Прежде всего владыка создал в Холмогорах Архиерейский дом и Казенный приказ — учреждения, олицетворяющие распорядительно-исполнительную и контрольно-судебную власть архиепископа. Его уполномоченные — казначей, иеромонах, дьяк и целовальники — собирали с духовенства средства в государственную и архиерейскую казну, проверяли состояние церквей и приходов, деятельность священнослужителей. Основной его заботой стала первая северная столица — Холмогоры, которую называли «град многочеловечен». В 1685 году он лично заложил первый камень в основание кафедрального Спасо-Преображенского собора, строительство которого было закончено в 1691 году. При активном содействии холмогорского владыки строились каменные церкви в Архангельске и других поморских городах и волостях.
Афанасий был одним из немногих русских архиереев, которые поддерживали преобразования, проводимые в России Петром I. Можно даже сказать, что царь Петр и поморский владыка были в близких, дружеских отношениях. Этому способствовало трехкратное посещение царем-преобразователем Русского Севера, а также неоднократные поездки архиепископа Афанасия в столицу.
Во время своих приездов на Русский Север царь Петр неизменно выказывал симпатию и оказывал знаки внимания холмогорскому владыке. Среди его подарков — царский струг, карета на рессорах, церковная утварь, одеяния и книги. Во время войны со Швецией архиепископ Афанасий делал многое для того, чтобы ускорить победу России: отправлял колокола, предметы из красной меди и застольную посуду «на пушки и мортиры»; снабжал возводимые крепости строительным материалом и людьми.
На Русском Севере архиепископ Афанасий, как последователь реформ Никона, боролся со старообрядчеством, не останавливаясь и перед жестокими преследованиями. По его приказу раскольников, «скованных и связанных», со всей обширной епархии присылали в Холмогоры. Их содержали в тюрьме при Архиерейском доме, допрашивали и пытали, избивали и замораживали живьем, заставляя отказаться от веры.
Но несмотря не преследования, «старая вера» удержалась и даже распространилась по Русскому Северу. В одном из отчетов Архангельского губернского статистического комитета отмечалось: «Почти треть жителей Архангельской губернии более или менее живет убеждениями раскола. Одни открыто принадлежат к расколу, другие числятся православными, но по убеждению и жизни вполне раскольники, третьи находятся под сильным влиянием раскола»[12]. В конце XVIII века и в первой половине XIX века сохранению раскола способствовали разбросанные по отдаленным местам скиты и пустыни. Но, конечно, основным хранителем веры был простой народ.
«Заражены» старообрядчеством были и село Сура, и ближние к нему населенные пункты. Приход, куда входила Сура, состоял из 16 деревень. В них насчитывалось 258 дворов, где проживало 830 лиц мужского пола и 871 — женского. В большинстве своем это были люди православные. Но, как свидетельствует статистика, среди них было 215 человек обоего пола, относивших себя к раскольникам[13]. След пребывания раскольников усматривается и в том, что в церквях, а особенно в часовнях имевшиеся там образа почти все раскольнического письма. Несколько часовен сохранялись на протяжении веков и поблизости от Суры. Если подняться по крутым лестницам, то окажешься в маленьких комнатках с окошечками из слюды вместо стекол, сплошь уставленных старинными образами. Многие совершенно облупились; на других с трудом еще можно было рассмотреть лики и изображенные события.
Даже в приходской Введенской церкви в селе Сура, где служил Илья Сергиев (отец Иоанна Кронштадтского), обращал на себя внимание образ благоразумного разбойника: вокруг головы его сияние, в руках восьмиконечный крест, а пальцы правой руки сложены в двуперстие. То же встречается и на других иконах. На иконе с изображением Неопалимой Купины вокруг горящего куста расположены четыре евангелиста, но не в человеческих ликах, а в их символических изображениях: ангела, льва, тельца и орла, и головы всех их окружены сиянием.
Предки Ивана Ильича Сергиева (Иоанна Кронштадтского) по отцовской линии священствовали в этих местах на протяжении почти 350 лет. По всей видимости, они переселились в эти края из Великого Новгорода. В «Кратком историческом описании приходов и церквей Архангельской епархии» самое раннее упоминание фамилии «Сергиев» среди имен других церковнослужителей Пинежского уезда относится к 1687 году: Яков (Иаков) Сергиев в Сурском приходе. Затем в Чухченемском приходе того же уезда встречаем Михаила Сергиева (1755) и, возможно, его же в Сояльском приходе (до 1756 года). Священником в Сурском приходе был и дед Ивана — Михаил Никитич Сергиев (1779–1836)[14].