"Если меня и поставят, то все-таки мне скоро потерять митрополию, – говорил Филипп. – Пусть не будет Опричнины, соедини всю землю воедино, как прежде было".
Царь разгневался. Епископы, с одной стороны, умоляли Филиппа не отказываться, с другой – кланялись царю и просили об утолении его гнева на Филиппа. Царь требовал, чтобы Филипп непременно ставился в митрополиты и дал запись не вступаться в Опричнину. Филипп наконец согласился. Неизвестно, что было поводом к этой уступке, но всего менее ее можно объяснить трусостью, так как это не оправдывается ни предыдущим, ни последующим поведением Филиппа. Вернее всего, царь подал ему какую-нибудь надежду на свое исправление. Филипп дал грамоту не вступаться в царский домовый обиход и был поставлен в митрополиты 25 июля 1566 года.
Несколько времени после того царь действительно воздерживался от своей кровожадности, но потом опять принялся за прежнее, опять начались пытки, казни, насилия и мучительства. Филипп не требовал уже больше уничтожения Опричнины, но не молчал, являлся к царю ходатаем за опальных и старался укротить его свирепость своими наставлениями. Царь оправдывал себя тем, что кругом его тайные враги. Филипп доказывал ему, что страх его напрасен.
"Молчи, отче, – говорил Иван, – молчи, повторяю тебе, и только благословляй нас по нашему изволению!" – "Наше молчание, – отвечал Филипп, – ведет тебя к греху и всенародной гибели. Господь заповедал нам душу свою полагать за други свои". – "Не прекословь державе нашей, -сказал царь, – а не то – гнев мой постигнет тебя, или оставь свой сан!" -"Я, – отвечал Филипп, – не просил тебя о сане, не посылал к тебе ходатаев, никого не подкупал; зачем сам взял меня из пустыни? Если ты дерзаешь поступать против закона, – твори, как хочешь, а я не буду слабеть, когда приходит время подвига".
Царь вскоре невзлюбил настойчивого митрополита и не допускал его к себе. Митрополит мог видеть царя только в церкви. Царские любимцы возненавидели Филиппа еще пуще царя. 31 марта 1568 года, в воскресенье, Иван приехал к обедне в Успенский собор с толпою опричников. Все были в черных ризах и высоких монашеских шапках.
По окончании обедни царь подошел к Филиппу и просил благословения. Филипп молчал и не обращал внимания на присутствие царя. Царь обращался к нему в другой, в третий раз. Филипп все молчал.
Наконец царские бояре сказали: "Святый владыка! Царь Иван Васильевич требует благословения от тебя". Тогда Филипп, взглянув на царя, сказал: "Кому ты думаешь угодить, изменивши таким образом благолепие лица своего? Побойся Бога, постыдись своей багряницы. С тех пор как солнце на небесах сияет, не было слышно, чтобы благочестивые цари возмущали так свою державу. Мы здесь приносим бескровную жертву, а ты проливаешь христианскую кровь твоих верных подданных. Доколе в Русской земле будет господствовать беззаконие? У всех народов, и у татар, и у язычников, есть закон и правда, только на Руси их нет. Во всем свете есть защита от злых и милосердие, только на Руси не милуют невинных и праведных людей. Опомнись: хотя Бог и возвысил тебя в этом мире, но и ты смертный человек. Взыщется от рук твоих невинная кровь. Если будут молчать живые души, то каменья возопиют под твоими ногами и принесут тебе суд".
"Филипп, – сказал царь, – ты испытываешь наше благодушие. Ты хочешь противиться нашей державе; я слишком долго был кроток к тебе, щадил вас, мятежников, теперь я заставлю вас раскаиваться". "Не могу, -возразил ему Филипп, – повиноваться твоему повелению паче Божьего повеления. Я пришлец на земле и пресельник, как и все отцы мои. Буду стоять за истину, хотя бы пришлось принять и лютую смерть".
Иван был взбешен, но отвел свой гнев на других и на другой же день, как бы в досаду Филиппу, замучил князя Василия Пронского, только что принявшего монашество. Свирепость царя в это время все более и более возрастала.
В июле того же года происходили описанные нами выше отвратительные сцены разорения вотчин опальных бояр. Царь с пьяною толпою приехал в Новодевичий монастырь. Там был храмовой праздник и совершался крестный ход. Служил митрополит. Когда, по обряду, читая Евангелие, митрополит обратился, чтоб сказать: "Мир всем!" – то, заметив, что один опричник стоял в тафье, митрополит воскликнул: "Царь, разве прилично благочестивому держать агарянский закон?" – "Как? что? кто?" – завопил ему в ответ царь. "Один из ополчения твоего, из лика сатанинского", – сказал всенародно Филипп. Опричник поспешно спрятал свою тафью. Царь был вне себя от злости и, воротившись домой, собрал духовных для того, чтобы судить митрополита.
Царский духовник протопоп Евстафий, враг Филиппа, чернил митрополита, стараясь угодить Ивану. Составился план произвести следствие в Соловках и собрать разные показания монахов, которые бы могли уличить бывшего игумена в разных нечистых делах. Царю хотелось, чтоб митрополит был низложен как будто за свое дурное поведение. В Соловки отправился за этим суздальский епископ Пафнутий с архимандритом Феодосием и князем Темкиным.