Жену Петру выбирала мать, а не сам он; он не чувствовал к ней никакой склонности и месяца через два после свадьбы уже оставил свою молодую царицу Евдокию Федоровну и умчался снова в Переяславль к своим кораблям. Оттуда он писал своей «паче живота телесного дражайшей матушке» и там получал письма от «женушки Дуньки», но ответных его писем к жене нет ни одного. О своем «бытии» в Переяславле он пространно сообщал дяде Льву Кирилловичу Нарышкину, чувства свои изъяснял матери; для жены же как будто не оставалось у него ничего. Его родные и дядька его князь Борис Алексеевич Голицын могли таким образом убедиться, что женитьба не подействовала и что необходимо иначе воздействовать на Петра, чтобы втянуть его в политическую игру против Софьи.
Софья между тем пыталась навсегда укрепить себя в правительстве. Все понимали, что ее роль временная: Софья же хотела сделать ее постоянной, независимой от возраста царей. По ее указанию в торжественных и официальных актах стали именовать ее «самодержицей»; писали: «великие государи цари… и великая государыня благоверная царевна и великая княжна София Алексеевна всея… России самодержцы». Двоецарствие обращалось в троевластие.
Софья взяла обычай показываться на дворцовых выходах вместе с царями в равном с ними качестве. Чтобы закрепить и узаконить это положение «царствующей царевны», Софья заговорила о том, чтобы ей венчаться царским венцом, и поручила выведать об этом настроении стрельцов. Как она сама, так и ее доверенный начальник стрелецких войск думный дьяк Шакловитый продолжали смотреть на стрельцов прежними глазами и видели в них удобное орудие для насильственного воздействия на дворец и столицу. Но напрасно Шакловитый доказывал стрелецким представителям возможность и легкость в данном деле такого воздействия. Стрельцы оказались более осмотрительными и сдержанными, чем были в прежние годы, и не обещали решительной поддержки. Софья поэтому остановилась в своем намерении. А между тем противная сторона наблюдала за Софьей и готовилась к борьбе с ней.
Евдокия Федоровна Лопухина
Петру исполнилось семнадцать лет 30 мая 1689 года. В июне мать уже вызвала его из Переяславля и более туда не отпустила. Петр все лето жил под Москвой, в Коломенском и Преображенском. По временам он появлялся в Москве и по разным поводам начинал ссоры с Софьей, показывая ей открыто свое неудовольствие и недружбу. По-видимому, его натравливали на сестру те люди, которые руководили кампанией против Софьи Нарышкинского кружка, главным образом князь Борис Голицын и Лев Нарышкин. Отношения напрягались с каждой неделей. Софья ждала открытого нападения «Преображенских конюхов» и готовила стрельцов к отпору. Развязка пришла в августе. Вследствие какого-то подметного письма в Кремле опасались, что в ночь на восьмое августа последует покушение со стороны Петра, и собрали на ночь у дворца и на Лубянке, в Белом городе в Москве, большие отряды стрельцов. Об этом дали знать благожелатели Петра в Преображенское.
Петр спокойно там спал, когда ему сказали, что в Москве собрана воинская сила для нападения на него, чтобы его извести. Кто дал такой вид сообщению из Москвы, неизвестно; но Петр поверил в близкую опасность, выскочил ночью из дворца, не успев даже одеться, в близкую рощу и оттуда верхом помчался в Троицкую лавру, ища спасения в ее крепких каменных стенах. О его побеге официально было отмечено, что изволил он «идти скорым походом в одной сорочке»; неофициально выражались так, что «царя из Преображенского согнали, ушел он бос, в одной сорочке». «Вольно ему взбесясь бегать», говорил с досады Шакловитый, предчувствуя грядущие осложнения, но отрицая всякие покушения со стороны Софьи против Петра.
Эта ночь, проведенная в смертельном страхе и стремительном бегстве, имела огромное значение для Петра. В Троицкий монастырь примчался он почти без чувств, измученный физически и расстроенный до слез. С этого времени, по-видимому, начались у него «личные ужимки и кривления шеею», которые остались на всю жизнь. Это был тик или, по иному названию, «болезнь судорожных подергиваний», возникающая по большей части на почве вырождения. Иногда, уже много лет спустя, «в нощное время» Петр чувствовал «такие конвульсии в теле», что требовал посторонней помощи. Сам он приписывал эту болезнь испугу от стрельцов: при воспоминании о них, говорил он, «все уды во мне трепещут; помысля о том, заснуть не могу».