В состав главных сил 1-й эскадры кроме «Ретвизана» входили броненосцы «Пересвет», «Победа», «Ослябя», броненосные крейсера «Россия», «Громобой», «Полкан», «Соломбала». Лёгкие силы были представлены крейсерами 2-го ранга «Жемчуг» и «Изумруд». Минная дивизия 1-й эскадры состояла из дюжины эсминцев типа «Буйный» и аналогичного количества миноносцев типа «Сокол», построенных на отечественных верфях, и пары переклассифицированных в миноносцы минных крейсеров.
Во Владивостоке базировались штабной учебноартиллерийский корабль «Двенадцать Апостолов», включённый в общую систему обороны крепости в качестве броненосной батареи.
Второй эскадрой командовал вице-адмирал Григорий Павлович Чухнин, младшим флагманом являлся контр-адмирал Карл Петрович Иессен, начальником штаба – контр-адмирал Сергей Петрович Писаревский. Военно-морскими базами Дальний и Порт-Артур временно руководил командующий бригадой подплава Тихоокеанского флота капитан 1-го ранга Эдуард Николаевич Щенснович.
Линейные силы 2-й эскадры были представлены пятью кораблями данного класса: «Цесаревичем», «Александром III», «Князем Суворовым», «Бородино» и «Орлом». Пятый линкор типа «Бородино» – «Слава», – ввод в строй которого задержался почти на год из-за недостаточных производственных мощностей Обуховского сталелитейного завода, находился на переходе в Южно-Китайском море.
Крейсерские силы 2-й эскадры состояли из десяти боевых единиц самых различных типов и кораблестроительных школ. Два броненосных крейсера, созданных германскими кораблестроителями – «Богатырь» с «Олегом» – органично сочетались с парой аналогичных кораблей французской постройки – «Баяном» и «Олафом».
Творение Крампа «Варяг» и «Аскольд» постройки фирмы «Германия» – крейсера единичных проектов. Такой же единичный «Боярин» в компании с систершипами «Новиком» и «Алмазом» – эта троица выполняла при эскадре роль ближних разведчиков и лидеров минных флотилий. Плюс старый и сравнительно тихоходный броненосный крейсер «Рюрик», на котором установили самую мощную на всём Тихоокеанском флоте радиостанцию. Взвесив все за и против, в Адмиралтействе отказались от идеи переоборудовать корабль в носитель подводных лодок.
Минная дивизия 2-й эскадры располагала двадцатью семью эсминцами иностранной постройки: пятнадцатью типа «Внушительный» французской постройки и дюжиной «немцев» типа «Бдительный»; их дополняли одиннадцать номерных миноносцев. Бригада подплава двухдивизионного состава состояла из десяти подводных лодок: «Скат», «Налим», «Макрель», «Окунь», «Осётр», «Сиг», «Кефаль», «Бычок», «Палтус», «Плотва».
Кроме вышеперечисленных кораблей в состав сил 2-й эскадры входили минные заградители «Амур» и «Енисей», канонерские лодки «Кореец», «Манджур», «Бобр», «Сивуч», «Гиляк» и четыре клипера.
В штабе Чухнина ожидали прибытия ещё двух минзагов – «Тунгуски» и «Печоры», представлявших собой улучшенные копии «Амура» и «Енисея». Новые минзаги шли вместе с линкором «Слава» и тремя зафрахтованными угольщиками. Отрядом командовал опытный моряк Бруно Александрович фон Фитингоф, произведённый в контр-адмиралы буквально перед походом на Дальний Восток. По приходе в пункт назначения фон Фитингоф должен был занять должность командира военно-морских баз Дальний и Порт-Артур.
Камчатская пограничная флотилия подчинялась генерал-губернатору Камчатки и Чукотки капитану 1-го ранга Шеину. Основной и первоочередной задачей флотилии являлась борьба с иностранными браконьерами, из года в год заполонявшими территориальные воды Камчатки и Чукотки. Для этого в распоряжении Сергея Павловича имелись четыре угольщика и сборная солянка из семи вооружённых пароходов Добровольного флота; суда имели различное водоизмещение и разные скоростные характеристики.
Пограничная флотилия Сахалина состояла из дюжины сторожевых кораблей – мобилизованных пароходов Доброфлота – и трёх небольших угольщиков; задача сахалинских пограничников была аналогична задаче их камчатских коллег. Флотилия подчинялась губернатору Сахалина Николаю Львовичу Гондатти – ставленнику Николая Дмитриевича Стахеева; по рекомендации царя Стахеев обратил взор на рыбопромышленную отрасль экономики России.
Деятельность Камчатской и Сахалинской пограничных флотилий сильно осложнила российско-японские отношения. Количество задержанных и конфискованных в 1904 году браконьерских шхун исчислялось двумя десятками, в 1905-м – перевалило за сотню. За первые три месяца 1906 года пограничники конфисковали ещё четыре десятка браконьерских судов.
Становым хребтом Балтийского флота являлась эскадра из четырёх стремительно устаревающих броненосцев: «Петропавловск», «Полтава», «Севастополь» и «Три Святителя»; последний проходил модернизацию на Балтийском заводе. Состав эскадры Балтфлота планировалось пополнить ещё более старым броненосцем «Сисой Великий», которому предстояло встать на ремонт сразу же по прибытии в Кронштадт.