В Иванове отца спасла случайная встреча со своим бывшим учеником. За год до смерти он рассказал мне, что сразу после переезда его вызвали в КГБ. Человек, к которому он пришел, посмотрев на него, спросил: „Николай Васильевич, это Вы?“ — и тихо добавил: „Идите домой и никому не говорите, что были у меня!“. Бывший ученик имел мужество спасти своего учителя!».
Семья Малиновских, 1926 год. Слева направо: Лев, Николай Васильевич, Лена, Любовь Николаевна, Борис
Неприятности все-таки настигли Николая Васильевича еще в Родниках: он не был арестован, но в 1928 году, как вспоминает Борис Николаевич, «преподаватель-обществовед некто Мокшанова, жена „ответработника“ Родниковского горсовета, работавшая в школе, где отец был завучем, написала на него кляузу о том, что он пренебрежительно относится к урокам обществоведения и вообще является подозрительной личностью, поскольку сплотил весь учительский коллектив вокруг себя, беспартийного, и пользуется очень большим авторитетом. К тому же он сын служителя культа. Решением городских властей отец, несмотря на протест учительского коллектива, был снят с должности заведующего учебной частью, и ему было предложено ограничиться преподаванием русского языка и литературы».
В 1939 году Борис Николаевич поступил в Ленинградский горный институт. Однако в учебе пришлось сделать перерыв — с первого курса он был призван на службу в Красную Армию. Закончил полковую школу, получив звание сержанта, и уже собирался вернуться в институт, когда началась война. Сохранилась фотография Бориса в военной форме с треугольничками сержанта на воротнике гимнастерки, с его теткой, сестрой отца, сделанная в 12 часов 22 июня 1941 года, за два часа до того, как они узнали о войне.
С 1941 по 1945 год во время Великой Отечественной войны Б. Н. Малиновский прошел Северный, Западный, Калининский, Северо-западный, Степной, Центральный, 1-й Белорусский, 3-й Прибалтийский фронты. В конце войны оказался в Финляндии на военно-морской базе Порккала Удд. Войну встретил сержантом, командиром отделения разведки в артиллерийской части, закончил старшим лейтенантом, командиром артиллерийской батареи. Звание офицера было присвоено на фронте, без подготовки в военном училище.