На кровавые воспоминания детства новым впечатлением ужаса легла эта ночь восьмого августа; после нее Петр стал страстным и непримиримым врагом того московского правительства, которое не уступало ему власти и, как он думал, покушалось на его жизнь. Основавшись у Троицы, собрав туда свою семью и послушные ему воинские силы, он потребовал у сестры удаления от дел. Постепенно на его сторону переходило московское боярство, патриарх, регулярные солдатские полки, большая часть стрелецких полков. Те же бояре и стрельцы, которые не сразу пошли из Москвы к Троице, не оказывали Софье никакой поддержки. Слишком явно было превосходство сил Петра и непререкаемо его право. Софье пришлось подчиниться.
После месяца борьбы и упорства, шестого сентября 1689 года, она сдалась и была заключена в подмосковном монастыре. Приговор, произнесенный над ней Петром, имел форму письма его к брату Ивану. В нем Петр писал, что «теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особам… царство править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей ц[аревне] С[офье] А[лексеевне] с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дел быти не изволяем… Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас».
Выражая готовность «яко отца почитать» слабоумного брата, Петр, однако, тут же просил его «позволить отечским своим изволением» на то, чтобы «не обсылаясь к тебе, государю, учинить по приказам правдивых судей, а неприличных переменить». Иначе говоря, Петр, устранив Софью от дел, устранял и брата от участия в руководстве делами. Власть всецело переходила к Петру и его родне. Двенадцатого сентября последовало от них назначение начальников в центральные учреждения Москвы, и таким образом настало на деле единодержавие Петра.
Сам Петр, однако, мало пользовался своей властью и все предоставил матери; она же передала свои полномочия брату Льву Кирилловичу Нарышкину, Тихону Никитичу Стрешневу и князю Борису Алексеевичу Голицыну. Первый ведал внешнюю политику, второй внутреннее управление, а последний «правил весь низ (Поволжье) так абсолютно, как бы был государем». Современники не находили, чтобы после Софьи, при царице Наталье дела пошли лучше. «Сия принцесса (говорит князь Борис Куракин) доброго темпераменту, добродетельного, токмо не была ни прилежная и ни искусная в делах и ума легкого»; поэтому «правление оной царицы Наталии Кирилловны было весьма непорядочное и недовольное народу и обидимое». Петр ничего этого не хотел знать; он жил своими личными интересами и весь ушел в потехи. А так как теперь над ним не было Софьи и ему некого было стесняться, то его потехи получили новый размах и характер.
В ту пору, когда Петр, сидя в Троицком монастыре, собирал силы против Софьи, к нему туда, вместе с прочими служилыми чинами, приехало много иноземцев; «и в ту бытность в Троицком монастыре (говорит князь Куракин) князь Борис Алексеевич Голицын тут привел в милость иноземцев, как: Петра Гордона генерала, полковника Лефорта, Р. Страсбурга, Ив. Чамбурса и других многих». С этих пор, по мнению Куракина, началась милость Петра к иностранцам и короткость («фамилиарите») с ними. «И по приходе к Москве начал его величество в (Немецкую) слободу ездить через предвождение его же князя Б.А. Голицына». Действительно, в первые годы по свержении Софьи Петр открыто начал посещать Немецкую слободу и завязал там дружеские и любовные связи, вводившие в соблазн истовых москвичей. С другой стороны, увлечение навигационным спортом в это время приняло у Петра характер страсти. Не довольствуясь простором Переяславского озера, он «по такой своей склонности к морскому ходу и по своей куриезите обыкновенной ходил дважды к городу Архангельскому видеть море».
Мать пугалась за сына, молила его быть осторожнее, не пускаться в море. Но отбившийся от ее рук сын отвечал на страхи матери веселой шуткой. Из Архангельска он сообщал ей, что ждет там кораблей из Амстердама: «Чего для изволишь печалиться обо мне? Изволила ты писать, что предала меня в паству Матери Божьей; и таково пастыря имеючи, почто печаловать? тоя бо молитвами и предстательством не точию я един, но и мир сохраняет Господь».
На суше Петр не был безопаснее, чем на море, так как в эти годы его «потехи Марсовы» приняли характер больших маневров с изрядным количеством пострадавших. «Потешные бои», иногда, по словам Петра, равнялись судному дню, и их участники рисковали «переселиться в вечные кровы по чину Адамову, идеже (утешал Петр) и всем нам по времени быти». Так воспользовался своей политической победой молодой государь. «Не честь он, государь, делает, – бесчестье себе», – говорили о нем современные наблюдатели.