Король Иаков П, один из величайших ханжей, когда-либо сидевших на британском троне, старавшийся поддержать находящийся в упадке католицизм и даже вновь придать ему значение господствующей в Англии церкви, стал часто нарушать права своих протестантских подданных. Между прочим, за год до своего падения он отправил в Кембриджский университет письменное повеление дать диплом магистра изящных искусств (словесных наук) некоему Фрэнсису, невежественному бенедиктинскому монаху. При всей своей преданности монархии университет усмотрел в этом опасное нарушение своих прав, так как, создав прецедент, можно было ожидать бесконечного повторения таких случаев и легко могло бы случиться, что в конце концов в университетской конгрегации католики оказались бы в большинстве. По этим соображениям университет решительно воспротивился выдаче диплома Фрэнсису, и королевское повеление осталось неисполненным. Король повторил свой приказ, и притом в крайне угрожающей форме. Приближенные короля, большею частью тайные иезуиты, подливали масла в огонь, указывая, например, что чуть раньше Кембриджский университет дал звание магистра секретарю марокканского посольства и что, следовательно, университет почитает магометан больше, чем католиков, и марокканского султана более, чем своего законного государя. Повторные угрозы короля испугали некоторых малодушных, но большинство настаивало на прежнем решении. Вице-канцлер университета был по повелению короля вызван верховным церковным судом для объяснений. Тогда университет избрал из среды профессоров девять делегатов, которых послал для защиты университетских прав.
Несмотря на свою обычную сдержанность, отсутствие всяких ораторских талантов и уклонение от вопросов политической жизни, Ньютон на этот раз был в числе лиц, наиболее горячо отстаивающих права университета. Этот образ действии Ньютона, а также огромная слава, которою он пользовался со времени издания “Начал”, побудили товарищей избрать также Ньютона в число депутатов. Депутация доказывала перед судом, что королевский приказ не имеет ни одного прецедента и что в одном лишь частью сходном случае Карл II взял свой приказ назад. В конце концов Иаков II должен был уступить.
Энергичное участие Ньютона в этом деле заставило его друзей предложить автора “Начал” кандидатом в члены парламента. Между тем Иаков II бежал из Англии, опасаясь революции. В 1688 году Ньютон был действительно избран в парламент, хотя и незначительным большинством голосов, и заседал в так называемом Конвенте впредь до его роспуска. Свои парламентские обязанности Ньютон отправлял аккуратно лишь в течение двух лет, затем стал постоянно отлучаться в Кембридж. Он сам и его поклонники вскоре убедились в полнейшей неспособности Ньютона стать парламентским борцом. За все время пребывания в парламенте Ньютон произнес лишь одну знаменитую в своем роде речь: заметив, что во время речи другого оратора была открыта форточка, он обратился к сторожу с просьбою закрыть ее, чтобы оратор не простудился.
В 1689 году Ньютона постигло семейное горе: умерла от тифа его мать. Извещенный о ее болезни, он испросил в парламенте отпуск и поспешил к ней. Целые ночи проводил великий ученый у постели матери, сам давал ей лекарства и приготовлял горчичники и мушки, ухаживая за больной как самая лучшая сиделка. Но болезнь оказалась роковою. Смерть матери глубоко огорчила Ньютона и, быть может, немало способствовала сильной нервной раздражительности, проявившейся у него несколько позднее.
В начале 1692 года с Ньютоном произошло событие, потрясшее его нервную систему до такой степени, что в течение двух лет с некоторыми промежутками этот великий человек обнаруживал признаки явного душевного расстройства и были периоды, когда с ним случались припадки настоящего, так называемого тихого умопомешательства, или меланхолии.
Виновницею этого события была маленькая комнатная собачка, попавшая в историю: ее звали Алмаз (Дайамонд). В одно воскресное зимнее утро Ньютон по английскому обычаю пошел в церковь. Вставал он всегда рано, а потому с утра работал при свече и по своей вошедшей в пословицу рассеянности оставил ее на столе зажженной. Возвратясь домой и войдя в свой кабинет, он к своему ужасу увидел, что собачка перевернула свечу на разложенные на столе бумаги, в которых содержались результаты многолетних вычислений и опытов по химии и оптике. Увидев, что труды его пропали даром, Ньютон, говорят, воскликнул: “Ах, Алмаз, Алмаз, если бы ты знал, сколько беды ты мне наделал!” По-видимому, впоследствии близкие Ньютона боялись даже напомнить ему об этом событии, да и сам Ньютон лишь смутно сознавал, что с ним произошло. По крайней мере, ни в одном из писем Ньютона, ни в биографических данных, сообщаемых мужем его племянницы Кондюитом, нет ни малейшего намека на это роковое событие, достоверность которого, однако, не подлежит никакому сомнению.