Приход нацистов к власти в Германии отразился на внутриполитическом положении Эстонии и Латвии, где весной 1934 г. произошли военные перевороты и были установлены авторитарные диктатуры. Гитлеровское руководство, в свою очередь, рассматривало Прибалтику как сферу своих жизненных интересов, однако в августе 1939 г. было вынуждено временно пожертвовать ей, уступив Сталину в обмен на гарантии его невмешательства в войну на стороне западных держав. Согласно секретным дополнительным протоколам к подписанным в Москве советско-германским договорам о ненападении (23 августа) и о дружбе и границе (28 сентября), Эстония, Латвия и Литва были включены в сферу влияния СССР.
Вскоре после начала Второй мировой войны советское руководство, ссылаясь на обострение международной обстановки, предложило Прибалтийским республикам заключить договоры о взаимной помощи и разместить на территориях этих стран военные базы. Это ультимативное по сути предложение было принято правительствами Литвы, Латвии и Эстонии, которые в сложившейся ситуации уже не могли рассчитывать на помощь Запада. В июне 1940 г. после падения Франции под ударами германского Вермахта на территории прибалтийских государств помимо уже находившихся там гарнизонов были дополнительно введены крупные воинские контингенты Красной Армии. В условиях фактической оккупации здесь были проведены выборы и созданы новые парламенты, депутаты которых приняли решения об установлении в республиках советской власти и обратились с просьбами к Верховному Совету СССР о принятии их в состав Советского Союза, что и было незамедлительно сделано.
Присоединенные республики подверглись насильственной советизации с применением жесточайшего террора против явных и потенциальных врагов, затронувшего самые разные социальные слои. В июне 1941 г., за несколько дней до нападения Германии, органы НКВД провели на территории Прибалтийских республик операцию по «ликвидации антисоветских элементов», в ходе которой было арестовано и депортировано около 40 тыс. человек. Результатом всех этих мероприятий стал рост антисоветских настроений среди местного населения, воспринявшего приход германской армии как освобождение от ужасов большевизма. В первые месяцы оккупации, еще не успев в полной мере хлебнуть нацистского «нового порядка», жители Литвы, Латвии и Эстонии охотно шли на службу в Вермахт, в создаваемые немцами полицейские формирования и администрацию.
К сентябрю 1941 г. территории Прибалтийских республик были оккупированы германскими войсками. Первоначально вся полнота власти здесь принадлежала военной администрации, представленной штабами командующих тыловыми районами группы армий «Север», 16-й и 18-й полевых армий, в распоряжении которых имелись полевые и гарнизонные комендатуры и охранные части. По мере продвижения линии фронта тыловая зона отодвигалась на восток, и на территориях Литвы, Латвии и Эстонии постепенно вводилось гражданское управление. Указом фюрера от 17 июля 1941 г. на захваченных землях Прибалтики и Белоруссии был создан так называемый рейхскомиссариат «Остланд» во главе с гауляйтером Шлезвиг-Гольштейна Г. Лозе, который подчинялся А. Розенбергу как министру по делам оккупированных восточных территорий. Одновременно в каждой из трех Прибалтийских республик были назначены наместники или генеральные комиссары: в Литве — А. фон Рентельн, в Латвии — О. Дрекслер, в Эстонии — К. Литцманн. Однако фактически гражданская оккупационная администрация вводилась на территории Прибалтики в три этапа: с 25 июля — в районах южнее Двины, включая всю Литвы и часть Латвии, с 1 сентября — на всей территории Латвии и с 15 декабря — на большей части Эстонии.
Генеральные комиссариаты делились на городские и областные (сельские) округа во главе со штадт- и гебит-скомиссарами. Гражданская администрация занималась всеми вопросами, касающимися управления оккупированными территориями, их экономической эксплуатации (совместно с ведомством имперского уполномоченного по четырехлетнему плану Германа Геринга, которое действовало самостоятельно), мобилизацией рабочей силы и военных ресурсов (во взаимодействии с соответствующими военными и полицейскими органами).
С первых дней германского вторжения в оккупированных республиках Прибалтики образовалось множество политических группировок, рассчитывавших с помощью немцев прийти к власти. В основном это были возрожденные политические партии, существовавшие до 1940 г. Одновременно были созданы местные органы самоуправления (вплоть до «правительств»), оказывавшие значительную помощь оккупантам, с которой последние не могли не считаться. В результате эти органы были признаны оккупационными властями юридически, а их статус и функции закреплены «организационным указом», изданным Розенбергом 7 марта 1942 г.