Сталин считал важным делать положительными героями произведений на историческую тему тех средневековых монархов и правителей, которые стремились создать централизованные государства и жесткой рукой подавляли феодалов. Так, 11 октября 1940 года он направил председателю Комитета по делам кинематографии Ивану Большакову записку по поводу сценария фильма «Георгий Саакадзе»: «Сценарий Антоновской и Черного… кончается победой, апофеозом политики Саакадзе и самого Саакадзе. Но такой финал… не соответствует исторической действительности. На самом деле… политика Саакадзе, хотя и прогрессивная с точки зрения будущей перспективы Грузии, потерпела поражение (а сам Саакадзе погиб), так как Грузия времен Саакадзе не успела созреть для такой политики, т. е. для ее объединения в одно государство путем утверждения царского абсолютизма и ликвидации власти князей».
Производству фильма был дан «зеленый свет» как делу государственной важности. Уже 28 октября 1944 года состоялся просмотр первой серии фильма на большом художественном совете во главе со Сталиным. Иосиф Виссарионович фильмом остался очень доволен. 20 января 1945 года в кинотеатре «Ударник», расположенном в знаменитом Доме на набережной, состоялась премьера фильма. В этом было что-то символическое. Почти все жильцы этого дома партийной и советской элиты пали жертвами Большого террора 1937–1938 годов, в котором просматривалось явное сходство с опричниной. А теперь здесь демонстрировали фильм про творца опричного террора против неугодных бояр, с действий которого «великий кормчий» брал пример. Фильм был удостоен Государственной премии в январе 1946 года, но судьба его второй серии сложилась несчастливо.
После войны съемки второй серии фильма вдруг стали всячески тормозиться. Это стало одной из причин того, что 2 февраля 1946 года Эйзенштейна разбил обширный инфаркт. Из Кремлевской больницы Сергей Михайлович 14 мая 46-го года писал Сталину: «Физически я сейчас поправляюсь, но морально меня очень угнетает тот факт, что Вы до сих пор не видели картины… К этому прибавляются еще всякие неточные и беспокоящие сведения, доходящие до меня, о том, что «историческая тематика» будто бы вообще отодвигается из поля внимания куда-то на второй и третий план… Картина является второй частью задуманной трилогии о царе Иване – между первой серией, которую Вы знаете, и третьей, которая еще должна сниматься и будет посвящена Ливонской войне. Чтобы оттенить оба эти широкие батальные полотна (в первой серии сюжет был вокруг взятия Казани, в третьей – вокруг первых побед русских в Ливонской войне. –
Этим письмом Эйзенштейн только накликал беду. В августе 1946 года Сталин наконец посмотрел только что смонтированную вторую серию фильма и очень расстроился: «Не фильм, а какой-то кошмар!»
Как бы в ответ на письмо Эйзенштейна Сталину 4 сентября 1946 года ЦК ВКП(б) принял постановление. Формально оно было посвящено идеологическому разгрому второй серии кинофильма Леонида Лукова «Большая жизнь», но там же досталось и Эйзенштейну за искажение русской истории и образов ее деятелей: «Режиссер С. Эйзенштейн во второй серии фильма «Иван Грозный» обнаружил невежество в изображении исторических фактов, представив прогрессивное войско опричников Ивана Грозного в виде шайки дегенератов, наподобие американского ку-клукс-клана, а Ивана Грозного, человека с сильной волей и характером, – слабохарактерным и безвольным, чем-то вроде Гамлета». Эти строчки явно были продиктованы самим генералиссимусом. «Историческая тематика» отнюдь не отошла на второй план, но в ней требовалось расставить строго определенные политические акценты.
Ранее исполнитель роли царя Ивана Николай Черкасов жаловался, что во второй половине фильма его герой превратился в нерешительного, слабохарактерного и безвольного человека. Теперь в постановлении ЦК вождь согласился с актером. Черкасов не ожидал такого эффекта. Нависла реальная угроза, что съемки фильма прекратятся. Черкасов и Эйзенштейн оказались в одной лодке, которая вот-вот могла перевернуться. Режиссер и актер написали Сталину письмо с просьбой о встрече. И эта встреча состоялась в Кремле в ночь с 24 на 25 февраля 1947 года в присутствии сталинского заместителя в Совете Министров Молотова и главного идеолога Жданова.
В ходе беседы Иосиф Виссарионович упрекнул Эйзенштейна: «Царь у вас получился нерешительный, похожий на Гамлета. Все ему подсказывают, что надо делать, а не он сам принимает решения… Царь Иван был великий и мудрый правитель, и если его сравнить с Людовиком XI (который готовил абсолютизм для Людовика XIV?), то Иван Грозный по отношению к Людовику на десятом небе. Мудрость Ивана Грозного состояла в том, что он стоял на национальной точке зрения и иностранцев в свою страну не пускал…» Об иностранцах-опричниках, вроде Штадена, Сталин предпочел забыть.