Вслед за тем Иван приказал привести к себе в Городище тех новгородцев, которые до его прибытия были взяты под стражу. Это были владычные бояре, новгородские дети боярские, выборные городские и приказные люди и знатнейшие торговцы. С ними вместе привезли их жен и детей. Собравши всю эту толпу перед собою, Иван приказал своим детям боярским раздевать их и терзать "неисповедимыми", как говорит современник, муками, между прочим поджигать их каким-то изобретенным им составом, который у него назывался поджар ("некоею составною мудростью огненною"), потом он велел измученных, опаленных привязывать сзади к саням, шибко везти вслед за собою в Новгород, волоча по замерзшей земле, и метать в Волхов с моста. За ними везли их жен и детей; женщинам связывали назад руки с ногами, привязывали к ним младенцев и в таком виде бросали в Волхов; по реке ездили царские слуги с баграми и топорами и добивали тех, которые всплывали. "Пять недель продолжалась неукротимая ярость царева", – говорит современник.
Когда наконец царю надоела такая потеха на Волхове, он начал ездить по монастырям и приказал перед своими глазами истреблять огнем хлеб в скирдах и в зерне, рубить лошадей, коров и всякий скот. Осталось предание, что, приехавши в Антониев монастырь, царь отслушал обедню, потом вошел в трапезную и приказал побить все живое в монастыре.
Расправившись таким образом с иноческими обителями, Иван начал прогулку по мирскому жительству Новгорода, приказал истреблять купеческие товары, разметывать лавки, ломать дворы и хоромы, выбивать окна, двери в домах, истреблять домашние запасы и все достояние жителей. В то же самое время царские люди ездили отрядами по окрестностям Новгорода, по селам, деревням и боярским усадьбам, разорять жилища, истреблять запасы, убивать скот и домашнюю птицу.
Наконец, 13 февраля, в понедельник на второй неделе поста, созвал государь оставшихся в живых новгородцев; ожидали они своей гибели, как вдруг царь окинул их милостивым взглядом и ласково сказал: "Жители Великого Новгорода, молите всемилостивого, всещедрого человеколюбивого Бога о нашем благочестивом царском державстве, о детях наших и о всем христолюбивом нашем воинстве, чтоб Господь подаровал нам свыше победу и одоление на видимых и невидимых врагов! Судит Бог изменнику моему и вашему архиепискому Пимену и его злым советникам и единомышленникам; на них, изменниках, взыщется вся пролитая кровь; и вы об этом не скорбите: живите в городе сем с благодарностью; я вам оставляю наместника князя Пронского".
Самого Пимена Иван отправил в оковах в Москву. Иностранные известия говорят, что он предавал его поруганию, сажал на белую кобылу и приказывал водить, окруженного скоморохами, игравшими на своих инструментах. "Тебе пляшущих медведей водить, а не сидеть владыкою", -говорил ему Иван. Несчастный Пимен был отправлен в Венев в заточение и жил там под вечным страхом смерти.
Число истребленных показывается современниками различно и, вероятно, преувеличено. Псковской летописец говорит, что Волхов был запружен телами. В народе до сих пор осталось предание, что Иван Грозный запрудил убитыми новгородцами Волхов, и с тех пор, как бы в память этого события, от обилия пролитой тогда человеческой крови, река никогда не замерзает около моста, как бы ни были велики морозы. Последствия царского погрома еще долго отзывались в Новгороде. Истребление хлебных запасов и домашнего скота произвело страшный голод и болезни не только в городе, но в окрестностях его; доходило до того, что люди поедали друг друга и вырывали мертвых из могил. Все лето 1570 года свозили кучами умерших к церкви Рождества в Поле вместе с телами утопленных, выплывавших на поверхность воды, и нищий старец Иван Жегальцо погребал их.
До сих пор Новгород, оправившись после Ивана III, был сравнительно городом богатым; новый торговый путь чрез Белое море не убил его; англичане сами посещали его и имели в нем, как в Пскове, Ярославле, Казани и Вологде, свое подворье. Новгород отправлял значительный отпуск воска, кож и льна. Новгородские купцы (а именно купцы из новгородских пригородов Орешка и Корелы) в большом числе ездили в Швецию. Таким образом, в Новгороде были люди с капиталами и жители пользовались благосостоянием; с этим обстоятельством, конечно, совпадает и то, что Новгород пред другими краями русскими и в этот период славился преимущественно признаками умелости: так, в предшествовавшие годы приглашали в Москву из Новгорода каменщиков, кровельщиков, резчиков на камне и дереве, иконописцев и мастеров серебряных дел.
С Иванова посещения новгородский край упал, обезлюдел: недобитые им, ограбленные, новгородцы стали нищими и осуждены были плодить нищие поколения. Из Новгорода царь отправился в Псков с намерением и этому городу припомнить его древнюю свободу. Жители были в оцепенении, исповедывались, причащались, готовились к смерти. Псковский воевода князь Юрий Токмаков велел поставить на улицах столы с хлебом-солью и всем жителям земно кланяться и показывать знаки полнейшей покорности, как будет въезжать царь.