Антиох начал управление Иерусалимом с провозглашения права иудеев беспрепятственно продолжать отправление в Иерусалиме культа, завещанного им предками, и по всей стране было издано распоряжение:
…Ни одному иноземцу не позволено вступать в то отделение святилища, которое закрыто и для иудеев, исключая тех из последних, которые посвящены на то и которым это разрешается местными законами. Далее было постановлено, что никто не смеет ввозить в город мясо лошадиное, или свинину, или диких или домашних ослов, кошек, лисиц, зайцев и вообще всех запрещенных иудеями животных. Также воспрещалось ввозить в город шкуры таких животных или держать их в городе; лишь издревле употреблявшиеся для жертвоприношений животные, которые необходимы при богослужении, могли находиться в пределах города. Всякий же, нарушивший какое-нибудь из этих постановлений, подвергался штрафу в три тысячи драхм серебром в пользу священнослужителей [18].
Но такая терпимость к особым запретам иудейской религии длилась недолго. После борьбы между различными группировками иудеев за сан иерусалимского первосвященника, кандидатуру которого утверждал селевкидский царь, некоторые из первых лиц Иудеи заявили Антиоху IV Эпифану, сыну Антиоха Великого, что хотят «отказаться от своих законов и своего государственного устройства и принять… греческую форму правления». Антиох Эпифан повел войско на Иерусалим, взял город и осквернил Храм. Руководила им жадность и желание овладеть богатствами Храма, но грабежом дело не окончилось. Царь «поставил на месте, где происходили жертвоприношения, алтарь и заклал на нем свинью», а затем приказал всем иудеям отказаться от почитания своего Бога и прекратить обрезание мальчиков, а отказавшихся подвергал мучениям. Преследования побудили народ к восстанию, вождем которого стал пожилой священник Маттафия (Матитьяѓу) и его сыновья, в том числе Иуда Маккавей (Йеѓуда Маккаби). Успех восстания, взятие Иерусалима и очищение Храма привели к тому, что род Маттафии стал правящей династией под именем Хасмонеев (в честь прадеда Маттафии). Вначале они правили как первосвященники, в дальнейшем — как цари, среди которых была и одна царица (Александра, вдова Александра Янная) [19].
Неудивительно, что по мере приближения к современности повествование Иосифа становится все подробнее. Некоторое время Хасмонеи наслаждались независимостью от власти Селевкидов, а затем приступили и к собственным завоеваниям за пределами иерусалимского региона, добавив к иудейской территории Галилею на севере и Идумею (область вокруг Хеврона) на юге. Однако внутридинастические раздоры дали великому римскому полководцу Гнею Помпею возможность вмешаться и после упорной осады (во время которой Помпей воспользовался тем, что евреи соблюдали субботу, чтобы насыпа́ть в это время вал) взять Иерусалим. Таким образом, как горько заметил Иосиф, евреи «утратили свою свободу и стали подвластны римлянам» [20]. В продолжение сетований Иосиф здесь же отмечает, что в результате этого просчета Хасмонеев «царская власть, которая прежде предоставлялась в виде почета родовитым первосвященникам, теперь стала уделом мужей из простонародья». Восхождение к царской власти в Иудее идумеянина Ирода Великого изображено как прямое следствие «реальной политики» римского сената. Сразу после заседания сената по этому вопросу римские должностные лица принесли языческую жертву в знак ратификации состоявшегося решения, помещенного затем в Капитолии. Власть над Иерусалимом Ирод получил только благодаря помощи римских войск. Но, невзирая на такое зловещее начало и на политическую нестабильность, вызванную не в последнюю очередь интригами многочисленных родственников самого Ирода, его правление было во многом выдающимся, а еврейский Храм был перестроен и отделан так великолепно, что дивились не только евреи, но и чужеземцы [21].