Россия и Германия сочетали антипольскую политику с дискриминацией католицизма. Со своей стороны, католическая церковь, до того не оказывавшая доверия заговорщикам-радикалам и склонная к поиску приемлемого для поляков компромисса с захватчиками, теперь вынуждена была оказать решительное сопротивление. Еще в 1863 г. негативно отнесшийся к восстанию архиепископ Варшавский Зыгмунт Щенсный-Фелинский выступил с осуждением репрессий, за что провел в ссылке 20 лет. После поражения восстания была уничтожена большая часть монастырей, взято под государственный контроль церковное имущество, а в 1867 г. польская католическая церковь была подчинена Римско-католической коллегии в Петербурге — учреждению, созданному по воле Александра II. С этим церковь не могла смириться. Апостольская столица разорвала отношения с Россией. Епископы отказывались повиноваться коллегии, особо строптивых священников депортировали в глубь России. Была также ликвидирована сохранявшаяся на востоке Королевства Польского униатская церковь, хотя ее тайная деятельность по-прежнему продолжалась. В начале 80-х годов, однако, произошло частичное примирение между Россией и Ватиканом, а вслед за этим давление на католическую церковь в польских землях России существенно ослабло. Петербург даже выразил согласие на избрание в 1883 г. нового архиепископа Варшавского, в недавнем прошлом ссыльнопоселенца — Винцентия Попеля. Вскоре, однако, произошло очередное ухудшение отношений между властями и католической церковью.
В польских землях Пруссии интенсивное наступление на польскую национальную идентичность и католицизм оказалось для властей безрезультатным. Архиепископ Гнезненско-Познанский Мечислав Ледуховский, который ради защиты интересов католической церкви и польской культуры был готов идти на сотрудничество с Пруссией, воспротивился принятию в 1873 г. законов, ставивших церковь в зависимость от государства. За это он провел два года в тюрьме, а потом вынужден был выехать в Рим. Преследованиям подверглись и многие другие епископы и священники, причем не только польские, но и немецкие. Католическая вера стала для поляков неотделимым элементом национального самосознания. Там, где национальная идентичность не успела сформироваться, особенно в Верхней Силезии, она складывалась на основе сохранения верности католическому вероисповеданию. Даже немецкое духовенство поддерживало деятельность, направленную на сохранение польского языка, чтобы оказывать влияние на большее число силезцев и противодействовать антикатолической кампании.
Методы «культуркампфа» привели к «полонизации» населения Верхней Силезии, и важную роль в этом сыграл местный деятель Кароль Мярка, с 1869 г. и до самой смерти в 1882 г. бывший редактором журнала «Католик». Полонизация означала приобщение к польской культуре; в меньшей степени она отражала национальное противостояние с немцами и самостоятельную политическую деятельность. Самосознание населения Верхней Силезии определялось конфессиональной, а не национальной принадлежностью. Иначе складывалась ситуация в Великой Польше, на территории Поморья и в Вармии, где поляки, как правило, исповедовали католицизм, а немцы — протестантизм. Национальные чувства усиливали религиозность, вера пробуждала патриотизм. Негативное для польского самосознания влияние «культуркампфа» сказалось лишь на Мазурах в Восточной Пруссии, где местное протестантское население, хотя и говорившее на одном из польских диалектов, но не обладавшее национальным сознанием, вместе с конфессиональными ценностями протестантизма усваивало и национальные немецкие черты, начиная таким образом отождествлять себя с немцами и отдаляясь от поляков. В конце 70-х годов XIX в. острота конфликта между властями и католической церковью сгладилась, и в следующем десятилетии постепенно наметился переход к компромиссу, однако в сознании поляков прусского государства принадлежность к католицизму еще долго оставалась основным признаком национальной самоидентификации.
Результатом «культуркампфа» стало в то же время оживление польской культурной и экономической деятельности. В польских землях Пруссии эти традиции восходили еще к 30-м годам. В 60-е годы, и особенно во время «культуркампфа» 70-х годов, идеи «органического труда» распространились в широких кругах. В городах развивалось кредитное вспомоществование, был создан Союз прибыльных обществ, которым в течение многих лет в качестве патрона руководил священник Петр Вавжиняк. Роль духовенства — единственной в польских землях Пруссии многочисленной группы образованных поляков — была чрезвычайно велика. В селах возникали крестьянские «земледельческие кружки», часто при помощи и руководстве помещиков и низшего духовенства. Патронат над ними был поручен представителю помещиков Максимилиану Яцковскому. Созданное в 1880 г. «Общество народных читален» стало позднее основой для создания публичных библиотек, и не только в Великой Польше, но и в других регионах Пруссии.