Расстриженного, называвшегося теперь уже Сенькою, Медведева отдали в руки духовному начальству, которое приставило к нему двоих увещателей, новоспасского архимандрита Игнатия и Софрония Лихуда; Сенька принес покаяние в ереси, объявил свою
Петр написал к старшему брату от Троицы, что «милостию Божиею вручен нам, двум особам, скипетр правления, также и братьям нашим, окрестным государям, о государствовании нашем известно; а о третьей особе, чтоб быть с нами в равенственном правлении, отнюдь не вспоминалось. А как сестра наша царевна Софья Алексеевна государством нашим учала владеть своею волею, и в том владении, что явилось особам нашим противное, и народу тягости, и наше терпение, о том тебе, государь, известно. А ныне злодеи наши Федька Шакловитый с товарищи, не удоволяся милостью нашей, преступя обещание свое, умышляли с иными ворами об убийстве над нашим и матери нашей здоровьем, и в том по розыску и с пытки винились. А теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дел быти не изволяем; на то б и твоя, государя моего брата, воля склонилася, потому что учала она в дела вступать и в титла писаться собою без нашего изволения; к тому же еще и царским венцом, для конечной нашей обиды, хотела венчаться. Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас! Тебе же, государю брату, объявляю и прошу: позволь, государь, мне отеческим своим изволением, для лучшие пользы нашей и для народного успокоения, не обсылаясь к тебе, государю, учинить по приказам правдивых судей, а неприличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре. А как, государь братец, случимся вместе, и тогда поставим все на мере; а я тебя, государя брата, яко отца, почитать готов».
В этой грамоте ничего еще не говорится о будущей участи свергаемой правительницы. Но через некоторое время приехал от Троицы в Москву боярин князь Иван Борисович Троекуров с приказом Софье идти в монастырь; после долгих отговорок она принуждена была повиноваться, и переселилась в Новодевичий монастырь.
Софья была в монастыре, Голицын в ссылке. Шакловитый в могиле, а все еще работали заплечные мастера, все еще продолжались доносы, пытки и казни по тому же делу. Неизвестно, по каким причинам старый стольник Безобразов должен был поневоле отправиться воеводою на Терек. Когда он находился в дороге, явился извет от холопей в сношениях его с Шакловитым и с разными колдунами, которые брались своими средствами приворотить к нему царя Петра и царицу Наталью, чтоб были к нему добры и возвратили его в Москву. На пытке и Безобразов, и колдуны – все повинились; Безобразову отсекли голову, двоих колдунов сожгли в срубе.
Уже четыре года спустя на Белоозере явились подметные письма: в них монахи Кириллова Белозерского монастыря обвинялись в страшно безнравственном поведении, в сношениях с князем В.В. Голицыным, в желании испортить царя Петра с семейством. В начале 1694 года открылось, что составителем писем был монах Кириллова монастыря Иоанникий, в мире Иларион Семенович Лопухин. Иоанникий повинился, что писал письма, желая освободиться из монастыря и расстричься. Его били кнутом и сослали в Соловки.
Софья была в монастыре; царь Иван Алексеевич оставался по-прежнему царем только по имени, занимал царское место в церемониях, власть перешла к одному царю Петру. Но семнадцатилетний Петр был еще неспособен к управлению государством, он еще доучивался, довоспитывал себя теми средствами, какие сам нашел и какие были по его характеру; у молодого царя на уме были потехи, великий человек объявился после, и тогда только в потехах юноши оказались семена великих дел.