Однако и в 1898 году давно ожидаемое строительство не началось, и более того, из сметы Морского министерства Государственным советом был исключен кредит на постройку собора. Узнав об этом, отец Иоанн обратился с взволнованным письмом к начальнику Главного управления кораблестроения и снабжений вице-адмиралу В. П. Верховскому: «Из газет я узнал, что дело построения Морского Собора в Кронштадте отложено в долгий ящик, то есть до скончания или града сего, или и — самого века сего, близящегося к концу. Иначе понять не могу. Мы строим многомиллионные военные суда, казна отпустила 25 миллионов на укрепления Кронштадта; флотские силы обеспечены отличным содержанием; жилые помещения всех чинов морских отличаются простором и изяществом, чистотою и обилием света, а морской храм[74], который должен бы быть славою флота и России и — свидетельством веры и благочестия русских победоносных воинов — видом своим похож на самую убогую сельскую церковь, или — на деревянную коробку. Почти рядом с нею возвышают гордо верхи свои каменные лютеранские церкви, а православная — морская церковь стоит в постоянном принижении. Не за это ли Господь принижает и наш флот, погружая наши военные суда на дно морское? Не оттого ли наши частые морские несчастия? Не оттого ли взлетел в дыму на воздух многомиллионный канатный завод среди бела дня, на виду всех? Мало ли еще нам уроков от Бога? — Нам, русским, стыдно показать иностранцам морскую святыню, разумею церковь. Бог с вами, Господа! Доколе же это будет? Я, посторонний человек, со стороны примкнул к некоторым морякам, желающим благолепного храма, и положил начало, думая сколько-нибудь двинуть святое дело, — и неудача! Надо спешить строить храм, как вы спешите строить военные суда. Церковь — тот же корабль, которым управляет Сам Господь со Отцем и Духом Святым и лучше всяких военных судов может охранять не только флот, но и все воинство и всю Россию»[75].
Макаров, как новый «хозяин» города и порта, принял близко к сердцу возрождение Морского Никольского собора. Он возглавил комитет по сбору пожертвований на строительство главной морской святыни. С апреля 1901 года в личном дневнике вице-адмирала регулярно появляются записи о заседании комиссии по постройке Морского собора. Из них мы узнаем, что 27 октября 1901 года весь личный состав флотских экипажей и учебных отрядов в количестве 14 тысяч человек после молебна начал расчистку площади. Работы продолжались всю осень: были посажены деревья в овраге, прилегающем к месту постройки, расчищено место под фундамент. 1 сентября 1902 года Иоанн Кронштадтский в присутствии С. О. Макарова и многочисленных горожан совершил молебен на месте будущего храма. Даже уезжая в путешествие на родину, отец Иоанн в письмах не переставал интересоваться, как идут работы по сооружению собора[76].
Газетные сообщения начала 1900-х годов постоянно рисуют вместе отца Иоанна и С. О. Макарова «во всех делах благочестия и благотворительности». Так, 12 августа 1900 года отец Иоанн и Степан Осипович участвовали в проводах шести сестер милосердия, отправляющихся на Дальний Восток на пароходе-лазарете «Царица». В том же 1900 году отец Иоанн служил молебствие по поводу возобновления церкви во имя преподобного Иоанна Рыльского при гражданской тюрьме, на котором присутствовал военный губернатор Кронштадта. Макаров был инициатором открытия летом — осенью 1902 года в Кронштадте местного отделения Российского общества Красного Креста, председателем которого он и стал. Деятельность кронштадтского отделения особенно широко проявилась во время войны с Японией. Помимо сбора пожертвований общество снабжало больных и раненых воинов бельем, одеждой, обувью и медикаментами.
В дневнике Степана Осиповича есть записи, говорящие о том, что отец Иоанн был частым гостем в его доме: «1900. 19 февраля. Вечером была проба кинематографа у нас. Приехал отец Иоанн. Все время обеда скорбел, что не мог быть завтра. Приехал вечером смотреть кинематограф; 1900. 11 декабря. В 5 вечера прибыл Преосвященный Вениамин. Всенощная, а потом у нас обедали Владыка, отец Иоанн, отец Александр, архидиакон и <нрзб.>; 1901. 1 сентября. Приезд митрополита. Был у него в 6 часов вечера. Он, отец Иоанн и др. у нас затем ужинали».
Отец Иоанн неизменно поздравлял С. О. Макарова со всеми церковными праздниками, о чем свидетельствуют письма и записки батюшки, сохранившиеся вложенными в личный дневник вице-адмирала. Например, 8 апреля 1900 года отец Иоанн писал: «Позвольте соборному причту придти в Ваш дом прославить Воскресшего и поздравить Вас и супругу с высокоторжественным Светлым праздником. Не благоугодно ли Вам, чтобы мы прибыли к Вам в одиннадцать часов, до полудня?»