Когда начавшиеся в Петрограде волнения перекинулись и на Царское Село, часть войск взбунтовалась, и громадная толпа бунтовщиков – более 10 тысяч человек – двинулась к Александровскому дворцу. Императрица в тот день, 28 февраля, почти не выходила из комнаты больных детей. Ей докладывали, что будут приняты все меры для безопасности дворца. Но толпа была уже совсем близко – всего в 500 шагах от ограды дворца был убит часовой. В этот момент Александра Феодоровна проявляет решимость и незаурядное мужество – вместе с Великой княжной Марией Николаевной она обходит ряды верных ей солдат, занявших оборону вокруг дворца и уже готовых к бою. Она убеждает их договориться с восставшими и не проливать крови. К счастью, в этот момент благоразумие возобладало. Последующие дни Государыня провела в страшной тревоге за судьбу Императора – до нее доходили лишь слухи об отречении. Только 3 марта она получила от него краткую записку. Переживания Императрицы в эти дни ярко описаны очевидцем протоиереем Афанасием Беляевым, служившим во дворце молебен: «Императрица, одетая сестрою милосердия, стояла подле кровати Наследника. Перед иконою зажгли несколько тоненьких восковых свечей. Начался молебен… О, какое страшное, неожиданное горе постигло Царскую семью! Получилось известие, что Государь, возвращавшийся из Ставки в родную семью, арестован и даже, возможно, отрекся от престола… Можно себе представить, в каком положении оказалась беспомощная Царица, мать с пятью своими тяжко заболевшими детьми! Подавив в себе немощь женскую и все телесные недуги свои, геройски, самоотверженно, посвятив себя уходу за больными, [с] полным упованием на помощь Царицы Небесной, она решила прежде всего помолиться пред чудотворною иконою Знамения Божьей Матери. Горячо, на коленях, со слезами просила земная Царица помощи и заступления у Царицы Небесной. Приложившись к иконе и подойдя под нее, попросила принести икону и к кроватям больных, чтобы и все больные дети сразу могли приложиться к Чудотворному Образу. Когда мы выносили икону из дворца, дворец уже был оцеплен войсками, и все находящиеся в нем оказались арестованными».
9 марта арестованного накануне Императора перевозят в Царское Село, где его с нетерпением ждала вся семья. Начался почти пятимесячный период неопределенного пребывания в Царском Селе. Дни проходили размеренно – в регулярных богослужениях, совместных трапезах, прогулках, чтении и общении с родными людьми. Однако при этом жизнь узников подвергалась мелочным стеснениям – Государю было объявлено А. Ф. Керенским, что он должен жить отдельно и видеться с Государыней только за столом, причем разговаривать только по-русски. Караульные солдаты в грубой форме делали ему замечания, доступ во дворец близких Царской семье лиц воспрещался. Однажды солдаты даже отняли у Наследника игрушечное ружье под предлогом запрета носить оружие.
Отец Афанасий Беляев, регулярно совершавший в этот период богослужения в Александровском дворце, оставил свои свидетельства о духовной жизни царскосельских узников. Вот как проходила во дворце служба утрени Великой пятницы 30 марта 1917 года. «Служба шла благоговейно и умилительно… Их Величества всю службу слушали стоя. Перед ними были поставлены складные аналои, на которых лежали Евангелия, так что по ним можно было следить за чтением. Все простояли до конца службы и ушли через общее зало в свои комнаты. Надо самому видеть и так близко находиться, чтобы понять и убедиться, как бывшая царственная семья усердно, по-православному, часто на коленях, молится Богу. С какою покорностью, кротостью, смирением, всецело предав себя в волю Божию, стоят за богослужением».
На следующий день вся семья исповедовалась. Вот как выглядели комнаты царских детей, в которых совершалось Таинство исповеди: «Какие удивительно по-христиански убранные комнаты. У каждой княжны в углу комнаты устроен настоящий иконостас, наполненный множеством икон разных размеров с изображением чтимых особенно святых угодников. Перед иконостасом складной аналой, покрытый пеленой в виде полотенца, на нем положены молитвенники и богослужебные книги, а также Святое Евангелие и крест. Убранство комнат и вся их обстановка представляют собой невинное, не знающее житейской грязи, чистое, непорочное детство. Для выслушивания молитв перед исповедью все четверо детей были в одной комнате…»
«Впечатление [от исповеди] получилось такое: дай, Господи, чтобы и все дети нравственно были так высоки, как дети бывшего Царя. Такое незлобие, смирение, покорность родительской воле, преданность безусловная воле Божией, чистота в помышлениях и полное незнание земной грязи – страстной и греховной, – пишет отец Афанасий, – меня привели в изумление, и я решительно недоумевал: нужно ли напоминать мне как духовнику о грехах, может быть, им неведомых, и как расположить к раскаянию в известных мне грехах».