Как ни плохо было временами здоровье Иоанна, но он не оставляет без внимания свершающиеся в России политические, общественные события, включая и ситуацию в Государственной думе. Третьей думе суждено было вплотную подступиться к обсуждению вероисповедных законопроектов. Среди намеченных к обсуждению наиболее важными и принципиальными были законопроекты «Об изменении порядка перехода из одного исповедания в другое», «Об инославных и иноверных обществах», «Об отношении государства к отдельным вероисповеданиям», «Правила о старообрядческих и сектантских общинах». Все вместе, оставшись от революционной поры, когда власть обещала вероисповедные реформы, они направлены были на принципиальное изменение во взаимоотношениях государства и религиозных объединений. Однако поражение революции и поправение Думы делало их «непроходимыми», но это не остановило оппозицию, и она вступила в бой за принятие этих законопроектов. Ей противостояли партийные фракции, ориентировавшиеся на Столыпина и на сохранение в России православно-христианского государства. Но Иоанну Кронштадтскому суждено было присутствовать лишь при увертюре жесточайших парламентских баталий вокруг религиозных свобод. Его симпатии и поддержка, конечно, на стороне правых, проправительственных сил. Он не сомневается в антипатриотизме оппозиционных (кому?! — царю!) депутатов Третьей думы и просит Бога: «Господи, Владыка царств и народов! Разгони вскоре изменческую Думу Государственную, — да не будет ни одного из членов ея; избери угодных Тебе людей».
Достается от Иоанна людям известным и пишущим. Вот он дает резкую отповедь писателю В. Розанову, который, по его мнению, «ругает и хулит святыни». Он призывает Господа: «Запечатлей уста и иссуши пишущую руку у В. Розанова… защити Церковь Твою, поносимую от писаки Розанова… Смири его!»
Неустанно, как и ранее, обрушивается Иоанн на Льва Толстого. По его характеристике — «еретика, превосшедшего всех еретиков; богохульника, злейшего безбожника, смутившего весь мир». Заклинает: «Возьми его с земли — этот труп зловонный, гордостью своею посмердивший всю землю».
Иоанн всегда считал, что в основе многих народных бед лежит христианская непросвещенность народа. Нести истину Христову своим пасомым он считал главным делом священника. Он и Церковь в целом призывал к делу живой проповеди среди народа. Оттого-то заинтересованно реагирует Иоанн на обсуждение в феврале 1908 года в Синоде миссионерского дела. При Синоде учреждено было Особое совещание по делам внутренней и внешней миссии. В мае совещание утверждает новые «Правила об устройстве внутренней миссии православной церкви». В соответствии с ними миссия рассматривается как обязательное, организованное и постоянно действующее «епархиально-народное учреждение», то есть она становилась не только обязанностью специальных деятелей миссионеров, но и «всего народа». Все виды этой деятельности — церковноприходская, пастырско-приходская, специальная, состоявшая из уездного и епархиальных миссионеров, — направлялись и координировались правящими епископами, епархиальными советами и иными учреждениями, находящимися непосредственно в ведении епископа[272].
Одновременно принято было решение об организации повсеместно пастырских миссионерских курсов и о регулярном созыве епархиальных и всероссийских миссионерских съездов. Уже в июле 1908 года в Киеве был организован 4-й Всероссийский миссионерский съезд. В его программу помимо собственно миссионерских тем были включены вопросы об отношении к новой вероисповедной политике государства и законопроектам Министерства внутренних дел о свободе совести.
Одновременно с Миссионерским съездом в Киеве проходил Всероссийский съезд монархистов под председательством Дубровина. Виднейший из деятелей этого съезда протоиерей Восторгов на Миссионерском съезде выступал с основными докладами по церковно-политическим вопросам. Он обрушился на Государственную думу, которую, по его словам, рано или поздно постигнет участь суздальских волхвов, прорицавших, что Днепр потечет вспять, и повешенных за это князем Олегом. В принятых съездом итоговых тезисах, составленных Восторговым, фактически отвергался указ о веротерпимости (1905) как умалявший значение православной церкви.
Тревожность в настроении дополнялась чувством вины, которую Иоанн стал испытывать перед теми, с кем в прошлом его связывали те или иные обстоятельства церковной службы и жизни. Он видит их во снах и как наяву с ними разговаривает. Это и П. Н. Яниш, бывший директор Кронштадтской гимназии, и священник Федор Надеждин, и Александр И, и митрополит Санкт-Петербургский Исидор… Поучительность снов Иоанн видел в том, что они ему напоминали о его «несовершенстве», его промашках, ошибках и обидах, его «беспамятстве», выражавшемся в том, что не поминал в храме, не помнил в душе и сердце.