Возраставшее обмирщение ордена вызывало постоянное волнение. Семьдесят два брата приготовили жалобу Иннокентию на Кресченцио; но последний получил от папы распоряжение наказать упорствующих, разослав их по двое по разным провинциям. Получив епископию Иези, Кресченцио сложил с себя сан генерала, и его преемником избрали в 1248 г. Джованни Борелли, более известного под именем Иоанна Пармского, который являлся в это время магистром богословия в Парижском университете. Новый генерал был одушевлен благочестивой ревностью к идеалу св. Франциска. Изгнанные спиритуалы были возвращены, и им предоставили право выбора местожительства. В течение трех первых лет Иоанн пешком посетил все монастыри ордена; часто оставаясь не узнанным, он наблюдал поведение монахов и, открывая свое имя, исправлял злоупотребления. Однако он не мог остановить все возраставшие стремления к ослаблению устава; в результате его усилий обострилось противостояние обеих партий. Несколько влиятельных членов ордена представили Александру IV формальные обвинения против Иоанна и его друзей.
Чтобы понять положение спиритуалов в ту эпоху и положение, которое они заняли позднее, необходимо вспомнить об одном из самых замечательных движений, которое зародилось в XIII в. В первых годах XIII в. умер Иоахим Флорийский; многие считают его основателем современного мистицизма. Происходя из богатой и знатной фамилии, получивший светское образование при дворе герцога Апулийского Иоахим в ранней молодости отправился на Восток и попал в Константинополь, когда там свирепствовала чума. Иоахима поразили бренность и суета этого мира.
С этого времени Иоахим посвятил свою жизнь служению Богу. Вернувшись на родину, он начал проповедовать среди народа. Но проповедь была запрещена мирянам, и он вступил в суровый цистерцианский орден. Назначенный аббатом в Кораццо, он бежал, но его силой вернули и заставили исполнять свои обязанности до 1181 г., когда он получил от Люция III разрешение сложить с себя сан. Он удалился в скит. Несмотря на свою любовь к уединению, он скоро очутился во главе нового ордена, устав которого, предписывающий нищету, был одобрен Целестином III в 1196 г. Вскоре орден распространился за пределы своего первого монастыря св. Джованни и основал несколько новых монастырей. В 1200 г., представляя все свои сочинения Св. Престолу, Иоахим утверждал, что они были вдохновлены свыше. В течение всей своей жизни он пользовался славой пророка. Мистицизм его апокалиптических размышлений только помог росту его славы пророка и ясновидца. Многие его пророчества производили глубокие впечатления не только на современников, но вплоть до XVI в. Однако своей огромной и продолжительной славе пророка Иоахим был менее обязан своим подлинным сочинениям, чем ходившим под его именем апокрифическим. Авторами этих обманов были францисканцы-пуритане.
Апокалипсические пророчества утверждали, что римская курия — продажная и хищническая; что римская Церковь — бесплодная смоковница, проклятая Христом. Авторы многих сочинений считали государство божеским орудием, предназначенным ниспровергнуть Церковь. Автор одного из таких сочинений показывает «скотской» мнимую свободу слова, которая сковывает свободу духа и позволяет проповеднику болтать только о плотских пороках. Мятежные слова возбуждали сильное движение внутри самого ордена. Через тринадцать лет после смерти Иоахима, в 1215 г., Латеранский собор осудил его теорию о Троице как ложную; ее опровержение было внесено в каноническое право, хотя уже в 1200 г. Иоахим представил все свои сочинения на суд Святого Престола и вполне подтвердил свою верность Церкви. Поэтому собор не осудил его и одобрил Флорийский орден. Тем не менее монахов клеймили как последователей еретика, пока они не получили в 1220 г. от Гонория III буллу, в которой Иоахим признавался добрым католиком и запрещалось наносить оскорбления его ученикам.