Электрогидравлический автопилот АП-28Д или АП-28Д1 обеспечивал полет по заданному маршруту с сохранением требуемого эшелона, стабилизацию машины в вертикальной и горизонтальной плоскости, корректирование траектории набором высоты, снижением или плоскими разворотами. Кроме того, имелась возможность приведения самолета к горизонту, когда движениями рулей автоматически выдерживался курс, устранялись крены и сохранялось значение угла тангажа.
На Ан-12 устанавливалось оборудование, работавшее в системе слепой посадки СП-50 «Материк», состоявшее из курсового КРП-Ф и глиссадного ГРП-2 радиоприемников, а также маркерного радиоприемника МРП-56П «Маркер», служащего для фиксации пролета самолета над местом расположения приводной радиостанции, и дальномер СД-1М. Система обеспечивала выход в район аэродрома, определение направления оси самолета относительно ВПП путем пеленгации работы дальней и ближней приводных радиостанций, а также выполнение снижения. Для определения истинной высоты полета Ан-12 оборудовался радиовысотомером малых высот РВ-2 «Кристалл», работавшим в диапазоне от 0 до 1200 м. Самолет также комплектовался приёмоиндикаторным СПИ-1 из комплекта радиосистемы дальней навигации РСДН-1, служащим для определения местонахождения самолета в гиперболической системе координат.
Для связи с наземными командно-диспетчерскими пунктами и другими самолетами на большой дальности на Ан-12 использовалась мощная радиостанция 1РСБ-70 «Двина» с передатчиком Р-807 и приемником РПС, работавшая в диапазонах средних (СВ) и коротких (КВ) волн. Основной командной являлась КВ и СВ радиостанция РСБ-5 «Гелий» со средневолновым блоком СВБ-5 и приемником УС-8. Вторая командная станция РСИУ-4П (Р-801П) была ультракоротковолновой (УКВ). В случае одновременного отказа всех этих средств, в распоряжении экипажа оставался АРК, имевший аварийный канал связи. С его помощью можно было принимать команды руководителя полетов в телефонном или телеграфном режимах. В дальнейшем в ходе доработки и на новых модификациях машины устанавливались более совершенные средства связи. Внутрисамолетная связь между членами экипажа осуществлялась при помощи переговорного устройства СПУ-6, а с машины № 1509 для этого использовалось более современное СПУ-7 с двумя (основным и резервным) усилителями.
Все вышеперечисленное оборудование теоретически позволяло производить десантирование в ночное время при условии хорошей видимости, которая могла бы обеспечить достаточно точное выдерживание строя группы самолетов (и само приземление). Последнее было очень сложной задачей, которая была «по плечу» лишь опытным и слетанным экипажам. Вместе с тем выполнение одиночных полетов по приборам ночью и в плохую погоду для большинства экипажей ВТА постепенно становилось нормой.
С целью предупреждения экипажа об облучении PJIC противника на самолете устанавливалась станция предупреждения СПО-2М «Сирена-2М» с антенной в хвостовой части фюзеляжа. Для управления полетом самолета в сложных метеоусловиях, его вывода в район аэродрома, управления снижением при пробивании облачности и вывода на B1III Ан-12 комплектовался самолетным ответчиком СОД-57М системы слепой посадки «Глобус-2». Его дальность действия на высоте 1000 м с радиолокатором ПРЛ составляла 50 км, с локатором ДРЛ-Д — 75 км, а с РЛС 11–35 на высоте 10000 м — 200 км. Для определения самолетными, наземными и корабельными запросчиками системы «Кремний-2М» принадлежности машины к своим вооруженным силам и индивидуального опознавания на самолете устанавливался самолетный радиолокационный ответчик СРО-2 «Хром».