Евреям, как писал Иосиф Флавий, предстояло 400 лет мытарств, прежде чем они были спасены и под руководством Моисея и его брата Аарона, сыновей Амрама, «знатного происхождения еврея», вышли из Египта и направились через пустыню к Ханаану. Сам Моисей после сорока лет в пустыне и грандиозного откровения на горе Синай, где он получил от Бога законы и передал их своему народу, так и не достиг Земли обетованной. Смерть Моисея окутана тайной: «…Его вдруг окружила туча, и он скрылся в каком-то ущелье. Впрочем, в священных книгах он сам упомянул о своей смерти, из опасения, как бы люди не вздумали утверждать, будто бы он, вследствие особенной любви к нему со стороны Господа Бога, был взят прямо на небо». Нееврейский читатель, дошедший уже до конца четвертой книги этого длинного труда (и одолевший тем самым одну пятую его часть), мог к этому моменту небезосновательно испытывать некоторое недоумение — не в последнюю очередь оттого, что Иосиф не называет никого из своих главных героев иудеями, несмотря на высказанное во введении намерение показать, «кто такие по своему происхождению иудеи». Изложенный в книге I рассказ о том, как ангел нарек Иакова Израилем, даже не объясняет, почему Израилем называют евреев в целом [5].
Следующая часть национальной истории уже больше соответствует привычным для читателей Иосифа Флавия канонам исторического труда, так как повествование переходит к делам войны и политики. Евреи, как писал Иосиф, провели под командованием Иисуса Навина ряд военных кампаний против ханаанеев, в том числе ужасных великанов, «которые выдавались среди остальных людей огромным ростом и страшною внешностью… Еще и по сей день показываются их исполинские кости, и кто не видел их лично, тот не поверит, как чудовищно велики они». Завоеванная страна была разделена между коленами, но их успехи в земледелии привели к появлению богатства, а оно, в свою очередь, породило приверженность к удовольствиям и пренебрежение законами, переданными Моисеем. Божественное наказание за такую нечестивость приходило в виде кровавых гражданских войн, за которыми следовало порабощение чужеземцами (ассирийцами, моавитянами, амаликитянами, филистимлянами) и героические усилия вереницы судей, которым народ вручил власть над собой, чтобы они управляли им и вели его в бой против врагов. В определенный момент народ потребовал себе царя в качестве военного вождя, и престарелый судья Самуил (Шмуэль), который уже при рождении был избран Богом как руководитель народа, с одиннадцати лет получал от Бога прямые указания и пророчествовал, нехотя назначил Саула (Шауля) первым царем Иудейским и передал ему миссию войны с соседними народами, выполненную Саулом с лихвой [6].
На этой стадии повествования Иосиф прослеживает судьбу народа, который он именует то иудеями, то израильтянами, то евреями (по-видимому, без особой системы), в нескольких локальных войнах. Наследственные враги евреев амаликитяне, которых Бог повелел истребить, продолжали досаждать Израилю, так как Саул был недостаточно жестокосерден и решил пощадить царя амаликитян Агага, «пораженный красотою и статным ростом» врага. Но еще более настойчивым и опасным противником были филистимляне; против них евреи вели целый ряд кампаний, в ходе которых прославился как воин будущий царь Давид, избранный Богом на царство «не в награду за физическую красоту, а за достоинства духовные… [за то, что отличался] благочестием, любовью к справедливости, мужеством, повиновением». Когда Давид был еще отроком-пастухом, Самуил тайно помазал его на царство [7].
Когда Саул и его сын Ионафан погибли в битве с амаликитянами, Давид первым делом сложил на кончину царя и его сына элегии и хвалебные похоронные песни, которые, замечает Иосиф, сохранились до его времени. Затем Давид через пророка испросил указание от Бога, в каком городе ему следует править «коленом Иудовым», и получил приказ поселиться в Хевроне; остальной страной правил оставшийся в живых сын Саула. Результатом этого стала гражданская война, которая длилась много лет, пока сына Саула не убили сыновья его собственных сторонников, после чего все «старейшины народные, военачальники и тысяцкие» отправились в Хеврон и присягнули Давиду как царю, избранному Богом для спасения страны евреев от покорения филистимлянами. С большим соединенным войском всех колен (Иуды, Симеона, Левия, Вениамина, Ефрема, Манассии, Иссахара, Завулона, Неффалима, Дана и Асира, а также Рувима и Гада, наделы которых располагались по другую сторону Иордана) Давид отпраздновал в Хевроне свое провозглашение царем, а затем отправился в поход на Иерусалим. Иерусалим в то время населяли иевусеи — «народ хананейского племени». Повода для нападения на Иерусалим Иосиф не называет, но после того, как Давид взял крепость и отстроил город, он назвал его «градом Давидовым» и выбрал в качестве царской резиденции. От покорения Ханаана Иисусом Навином до взятия Иерусалима Давидом прошло 515 лет [8].