Судмалис находился на подпольном положении в Курземе со времени прорыва из окружения в Лиепае до осени 1942 года. Май и лето 1942 года Судмалис вел боевые действия в составе белорусского партизанского отряда, наполовину состоящего из латвийских бойцов, в Освейском районе. Судмалис пытался найти и организовать оставшихся в живых комсомольцев и сочувствующих, прошагал всю Латвию вдоль и поперёк. Положение было удручающим. Первые месяцы войны выкосили кадры – частично из-за прямых военных действий, частично по причине эвакуации комсостава, но большую опасность представляли местные коллаборанты. Они были хорошо знакомы с партактивом, составляли списки, хватали сочувствующих. Много комсомольцев было расстреляно и замучено в тюрьмах. Советское военное руководство не знало положения в Латвии в первый год войны, пока Судмалис не перешёл линию фронта и не представил обширные доклады о положении в республике. На их основе вырабатывались планы взаимодействия с подпольем.
Усилиями Судмалиса в Латвии было образовано подполье, в котором основную роль играли комсомольцы. Можно с полным правом сказать, что латвийская «Молодая Гвардия» целиком вынесла подпольную работу на своих плечах…
В Рижский Подпольный Центр под руководством Арвида Рендениекса входили: диверсионная группа Эрнеста Саулитиса, студенческая группа Виктории Мисы, группа рабочих завода «Вайрогс» Эрика Степиньша, группа Лигиты Рекшане. Организация занималась сбором данных, распространением листовок, укрытием евреев и военопленных, среди подпольщиков оказались два немецких распропагандированных солдата-дезертира. Осенью 1942 года организация антифашистов была разгромлена, а руководство и члены групп арестованы, впоследствии все были расстреляны. Тогда же в ноябре Судмалисом был создан Комитет Комсомола Латвии. Место в подполье занимали новые комсомольцы, всё более молодые, часто «вчерашние» школьники.
Общее политическое руководство партизанским и подпольным движением осуществлял первый секретарь ЦК КПЛ Ян Калнберзин, непосредственное руководство вела оперативная группа ЦК КПЛ. Руководителем штаба партизанского движения Латвии назначен полковник Артур Спрогис – начальник диверсионно-разведывательной школы, начальник разведотдела Западного фронта. Спрогис более известен участием в Гражданской войне в Испании и подготовкой диверсантов-комсомольцев, среди которых была Зоя Космодемьянская.
Отдельные разведгруппы проникали в Латвию с начала 1942 года, но продвинуться вглубь дальше восточных окраин не могли. Партизанские отряды действовали на стыке Латвии и Калининской области, Латвии и Белоруссии, но сама Латвия оставалась «терра инкогнита». Ближайшие белорусские леса были более надёжным прикрытием для партизан, имели достаточно сочувствующего населения.
В ноябре 1942 года Судмалис с Особым партизанским отрядом возвращается в Латвию, организует партизанские базы. Снова переходит линию фронта и снова назад – уполномоченным ЦК ВЛКСМ в Ригу. Снова организация подполья, групп и личное участие в операциях.
В тот же период была сформирована подпольная группа «Народные мстители» во главе с бежавшим из плена бывшим актёром ленинградского ТЮЗа Иваном Машировым. В неё вошли 170 человек: бежавшие советские военнопленные, латышские коммунисты и комсомольцы. В начале июля 1943 года гестапо раскрыло группу, все были расстреляны.
В 1942 году в Лиепае расстреляны подпольщики Борис Пелнен и Лина Янсоне, в октябре 1942 года попал в засаду в одном из домов Риги и отстреливался до последнего патрона Мартиньш Пога, в мае 1943 погиб в бою с полицаями организатор «Коммунистического Интернационала Молодёжи» Витольд Яунтиранс.
В феврале 1944 года Имант Судмалис и его соратники Малдис Скрейя (20 лет) и Джемс Банкович (19 лет) были схвачены латышской полицией. Через полтора месяца пыток Судмалис и Банкович были повешены, а Скрейя убит в машине-душегубке.
1943 г. Руководство Латвийской партизанской бригады (слева направо): командир Вильгельм Лайвиньш и комиссар Отомар Ошкалн
Постепенно с весны 1943 года закрепляются на территории Латвии партизанские бригады и отряды во главе с выдающимися командирами и комиссарами – Отомаром Ошкалном, Вилисом Самсоном, Вильгельмом Лайвинем, Андреем Мацпаном, Антоном Почем, Игнатом Кадаковским. С помощью Судмалиса было налажено активное взаимодействие с белорусскими партизанами. Отряды по необходимости делились бойцами, оказывали поддержку совместными действиями и вооружением. Успешные действия латвийских партизан способствовали привлечению населения восточной части Латвии в свои ряды.
Всего в Латвии в 1943 году действовало 1725, а в 1944 году – до 2700 советских партизан. Общее количество латвийских партизан и подпольщиков оценивается по разным советским источникам до 50 тысяч человек. В Латвийском партизанском штабе учтено 12 тысяч партизан, но не все партизанские отряды были в системе штаба.