В Швабии для своего подопечного, несовершеннолетнего герцога Германа III Швабского, король уладил несколько неотложных дел и отправился затем в Страсбург, где 24 июня 1004 года с ним едва не произошел трагический случай. Лишь благодаря счастливой случайности король остался жив. Дом, где происходило заседание суда с участием короля, внезапно обрушился без каких-либо к тому причин и внешних признаков. Хотя обломки погребли под собой всех находившихся там людей, а их число было достаточно велико, погиб только один – так, во всяком случае, описывает эту трагедию Титмар, – остальным удалось выбраться наверх, хотя многие получили ранения.
На середину августа Генрих II вновь назначил сбор войска в Мерзебурге, намереваясь выступить в очередной поход против Болеслава Храброго. Однако успеха его военная операция из-за разыгравшейся страшной непогоды не имела: реки из-за непрекращающихся дождей вышли из берегов, сделав невозможными какие-либо попытки воевать: Король и так уже только путем уговоров мог заставить войско двигаться вперед. Но внезапно он повернул армию на юг и совершил острожный разведывательный марш в Чехию. Одновременно одно из баварских военных подразделений должно было вступить в Чехию с запада, но по какой-то причине задержалось. Король в захваченном Зааце с надеждой ждал подкрепление из Баварии, а в Праге вспыхнуло восстание против Болеслава Храброго. С огромным трудом Болеславу удалось спастись бегством в Польшу. Не встретив сопротивления, король вошел в Прагу и назначил Яромира, брата Болеслава Рыжего, новым князем Чехии. Болеслав Храбрый потерял княжество Чехия окончательно.
В середине сентября Генрих II, поддерживаемый новым князем Чехии, Яромиром, повернул свои силы в направлении Мисьненских земель. Ценой больших потерь удалось захватить крепость Бауцен. Оборону крепости и Мисьненских земель король поручил сыну Экгарда Мейсенского, Гериману. Таким образом, он возвысил отпрыска маркграфа до статуса, которым обладал отец. В конце концов король вернулся назад в Мерзебург. Здесь он наконец решился освободить из-под стражи маркграфа Генриха Швайнфуртского и вернуть ему фамильные владения во Франконии.
Осень и зиму король провел в Саксонии. Рождество 1004 года двор отпраздновал в резиденции Дорнбург на Заале. Две очень тяжелые человеческие потери понес двор в это время. 4 ноября 1004 года умер герцог Оттон Каринтский. Его наследником стал сын Конрад. В конце 1004 года или начале 1005-го умер епископ Метца Адальберт. Преемником епископ хотел видеть своего племянника, которого тоже звали Адальберт, но которому к тому времени исполнилось всего пять лет. Генрих II назначил опекуном мальчика своего шурина Дитриха Люксембургского. Однако вместо порученного ему дела Дитрих начал кампанию по выборам себя на пост епископа, не спросив даже согласия короля. Вполне вероятно, король не обрушил весь свой гнев на непутевого родственника только из уважения к родственным чувствам жены, доводившейся тому родной сестрой. Впрочем, с официальным назначением Дитриха на пост епископа Метца король тянул до 1006 года. Следует отметить – проведенные королем назначения среди родственников жены, без предварительной проверки их в деле, очень скоро дали негативные результаты.
Весной 1005 года король обратил взоры на Нидерланды. Титмар, как единственный летописец, сообщал: король в Нидерландах воспользовался флотом, дабы защитить Лютгард, сестру Кунигунды и вдову графа Арнульфа Голландского, от западных фризов. Двор окончательно обосновался в Аахене и Утрехте. В мае 1005 года Генрих II назначил своего брата Бруно руководителем придворной канцелярии, которой, впрочем, последний руководил всего один год. Через год, в мае 1006 года, Бруно стал епископом Аугсбурга.
Из западных провинций король направился летом в Дортмунд, чтобы провести там заседание собора, где приняли участие не менее 15 епископов. Собор проходил 6 и 7 июля 1005 года. Во время проведения собора было принято несколько всеобъемлющих документов, вносивших существенные коррективы в повседневную жизнь простого народа. Сюда, например, относились некоторые изменения, касающиеся финансового обеспечения погребения умершего епископа: король и королева обязывались жертвовать в каждом таком случае 1500 пфеннигов из собственной казны, спасая, таким образом, многих малоимущих граждан от необходимости отдавать последнее из своего кармана. Также именно на соборе было принято решение о начале нового похода против Польши в конце лета того же года.