8 октября в Ливадию приехала греческая королева Ольга Константиновна и ее мать Великая Княгиня Александра Иосифовна, которая и привезла с собой кронштадтского пастыря. На военном корабле прибыли они в Ялту, и отец Иоанн сразу же отправился в малую церковь при дворце служить заздравную литургию. Весть о пребывании в Крыму отца Иоанна мгновенно распространилась по всей округе, и дом, где он жил, стал осаждать народ. Толпа начинала собираться с трех часов ночи и дежурила до шести, когда батюшка появлялся в подъезде. Первыми подходили к нему русские, последними — инородцы и смиренно преклоняли головы.
Здесь отец Иоанн исцелил парализованного татарина, которого привезли на арбе. После того как батюшка помолился с его женой, сказав ей: «Будем молиться вместе: ты молись по-своему; а я по-своему», татарин встал и сам пошел...
10 октября Император встретился с отцом Иоанном. «Я был позван в 11 часов утра, — записал батюшка. — Идучи к Высокому Больному, я думал: как бы мне лучше, сердечнее приветствовать царя, тяжко больного? А незадолго пред этим я читал Послание св. апостола Павла к ученику его Тимофею, и в нем особенно мне показались пригодными в моем положении для первого привета царю слова, выражающие величие Господа — Царя царей, от Которого все цари получают свою державу и власть над народами. Я и запомнил эти слова. Вхожу в кабинет Его Величества. Государь встретил меня стоя, в шинели, хотя сильный отек в ногах не позволял ему стоять. Я приветствовал его... После этого благодарил Государя, что он удостоил меня пригласить в Ливадию и лицезреть его особу. Он изволил сказать, что он «не смел сам пригласить в такой далекий край России, но когда Великая Княгиня Александра Иосифовна предложила мне пригласить вас в Ливадию, я с радостью согласился на то и благодарю, что вы прибыли. Прошу молиться за меня. Я очень недомогаю». Я отвечал, что «считаю потребностью сердца молиться о Вашем драгоценном здравии, особенно в нынешние дни Вашей болезни. О Вас молится вся Россия». Затем он перешел в другую комнату, пригласил меня помолиться с ним и стал на колена. Я прочел три молитвы. Его Величество молился с чувством, склонив голову и углубившись в себя. Когда я кончил, он встал, поблагодарил меня и просил впредь молиться».
После этого посещения Александру III стало настолько лучше, что начали надеяться если не на полное выздоровление, то на улучшение, которое позволило бы больному прожить при строгом соблюдении советов врачей еще годы. 17 октября Ялта с утра особенно оживилась: улицы запестрели флагами, отовсюду несся колокольный звон, призывая всех к молитве за царя. Гражданские и военные власти, чиновники разных ведомств в праздничной форме и оживленные обыватели спешили в храмы, которые были переполнены в тот день. Русские люди, вспоминая чудесное спасение царя с семьей в этот день в 1888 году, молились и теперь о спасении его от новой грозной опасности — от тяжкого недуга. Отслужили и панихиду по убиенным во время того страшного крушения, когда царский поезд сошел с рельсов. Крыша вагона, в котором во время обеда находилась царская семья, стала проваливаться, и Император принял на свои могучие плечи падающую крышу и держал ее до тех пор, пока его жена и дети не выбрались живыми и невредимыми из-под обломков.
И все же могучий, почти двухметровый великан угасал. «Я не считал свою миссию выполненной, доколе сам не причащу Высокого Больного...» В день памяти о чудесном спасении отец Иоанн причастил Императора — второй раз за время болезни.
18 октября началось резкое ухудшение самочувствия, хотя Государь не жаловался и не терял самообладания, зная, что умирает.
В роковой день 20 октября Император пожелал еще раз причаститься из рук своего духовника протопресвитера Янышева, после чего стал прощаться с членами Императорской Фамилии. В одиннадцать часов утра положение больного резко ухудшилось. Он пожелал встретиться с отцом Иоанном. «Я поспешил явиться, — записал батюшка, — тотчас по совершении литургии и оставался в Высочайшем присутствии до самой блаженной кончины Государя. По желанию Государыни Императрицы я прочитал молитву об исцелении болящего и помазал его елеем из лампады от чтимой чудотворной иконы, доставленной усердствующими чрез одного из ялтинских священников. Приняв с искренней верой это благочестивое усердие, Государь Император выразил желание, чтобы я возложил мои руки на главу его, и я долго держал их. Государь находился в полном сознании, просил меня отдохнуть, но я сказал, что не чувствую усталости, и спросил его:
— Не тяжело ли Вашему Величеству, что держу долго руки мои на голове Вашей?
— Напротив, мне очень легко, когда Вы их держите, — сказал он. Потом ему угодно было сказать: — Вас любит русский народ.
— Да, — отвечал я. — Ваш народ любит меня.
— Любит...»
Незадолго перед кончиной Государя отец Иоанн снова молился. Императрица ни днем ни ночью не покидала супруга, до последней минуты была непоколебимо верна своему долгу и чувству. В течение 28 лет она служила образцом и примером супруги русским женщинам.