Но наиболее важными трудами Иоахима были комментарии на Св. Писание, которые он составил по просьбе Люция III, Урбана III и Климента III. Всех этих книг было три; в каждом событии Ветхого Завета Иоахим видит символическое предзнаменование соответствующего факта Нового Завета; это позволяло ему предсказывать будущее. Так, например, согласно его толкованию, человечество должно пройти три фазы: период закона Бога Отца до рождения Христа, затем период закона Сына Божия и, наконец, период закона Святого Духа. Он пришел к заключению, что Царство Сына, или Царство Нового Завета, продлится сорок два поколения, т. е. 1260 лет, а в 1260 г. Царство Святого Духа наследует Царству Сына. В сорок втором поколений произойдет очищение, но это будут такие бедствия, какие человек никогда еще не испытывал. После этого возродится религия; человек будет жить в мире, справедливости и радости. Вся вселенная узнает Бога, и слава Святого Духа будет сиять. Соблюдение обрядов религии не будет более необходимо. Возникнет новый монашеский орден и обратит мир. Так как созерцательная жизнь монаха сделается высшим выражением человечества, то весь мир обратится как бы в обширный монастырь.
Строя планы будущего величия человека, Иоахим выставляет Церковь глубоко предавшейся скупости и алчности; она не обращает внимания на своих детей, которых у нее похищают еретики. Он излагает прогрессивный характер отношений между Богом и человеком в течение последовательных фаз человечества. Первое Царство — Закон Бога Отца; второе, Закон Бога Сына, — Царство распятия на кресте; третье, Закон Святого Духа, будет Царством мира. В первом Царстве человек подчинен закону; во втором — любви к ближнему, в третьем он будет полностью одарен этой любовью. Первое Царство было царством рабства и наказания; второе — сыновнего повиновения и дела; третье будет Царством свободы и созерцания.
В то время как метафизические тонкости Иоахима по вопросу о Троице были осуждены, никто в эту эпоху не сознавал гораздо большей опасности его апокалиптических мечтаний; его сочинения не только не были сожжены как еретические, их высоко почитали папы; Иоахима считали пророком до того времени, пока его смелые подражатели не довели до крайностей выводов, естественно вытекавших из его теорий. Люди, подобные Иоахиму, не могли допустить, чтобы преступление и несчастье были последним уделом в условиях человеческого существования; отсюда вывод, что божеская жертва до этого времени мало содействовала приближению этой жизни к идеалу; а следовательно, христианство не должно было быть концом земного существования; это было только переходным состоянием, за которым последует новая эра; в Царстве Святого Духа закон любви, который тщетно проповедовало Евангелие, сделается наконец действительностью; люди, освободившись от плотских страстей, увидят наконец исполнение обещаний, которыми их так долго манили. Не было ничего опаснее этого для установившегося строя духовной и мирской Церкви. Тем не менее некоторое время эти умозрения Иоахима иногда привлекали к себе внимание, но не порицались. Первый отголосок этих писаний можно обнаружить у еретиков-аморийцев, которых уничтожили в Париже в 1210 г. Среди заблуждений, исповедуемых ими, указывали на верование в три эры. Происшедшие от них секты Ортлибентов и Братьев Свободного Духа не разделяли этой частности ереси аморийской.
Особенно горячо учения Иоахима приняли в Провансе и Лангедоке. Эти страны, изнуренные крестоносцами и инквизицией и далеко еще не примиренные с Церковью, искали в мечтаниях Иоахима утешение в бедствиях. Появился даже апостол, католичество которого было вне всякого сомнения, — Гуго из Дин, отшельник из Гийера, весьма известный своим образованием, красноречием и святостью жизни. Он был раньше францисканским провинциалом в Провансе, но отказался от этой должности ради удовлетворения своего стремления к аскетизму. Среди его близких друзей были самые известные францисканцы и генерал ордена Иоанн Пармский; они были горячими иоахитами, Гуго считал пророчества Иоахима откровениями Бога, распространял их в массах, и сам он считался пророком. Духовная фракция францисканцев, спиритуалы, быстро прониклась этими идеями: святые поучения Франциска и новое откровение были в целях честолюбия и обогащения ниспровергнуты людьми мирского направления; орден, долженствовавший быть зародышем человеческого искупления, с каждым днем все больше погружался в плотские заботы, а его святых мучили свои же товарищи. Так как Евангелие Христа и устав Франциска не могли спасти человечество, то необходимо было новое Евангелие. Иоахим предсказал рождение нового монашеского ордена, предназначенного руководить миром и Церковью во время блаженной эры Святого Духа. Францисканцы-спиритуалы, старавшиеся в то время сохранить во всей его строгости устав основателя, не сомневались, что под этим предсказанием подразумевались они.