Оказавшись перед свершившимся фактом, «белые» поначалу не знали, что предпринять. Сложно было противодействовать стихии, особенно когда слухи о поддержке восставших в Англии, Австрии и во Франции вселяли бодрость духа. Лишь Пруссия сразу предложила России помощь, которой царь не счел нужным воспользоваться. «Белые» не хотели подчиняться радикалам, но, согласившись с позицией умеренных «красных», поддержали нового диктатора — Мариана Лянгевича, главу самой многочисленной повстанческой «партии», действовавшей под Кельцами. Под натиском объединенных сил русских войск Лянгевичу пришлось во второй половине марта перейти границу Австрии. Это стало последней попыткой длительного удержания восставшими значительной территории. С этого момента продолжали сражаться лишь отдельные отряды, а политическое руководство восстанием осуществляло тайное Национальное правительство, находившееся в Варшаве.
Несмотря на первоначальные военные успехи русской армии, ее громадный численный перевес и существенное превосходство в выучке и вооружении, восстание после первого кризиса охватило еще большую территорию. Из Королевства Польского оно перекинулось на восток, в Литву и католическую часть Белоруссии. Из польских земель Пруссии и Австрии направлялись в помощь деньги и оружие, шли тысячи добровольцев. Из подсчетов следует, что за время восстания в нем приняло участие более 200 тыс. человек. Это говорит о воле поляков к победе, об их отваге и национальных чувствах, но в меньшей степени о реальных успехах, поскольку много усилий было потрачено напрасно из-за организационных импровизаций и военной беспомощности, а также вследствие непрерывных споров между «красными» и «белыми» и между различными группировками двух лагерей.
Стало очевидно, что военными методами эту странную польско-русскую войну не выиграть. Поступали, однако, сведения от князя Владислава, сына Адама Чарторыского, ставшего после смерти отца лидером консервативного крыла эмиграции, о том, что Франция готовится к войне. Помочь ей должны были Англия и Австрия. События в Польше, безусловно, имели международный отклик: правительства поочередно направляли в Петербург ноты, общественное мнение поддерживало восставших, папа Пий IX предписал молиться за Польшу, для поляков собирались деньги и оружие, в Польшу отправлялись добровольцы. Все это создавало иллюзии, но в итоге оказалось, что потенциальных противников России слишком многое разделяет, чтобы это маловажное и несущественное для их политических интересов дело могло привести к международному конфликту. В Петербурге только поначалу всерьез относились к этому ропоту европейского недовольства, и поэтому в апреле была объявлена амнистия полякам и подтверждены прежние (от июня 1862 г.) привилегии. Когда опасения развеялись, а амнистия не привлекла особого внимания, летом 1863 г. царь отозвал из Королевства Польского великого князя Константина вместе с Велёпольским и назначил наместником фельдмаршала Федора Берга, который по примеру Паскевича должен был утопить восстание в крови. Это хорошо удавалось (еще с мая 1863 г.) виленскому генерал-губернатору Михаилу Муравьеву, прозванному Вешателем, который управлял северо-восточной частью бывших земель Речи Посполитой.
Ответом на ширившиеся репрессии и бездействие европейских держав стал рост радикальных тенденций в среде восставших. Самые крайние «красные» создали в сентябре новое Национальное правительство и попытались ответить на террор захватчиков собственным террором — покушениями на представителей российской власти. Неоднократные покушения на Берга не удались. Но импровизации было недостаточно, чтобы поддержать восстание. Место крайних «красных» заняли умеренные, которые уже 17 октября уступили место новому диктатору — Ромуальду Траугутту. Этот профессионал, опытный офицер русской армии, разделял близкие «белым» взгляды. Участвуя в восстании, он сначала командовал отрядом, затем в поисках поддержки отправился с миссией во Францию, чтобы самому удостовериться в намерениях ее правительства. Его убедили, что, если восстание продлится до весны, Франция окажет помощь Польше. Траугутт сделал все, чтобы «продержаться до весны»: он реорганизовал военные силы, создал гражданскую администрацию, подчинил их единому руководству, в политических действиях выдвинул на первый план задачу наделения крестьян землей, намереваясь добиться, таким образом, широкой народной поддержки. Ему удалось достичь некоторых успехов, но на полях сражений русские разбивали отряды восставших один за другим. Сам диктатор постоянно сталкивался с внутренними трудностями: «красные» не испытывали к нему доверия, так как он был «белым», в то время как «белые» не очень доверяли ему, считая, что многие его действия чересчур радикальны.