Оборонительное вооружение могло быть различным. У истребителей, создававшихся первоначально в ходе переоборудования из уже выпущенных бомбардировщиков, верхнюю часть задней полусферы простреливали два MG15, смонтированные в линзовых установках, а от атак сзади-снизу защищал крупнокалиберный MG131. Кроме того, у них стоял и ограниченно подвижный MG15 для стрельбы вперед и в стороны. Когда он находился в закреплённом положении, то его гашетка автоматически включалась в электросистему, с помощью которой пилот стрелял из носовой батареи. Но таких самолётов было выпущено буквально считанное количество. На основной массе Ju88C-4, с самого начала строившихся как дальние ночные истребители, для прикрытия задней полусферы снизу и сверху стояло всего по одному MG15.
На подходе была и следующая модификация — Ju88C-5 — отличавшаяся от «четвёрки» главным образом резко возросшей мощностью силовой установки. На этом самолёте конструкторы смонтировали новейшие зведообразные двухрядные двигатели воздушного охлаждения BMW801A, развивавшие на взлётном режиме 1600 л. с. и 1380 л. с. на 4600 м, что обеспечило заметный рывок в скоростных характеристиках для этой достаточно тяжёлой — массой свыше 12 тонн — машины. Максимальная скорость нового «ночного охотника» достигла 566–570 км/ч на высоте 6000 м.
Но в этой «бочке мёда» имелась и своя ложка дёгтя. Дело в том, что в большинстве высших германских штабов в то время превалировали наступательные взгляды на способ ведения борьбы, а ночные истребители по своей природе рассматривались как средство защиты. К тому же в ходе «Битвы за Англию», а также вторжения в Советский Союз немецкие бомбардировочные эскадры понесли серьёзные потери, которые требовалось срочно возмещать. Выяснилось также, что количество бомбардировочных частей в составе Люфтваффе абсолютно недостаточно для ведения войны сразу на трёх ТВД. В результате, хотя ежемесячный выпуск дальних ночных истребителей постепенно нарастал, их с трудом хватало даже на возмещение потерь всего лишь двух групп «ночных охотников». Ко всему прочему эти самолёты выпускались в варианте дневных машин и техническому персоналу ночной истребительной авиации в Леёвардене приходилось тратить массу времени на их переоборудование самолётов перед сдачей их в строевые части. Но и туда направлялись отнюдь не все выпускавшиеся самолёты этого типа. Причина заключалась в том, что эти машины также поступали на вооружение штабных подразделений бомбардировочных эскадр и эскадрилий тяжёлых истребителей этих же эскадр. Довольно большой популярностью эти самолёты пользовались у экипажей, воевавших в России.
Но эти достижения уже не имели большого значения, так как в ночь на 11 октября 1941 г. произошло на первый взгляд хотя и неприятное, но вместе с тем довольно тривиальное в практике ночных истребителей событие. Из очередного боевого вылета не вернулся экипаж одного из лучших асов I/NJG2 лейтенанта Ганса Гана. Как удалось выяснить уже после войны, в своём последнем боевом вылете его Ju88C-4 в ходе атаки врезался в заходящий на посадку «Веллингтон Mk.II» из состава 12-й эскадрильи. Почти пустые баки английского бомбардировщика, наполненные парами бензина, детонировали и в клубящейся вспышке взрыва, произошедшего на малой высоте нашли свою смерть оба экипажа.
Хотя счет жертв немецких «ночных охотников» к этому времени зашкалил уже за сотню сбитых, а косвенный урон, понесённый Королевскими ВВС вполне ощутимо измерялся ещё примерно в полтысячи разбившихся в ночное время машин разных типов, но понесённые «ночными охотниками» потери, по мнению высшего командования, были довольно чувствительными. На свои авиабазы не вернулись 35 «Дорнье» и «Юнкерсов», 10 из которых были утрачены по эксплуатационным причинам. Другие статистические данные почти годового периода деятельности I/NJG2 выглядели следующим образом: экипажи выполнили 1603 боевых вылета, в ходе которых сбросили на английские аэродромы 440 тонн бомб и заявили о 140 победах. При этом, как не трудно подсчитать, уровень собственных относительных потерь колебался в районе отметки 1,5 %, что было вполне приемлемой величиной, позволявшей накапливать в процессе боевых действий во фронтовых частях опытный лётный состав. Но у диктаторов, как известно, на всё имеются свои собственные отличные от других взгляды…