Немцы планировали, что легион будет представлять собой моторизованный пехотный полк. 23 ноября 1942 г. немцы организовали штаб формирования Эстонского легиона (Aufstellungsstab fur Estnische legion). К концу 1942 г. в составе легиона были образованы штаб и штабная рота, 3 батальона (по 4 роты каждый), минометная и противотанковые роты. Командиром легиона был назначен оберштурмбаннфюрер СС Франц Аугсбургер. Вскоре легион был обозначен как 1-й Эстонский добровольческий гренадерский полк СС. К началу 1943 г. в легионе насчитывалось 1280 человек, из них эстонцами были 37 офицеров, 175 унтер-офицеров и 757 рядовых{1506}. Еще 200 чинов легиона были этническими немцами из Прибалтики. В начале 1943 г. в составе полка была образована саперная рота, а 22 февраля — запасной батальон в Дебице (Ersatzbataillon der Estnische SS Legion).
Формирование эстонского легиона СС для многих функционеров СС было сомнительным делом, многие опасались, что результат применения легиона на фронте будет неудовлетворительным. По этой причине руководство СС решило использовать один из батальонов полка на фронте и проверить таким образом его надежность и боеспособность. 3 марта 1943 г. в штабе легиона был получен приказ об отправке первого батальона на фронт в состав танково-гренадерской дивизии СС «Викинг», оперирующей в это время в районе Изюма. Под обозначением эстонского добровольческого гренадерского батальона СС «Нарва», он был введен в состав пехотного полка СС «Вестланд» в качестве 3-го батальона{1507}. Командиром батальона был назначен немецкий гауптштурмфюрер СС Георг Эберхардт. Эстонцы хорошо проявили себя 18 июля 1943 г. в бою за высоту 186.9 (неподалеку от Изюма), поддерживаемый огнем артиллерийского полка дивизии «Викинг» батальон уничтожил около 100 советских танков, но потерял своего командира, место которого занял оберштурмфюрер СС Кооп. К началу августа 1943 г. численность батальона снизилась всего лишь до 157 человек{1508}. Несмотря на убыль в личном составе, эстонцы продолжали храбро сражаться. Они вновь отличились 18 августа 1943 г. в бою за высоты 228 и 209 около Кленовой, где, взаимодействуя с ротой «Тигров» из танкового полка СС «Тотенкопф», уничтожили 84 советских танка{1509}. Позже в разведсводках Красной Армии указывалось, что батальон «Нарва» имеет большой опыт борьбы с танками. В немецкой же армии стойкость эстонского батальона вошла в поговорку. «Нарва» стоит» — говорили немцы{1510}. Продолжая боевые действия в рядах дивизии «Викинг», эстонские добровольцы вместе с ней попали в Корсунь-Шевченковский котел зимой 1944 г., при выходе из которого понесли большие потери. В апреле в дивизию «Викинг» пришел приказ об изъятии из ее состава эстонского батальона и отправке его в эстонские части СС.
По приказу от 5 мая 1943 г. Эстонский легион СС начал переформировываться в эстонскую добровольческую бригаду СС. В составе бригады планировалось сформировать 2 гренадерских полка. При формировании в составе 1-го полка было создано 3 батальона (всего 12 рот) и минометная, саперная и противотанковые роты; в составе 2-го полка — 3 батальона (12 рот) и саперная рота. 22 октября 1943 г. бригада получила порядковый номер и стала, таким образом, 3-й эстонской добровольческой бригадой СС. Помимо двух полков в бригаде начали формироваться учебно-запасной батальон в Дебице и рота связи с номером 33, плюс артиллерийский и зенитный дивизионы с № 53 и полевой запасной батальон с тем же номером. 26 октября 1943 г. был организован генерал-инспекторат Эстонского легиона. На должность генерал-инспектора был назначен бывший начальник отдела эстонского генерального штаба полковник Йоханес Соодла, произведенный немцами в чин легионс-оберфюрера СС.
В конце октября 1943 г. бригада была погружена в эшелоны и начала отбывать в группу армий «Север». Прибыв в тыловой район группы армий «Север», бригада была подчинена начальнику антипартизанских соединений обергруппенфюреру СС и генералу полиции Эриху фон дем Баху, который в свою очередь передал бригаду в состав боевой группы Йеккельна. В ноябре 1943 г. бригада приняла участие в крупной антипартизанской операции «Генрих» на территории Витебской области в районе Себеж — Пустошка. Затем бригада была подчинена VIII армейскому корпусу 16-й армии, в рядах которого приняла участие в боях с частями 3-й ударной армии. К 17 декабря 1943 г. в рядах бригады насчитывалось 5099 человек, из них 178 офицеров, 864 унтер-офицера, 4057 нижних чинов{1511}. В декабре 1943 г. — январе 1944 г. бригада оперировала в районе Старой Руссы. В конце января 1944 г. части бригады были выведены в район юго-западнее Опочки и подчинены I армейскому корпусу. 24 января 1944 г. бригада была развернута в 20-ю эстонскую добровольческую гренадерскую дивизию СС (20. Estnische SS-Freiwilligen-Grenadier division).