Еще в начале войны, во время боев под Москвой, Малиновский был ранен в плечо. Осколок прошел рядом с сонной артерией. В 1943 году, на фронте вступил в партию. В 1944 году был ранен вторично. Демобилизован в августе 1945 года по состоянию здоровья. За участие в войне был награжден орденами Красной Звезды, Отечественной войны I и II степеней, медалью «За боевые заслуги», медалями «За оборону Москвы», «За победу над Германией», получил ряд благодарностей командования за успешные боевые действия при освобождении оккупированных городов.
Борис и тетя Паля, 12:00 22.06.1941
Борис (в центре) и Лев Николаевич Малиновские с отцом. Пушкино, 1940 год
На войне погиб старший брат Лев. В своих книгах Б. Н. Малиновский часто вспоминает о нем: «15 декабря 1988 г. […] 45 лет назад в этот день погиб Лева — Лев Николаевич Малиновский, мой старший брат. Он был танкистом, командиром Т-34. Это — страшная на войне должность. Пожалуй, самая тяжелая. Танки шли впереди. Их бомбила авиация, подбивали орудия, увечили противотанковые мины. Потери у танкистов в дни больших боев были больше, чем в пехоте. Часто они гибли заживо сожженные прямо в танке — выбраться из мгновенно охваченной огнем машины помогало только чудо.[…] Посмертно был награжден орденом Отечественной войны Ι степени. Ранее — ΙΙ степени.
Родители сообщили мне о похоронке на Леву через 4 месяца. „Незаживающая рана кровоточит“, — писал отец мне на фронт. У меня она кровоточит до сих пор. Я очень любил брата — он был весь в отца: почти 2-метрового роста, добрый до бесконечности, мастер на все руки. Сколько раз защищал он меня в мальчишестве, когда дело доходило до драки. Погиб, прожив 24 года и 13 дней. Говорят, дети, похожие на отцов — несчастливы. Так и получилось. Во мне больше материнских черт. Отцовские проступают сейчас, со временем.
Отец и мать любили и берегли друг друга, очень любили нас, детей. Судьба обошлась с ними жестоко. Первенец Костя умер от скарлатины, не прожив 2-х лет. Следующий сын — Лева — погиб на войне. Елена, родившаяся после меня, окончившая институт в тяжелые годы войны, защитившая через несколько лет кандидатскую диссертацию, умерла мученической смертью на руках у матери в феврале 1958 года от саркомы грудины. Жизнь ушла из нее за месяц. Сохранилась тетрадь, где она писала то, что хотела сказать папе, маме, мне. Говорить не могла.
Помню, когда узнал, что Лева погиб, — подумал: „Вот меня убьет, и прекратится род Малиновских“. Отец с матерью об этом, а точнее, обо мне в те военные годы тоже много думали, переживали».
Октябриса Николаевна Малиновская (Аккуратнова), 1947 год