Синод ни к чему определенному в своих решениях не пришел: существование «секты» вроде бы признали, но заключили, что она не совсем сложилась, близка хлыстовщине. Было постановлено: «Учение так называемых «иоаннитов», признающих о. Иоанна Сергиева Богом, считать учением еретическим, кощунственным и богохульным, сродным с хлыстовством». В довершение всего обличать иоаннитов «рекомендовали» самому Иоанну, для чего предложили ему ехать в провинцию. Несомненно, тем самым были отравлены и без того нелегкие последние дни кронштадтского пастыря.
К этому времени отец Иоанн передает издателям подготовленный им сборник извлечений из дневников за 1907 и 1908 годы и просит выпустить его до Рождества. Но вышла книга уже после смерти Иоанна[270]. Продолжал он заносить в дневник разного рода размышления для последующего их размещения в продолжение книги «Моя жизнь во Христе». Среди таких записей вдруг появляются пронзительные строки, в которых сказывается глубоко спрятанная, подчас невыносимая физическая боль и вызванный ею ропот — таковы строки под датой 30 сентября: «Ночь. Согрешил пред Господом, возмалодушествовал, возроптал, безумные слова говорил о Боге, Божией Матери и Святых, когда железа в члене моем крайне невыносимо разболелась, заныла, воспалилась из-за того, что я поел на ночь свеклы пареной с горчицей в жидком виде и поел соленой тресковой ухи. Тяжко мне было, как никогда, и я сильно роптал, что Сам Бог оставил меня, Бог, который есть Любовь и Милость; Божия Матерь оставила, все Святые — никто будто не сочувствует, не сострадает, не слышит, не милует. Потом покаялся от души и сердечно с верою и умилением возвел сердечные очи к Богу и Божией Матери и тотчас почувствовал облегчение. Благодарю Господа и Божию Матерь. О, как тяжела боль в детородном члене — железа эта, чирей этот. Избави от него, Господи».
В дневнике живо предстают перед нами наполненные дни поездки Иоанна: службы на пароходе, в домах знакомых и незнакомых людей, встречи с людьми церковными. «Сегодня 28 июля, в понедельник, — пишет Иоанн, — пожаловал в Вауловский Успенский Скит высоко преосвященный архиепископ Ярославский и Ростовский Тихон[271], стоял и молился всю обедню, пил чай, закусывал, осматривал Скит». Отмечал он и приезд наместника патриарха Антиохийского архимандрита Игнатия. Много зафиксировано встреч и бесед с обсуждением хозяйственных дел в его «монастырях»…
По возвращении в Кронштадт Иоанн ежедневно служит литургию в Андреевском соборе и причащает народ, который потянулся сюда, прослышав о возвращении настоятеля. Хотя и не часто, но по необходимости он выезжает из Кронштадта. 12 августа он в Старом Петергофе напутствует перед поездкой на лечение за границу принцессу Ольденбургскую Евгению Максимилиановну. В этом случае, как и в некоторых других, проявляются не лучшие качества Иоанна. Когда-то он заносил в свой дневник случаи «гнева и раздражения», незаслуженно обрушивавшиеся на него со стороны причта Андреевского собора, прихожан, властей предержащих… А теперь с покаянием он отмечает свое раздражение и гневливость на окружающих его людей. Так и о поездке в Петергоф он пишет: «Благодарю Господа, помиловавшего меня величественным помилованием утром, когда я раздражился на слугу Евгению за то, что поздно (казалось) на пароход Ораниенбаумский для следования к принцу Ольденбургскому и едва не ударил ее. Благодать оставила меня, и мне было очень худо, смутно, тесно, мрачно, смертельно; и я каялся из глубины души, да как каялся! Как Давид по согрешении, как Манассия, пленный Царь Иудейский! Как убедительно и для себя, и для Господа! И долго каялся тайно, едучи на пристань, и — почувствовал, наконец, что я помилован, что мне прощен грех мой. И как отвратителен, бессмыслен, неправеден был мой гнев. Ибо я поспел вовремя на пароход и еще ждал отхода его».
Служит Иоанн Кронштадтский охотно и в Иоанновском монастыре, и в подворье Леушинского монастыря, что на Бассейной улице в Петербурге. Везде проповедовал, грозно пророчествовал: «Кайтесь, кайтесь, приближается ужасное время, столь ужасное, что вы и представить себе не можете». Он не говорил, а кричал, подымая руки вверх. Впечатление было потрясающее, ужас овладевал присутствовавшими, и в храме раздавались плач и рыдания. Все недоумевали, что же это будет: война, землетрясение, наводнение? Игуменья Таисия, осмелившись, спросила отца Иоанна: «Когда же, батюшка, это время будет?» Иоанн ответил: «Мы с тобою, матушка, не доживем, а вот они, — указал он рукою на монахинь, — доживут».