Доброта и душевное спокойствие не оставляли Императрицу даже в эти самые трудные после отречения Государя от престола дни. Вот с какими словами утешения обращается она в письме к корнету С. В. Маркову: «Вы не один, не бойтесь жить. Господь услышит наши молитвы и Вам поможет, утешит и подкрепит. Не теряйте Вашу веру, чистую, детскую, останьтесь таким же маленьким, когда и Вы большим будете. Тяжело и трудно жить, но впереди есть Свет и радость, тишина и награда за все страдания и мучения. Идите прямо вашей дорогой, не глядите направо и налево, и если камня не увидите и упадете, не страшитесь и не падайте духом. Поднимитесь снова и идите вперед. Больно бывает, тяжело на душе, но горе нас очищает. Помните жизнь и страдания Спасителя, и ваша жизнь покажется вам не так черна, как думали. Цель одна у нас, туда мы все стремимся, да поможем мы друг другу дорогу найти. Христос с Вами, не страшитесь».
В дворцовой Церкви или в бывших царских покоях отец Афанасий регулярно совершал всенощную и Божественную литургию, за которыми всегда присутствовали все члены Императорской семьи. После дня Святой Троицы в дневнике отца Афанасия все чаще и чаще появляются тревожные сообщения – он отмечает растущее раздражение караульных, доходящих порой до грубости по отношению к Царской семье. Не остается без его внимания и душевное состояние членов Царской семьи – да, все они страдали, отмечает он, но вместе со страданиями возрастали их терпение и молитва. В своих страданиях стяжали они подлинное смирение – по слову пророка: Скажи царю и царице: смиритесь… ибо упал с головы вашей венец славы вашей (Иер. 13, 18).
«…Ныне смиренный раб Божий Николай, как кроткий агнец, доброжелательный ко всем врагам своим, не помнящий обид, молящийся усердно о благоденствии России, верующий глубоко в ее славное будущее, коленопреклоненно, взирая на крест и Евангелие… высказывает Небесному Отцу сокровенные тайны своей многострадальной жизни и, повергаясь в прах пред величием Царя Небесного, слезно просит прощения в вольных и невольных своих прегрешениях», – читаем мы в дневнике отца Афанасия Беляева.
В жизни Царственных узников тем временем назревали серьезные изменения. Временное правительство назначило комиссию по расследованию деятельности Императора, но несмотря на все старания обнаружить хоть что-то, порочащее Царя, ничего не нашли – Царь был невиновен. Когда невиновность его была доказана и стало очевидно, что за ним нет никакого преступления, Временное правительство вместо того, чтобы освободить Государя и его Августейшую супругу, приняло решение удалить узников из Царского Села. В ночь на 1 августа они были отправлены в Тобольск – сделано это было якобы ввиду возможных беспорядков, первой жертвой которых могла сделаться Царская семья. На деле же тем самым семья обрекалась на крест, ибо в это время дни самого Временного правительства были сочтены.
30 июля, за день до отъезда Царской семьи в Тобольск, была отслужена последняя Божественная литургия в царских покоях; в последний раз бывшие хозяева своего родного дома собрались горячо помолиться, прося со слезами, коленопреклоненно у Господа помощи и заступления от всех бед и напастей, и в то же время понимая, что вступают они на путь, предначертанный Самим Господом Иисусом Христом для всех христиан: Возложат на вас руки и будут гнать вас, предавая в темницы, и поведут пред правителей за имя Мое (Лк. 21, 12). За этой литургией молилась вся Царская семья и их уже совсем малочисленная прислуга.
6 августа Царственные узники прибыли в Тобольск. Первые недели пребывания в Тобольске Царской семьи были едва ли не самыми спокойными за весь период их заточения. 8 сентября, в день праздника Рождества Пресвятой Богородицы, узникам позволили в первый раз отправиться в церковь. Впоследствии и это утешение крайне редко выпадало на их долю. Одним из самых больших лишений за время жизни в Тобольске было почти полное отсутствие всяких известий. Письма доходили с огромным опозданием. Что же касается газет, то приходилось довольствоваться местным листком, печатавшимся на оберточной бумаге и дававшим лишь старые телеграммы с опозданием на несколько дней, да и те чаще всего появлялись здесь в искаженном и урезанном виде. Император с тревогой следил за разверзавшимися в России событиями. Он понимал, что страна стремительно идет к гибели.