Защита летчиков от осколков снарядов и пуль обеспечивалась установкой под их креслами и по бортам кабины противоосколочной алюминиевой брони АПБЛ-1 толщиной 8 мм, кресла имели 16 мм бронеспинки из стали АБ-548 и 25 мм бронезаголовники. Вне гермокабины стрелка на шпангоуте подвешивался щит из брони КВК 2/5Ц толщиной 20 мм, а остекление его кабины состояло из 135 мм тыльного и двух 112 мм боковых бронестекол. Остекление по бокам кабины выполнялось из обычного оргстекла.
В полете с открытым грузовым люком длиной 7,67 м и шириной 2,36 — 2,95 м, проем которого закрывался двумя передними и одной задней створкой, машина испытывала небольшую тряску, не приводящую к ухудшению её управляемости. Тем не менее, при десантировании требовалось избегать резких маневров, так как это создавало трудности для покидающих самолет парашютистов или могло привести к удару платформ с грузом о конструкцию самолета.
Применение мощных турбовинтовых двигателей не только обеспечило повышение грузоподъемности Ан-12 вдвое и более по сравнению с предшественниками, но и позволило поднять другие важнейшие характеристики новой машины. На крейсерских режимах потолок машины поднялся на 2000–5000 м, дальность увеличилась на 500 — 1000 км, а скорость возросла на 150–200 км/ч. Несмотря на такой значительный рост лётных данных, новый самолет можно было эксплуатировать и с грунтовых аэродромов, чему в немалой степени способствовала как прочность конструкции и мощная силовая установка, так и шасси с пневматиками низкого давления. Давление в пневматиках колес главной стойки составляло 6–6,5 кг/см^2, а в передней — 5 кг/см^2. Передняя стойка с двумя нетормозными колесами К2-92/1 (900 х ЗбО мм) убиралась в фюзеляж назад по полету, а две главные стойки с четырехколесными тележками и тормозными колесами арочного типа КТ-77 (1050 х 300 мм) — в обтекатели по обоим бортам фюзеляжа. Их уборка выполнялась вдоль размаха крыла, по направлению к плоскости симметрии. Передняя стойка имела механизм поворота на угол до 35° в каждую сторону и управлялась от педалей летчика.
Рост летных и эксплуатационных данных положительно сказался на возможностях десантных и транспортных операций. Но требовалось не просто выбросить груз или десантников, надо было сделать это поточнее, выйдя к цели и уменьшив разброс. В боевых условия этот фактор мог оказаться решающим, поскольку в случае значительного разброса парашютистов и техники вся высадка могла затянуться или вообще оказаться под угрозой полного провала, о чем говорил как опыт многочисленных учений, так и десантных операций Второй Мировой войны. Кроме того, остро стоял вопрос о ночном и всепогодном применении Ан-8 и Ан-12. Для выполнения этого требования новые самолеты ВТА получили комплекс радиоэлектронных средств, сравнимый разве что с применяемым в бомбардировочной авиации того времени.
Ан-12 оснащался панорамным радиолокатором РБП-3, служащим для кругового обзора местности и определения места сброса десантников и грузов. Благодаря ей штурман мог определять расстояние до крупных объектов в пределах 180 километров от самолета, а при работе с наземным импульсным маяком-ответчиком, служащим для обозначения мест высадки, этот параметр увеличивался до 250 км. Кроме того, для навигационных задач использовались два комплекта радиокомпасов АРК-5 «Амур» и три компаса — магнитный КИ- 13, гироиндукционный ГИК-1 и дистанционный астрономический ДАК ДБ-5В, которые служили для выдачи информации о курсе и углах поворота самолета другим потребителям. С астрокомпасом ДАК ДБ-5В был связан авиационный перископический секстант СП-1М, служивший для определения географического места самолета по высоте и курсовому углу Солнца или других небесных тел.
Для сбора самолетов в воздухе и вывода в район десантирования Ан-12 оснащался станцией ПДСП-2С «Протон-М». Станция работала в двух режимах: запросчика наземного маяка системы «Протон» или в режиме запроса самолетов и ответчика. Кроме того, она могла использоваться для полета по маршруту. Для этих целей по его линии устанавливались стационарные наземные станции. Передающая двухштыревая антенна «Протона-М» размещалась под кабиной экипажа, а приемные антенны — под консолями крыла.