Он ошибся. Тимур был в ярости. Убийцу, несмотря на мольбы и увещевания, он отдал родичам удавленного. Хусейн ожидал, что та же участь постигнет и его. Тимур Хусейна не выдал, но гнев на него затаил до времени. Если Хусейн надеялся, что смерть несчастного хана остановит гнев Ильяс-Ходжи, он ошибся. Хан вел войска на Тимура.
Битва, получившая название битвы в трясине, произошла где-то на пути между Чамизом и Ташкентом. Свое название битва получила потому, что якобы монгольские шаманы, которых Ильяс-Ходжа всюду возил за собой, вызвали беспрецендентный ливень, земля совершенно размокла, и войска сражались в жидкой грязи. Тимур в этом бою получил страшное поражение. Однако победивший Ильяс-Ходжа, который было решил, что теперь Самарканд, коим владел тогда Хусейн, достанется ему, тоже ошибся.
Самарканд запер ворота перед монгольским ханом. Ильяс-Ходже пришлось осадить город. Но тут вдруг открылось, что в Самарканде началась эпидемия моровой язвы, осторожный Ильяс тут же поднял войско и ушел назад, в Моголистан. Трансоксиана осталась под властью Тимура, которому пришлось опять искать на престол нового хана. В момент этих государственных дел умерла его жена Альджуй. Больше ничего не связывало Тимура и Хусейна.
Припомнив тому все его прегрешения и измены, Тимур двинул свое войско на бывшего друга. В битве под Самаркандом эмир был разбит, но теперь им завладела безумная мысль поймать и уничтожить Тимура, что благодаря тимуровым осведомителям тут же стало тому известно. Воспользовавшись мятежами во владениях Хусейна, Тимур пошел на того войной. Города эмира пали. Сам Хусейн, лишившись всего, отправился простым паломником в Мекку, но где-то по пути в Святую Землю был убит.
Одни считают, что погиб эмир от руки разбойников, другие обвиняют в этом Тимура. Истина не известна никому. Как бы то ни было, избавившись от главного соперника, Тимур получил полную власть над Трансоксианой: 10 апреля 1370 года он был избран Великим Эмиром, причем провозглашение Тимура было обставлено так, как обычно провозглашали ханов: Тимура посадили на белую кошму, подняли вверх к самому небу и совершили девять земных поклонов, после чего передали ему в руки кубок. Но от ханской власти Тимур благоразумно отказался. В ханы был приглашен угедеид Сюургатмыш. Его тоже «избрали» и дали титул Великого хана. Но реальной властью хан не обладал. Эта власть целиком и полностью была сосредоточена в руках одного Тимура. Тем же летом Великий Эмир женился на дочери эмира Казагана и получил титул «царского зятя». Теперь он именовался как сахиб-киран Тимур-гураган.
С семидесятых годов XIV века сахиб-киран Тимур-гураган стал вести постоянные войны с соседними землями, понемногу присоединяя их к Трансоксиане. Первыми в этом списке были Хорасан и Герат, за ними последовал Самарканд, о котором Тимур мечтал. Самарканд стал столицей государства Тимура.
Вел гураган и войны с Моголистаном, ходил туда походами, которым счет был потерян. Если присоединить земли с оседлым населением было относительно просто, то Моголистан в этом плане был землей трудной — его население городов не имело, приходилось воевать с кочевыми племенами. Походы были постоянными и почти бесплодными: признавая власть Тимура, кочевники тут же «забывали» об этом, стоило только войскам уйти. Но для местных эмиров эти походы казались благом: ведь набеги с севера становились слабее и реже.
Немного усмирив моголистанцев, Тимур подчинил Хорезм. Ургенч был стерт с лица земли, а его жителей переселили в Самарканд. Были захвачены Систан и Мазенадаран. Это все земли родные, среднеазиатские, на них жили братья по вере — мусульмане. Но Тимура это никак не останавливало. Войны с соседями он вел с такой же точно жестокостью, как будто сражался с неверными. Священный джихад он объявил против мусульманских народов.
Первым исламским городом, который подвергся той примерно участи, что вражеский город при Чингисхане, был Исфарайин. Взяв город, Тимур приказал своим воинам вырезать всех его защитников, а простых горожан затоптать конями. Стены крепости были разрушены, а дома превратились в развалины. Такая же участь постигла Исфахан. Город был подожжен, а его защитники убиты.