Съемки фильма начались в августе 1973 года, но несколько раз прерывались.
10 октября 1974 года Климову передали из Госкино перечень поправок для обязательного исполнения. Режиссер сопротивлялся, не все удавалось отстоять. Например, требование убрать Цесаревича исходило от самого Ермаша: «Ты в своем уме? Как мы можем этого мальчика, которого на Западе возвели в ранг святого мученика, показывать? Это же значит — под дых бить. Тогда надо все объяснять, всю историю объяснять: а за что их вообще казнили… а так, мимоходом, нет, не пойдет!..»
Но больше всего страшил начальство момент возможных аллюзий. В картине был эпизод, в котором Вырубова по поводу царского премьера Горемыкина тяжко вздыхала: «О Боже, Боже! В таком возрасте и править такой страной!» Ермаш, уловив намек на кремлевских старцев, сказал Климову: «Умоляю тебя! Умоляю! Вырежи это немедленно, чтобы даже за пределы монтажной не вышло!»
Фильм «Агония» был закончен в чистовой редакции в 1975 году. На экран картину долго не выпускали. Ходили слухи, что кто-то из высшего партийного руководства ее посмотрел и остался недоволен [124].
Известно мнение, датированное 1 августа 1975 года, т. е. уже после всех переработок сценария, председателя КГБ СССР Ю. В. Андропова:
На киностудии «Мосфильм» закончена съемка кинокартины Э. Климова «Агония» по сценарию С. Лунгина и И. Нусинова, в которой показан «распутинский» период Российской империи. По имеющимся в органах безопасности данным, в этой кинокартине искаженно трактуются исторические события того времени, неоправданно большое внимание уделяется показу жизни царской семьи… [125].
В течение трех лет картина лежала без движения. Была полная неопределенность.
В 1978 году фильм вернули Климову на доработку. Позволили что-то доснять, перемонтировать. Воспользовавшись случаем, режиссер кое-что улучшил. Добавил цитату Ленина, снял своего друга Юрия Карякина и Ларису Шепитько в эпизоде. Только-только он успел это сделать, как появилась книга о Распутине «У последней черты» Валентина Пикуля, вслед за чем разразился грандиозный скандал. «Агонию» на экран решили не выпускать.
Пять лет Климову ничего не давали снимать. Только после трагической гибели в автокатастрофе Ларисы Шепитько ему позволили завершить начатую женой картину «Прощание с Матерой».
Но вот появился свет в конце туннеля. Климову было предложено сделать два варианта «Агонии». Один — полный, для заграницы. Другой — усеченный на час, для советского зрителя. Режиссер согласился только на полный вариант.
Вот как это вспоминал сам режиссер [126]: