоизменением великорусского, ни польского».
Увы, Костомаров совершенно не понимал, что статьи в защиту языка становятся статьями в защиту народа, а защита народа — вещь запрещенная. Словом, все, что бы ни напечатал, ни решил сделать Костомаров, оказывалось крамолой и скандалом.
Угораздило его опубликовать в «Отечественных записках» исследование об Иване Сусанине. Эта работа тут же подверглась яростным нападкам. «Так как я доказывал, что история Сусанина украсилась разными добавлениями досужей фантазии и событие не могло происходить в таком виде, в каком привыкли видеть его и даже читать в учебниках, — поясняет ученый, — то сейчас нашлись ревнители патриотической славы, старавшиеся увидеть из этого моего поступка что-то неблагонамеренное. Началась составляться обо мне молва, будто я задаю себе задачу унижать доблестные русские личности и, как говорили, сводить с пьедестала и развенчивать русских героев. Укоры эти много раз заявлялись в литературе, расходились в обществе и повторялись даже такими людьми, которым, собственно, не было ни тепло ни холодно от того, будет ли прославлен или унижен какой-либо из деятелей русской истории минувших веков. До меня доходили слухи, что люди высокопоставленные в чиновной иерархии оскорблялись моим критическим взглядом на личность Сусанина и говорили, что я человек злонамеренный, желаю во что бы то ни стало унижать великие личности русской истории. Иные толковали это тем, что я, как малорус, хочу выставлять напоказ лица южнорусской истории и в противоположность им унижать севернорусских героев… Их выходки служили доказательством еще не прекратившегося господства детских взглядов и раболепства перед рутинными убеждениями, основанными на ложном патриотизме. Считали как бы вывескою благонамеренности в науке непременно восхвалять признанные доблести и в каждом критическом отношении к ним отыскивали что-то затаенное, нерасположенное к славе и чести отечества. Между тем истинная любовь историка к своему отечеству может проявляться только в строгом уважении к правде. Отечеству нет никакого бесчестия, если личность, которую прежде по ошибке признавали высокодоблестною, под критическим приемом анализа представится совсем не в том виде, в каком ее приучились видеть. Притом же не следовало забывать, что безусловно добродетельных и безупречных людей на свете не бывает и прежде не было. Все люди — с ошибками и пороками, и если мы не в состоянии указать на их темные стороны, то это служит только признаком нашего недостаточного уразумения этих личностей. Наконец, все века имели свои заблуждения и слабости, и великие люди этих веков часто не были чужды этих заблуждений и слабостей.