Ориген, Псевдо–Дионисий и преп. Максим, выйдя за рамки обычной полемики с еретиками, уже создали «системы» богословской мысли. «Система» преп. Иоанна Дамаскина совершенно иного рода. В ней нет ничего нового, в сущности это учебное пособие, в качестве такового она и использовалась в Византии в средние века. «Источник знания», основной труд Дамаскина, включающий «Диалектику», «О ересях вкратце» и «Точное изложение православной веры», является прежде всего удобным, сжатым изложением святоотеческого богословия. Однако если его изучать в свете многочисленных мелких произведений (кратких догматических трактатов, проповедей и гимнографических текстов), то окажется, что оно представляет собой нечто большее, чем простое повторение чужих идей. Сопоставляя троичную терминологию каппадокийцев, халкидонскую христологию, уточнения, внесенные в нее в VI веке, термины и идеи Дионисия и преп. Максима, преп. Иоанн Дамаскин раскрывает их внутреннее согласие и с помощью дополнительных источников — таких, как, например, сочинения Псевдо–Кирилла о Троице — приходит к окончательному синтезу.
Ставшие ныне классическими определения троичных и христологических терминов составляют наиболее интересную часть «Диалектики» Дамаскина. Вместе с тем, христианское значение этих терминов наиболее ясно раскрывается в контексте богословских рассуждений «Точного изложения православной веры». Например, преп. Иоанн определяет «природу» (jusis) как «вид, который не может быть разделен на другие виды», «особый вид» (eidikwtaton eidos)».
Таким образом, слово «природа» прежде всего указывает на различие; вспомним, что еще св. Афанасий употреблял его именно в этом смысле: тварное человечество и нетварное Божество суть две различных природы. Хотя природа и неделима на виды, она тем не менее может быть сложной; например, человек состоит из души и тела, а тело, в свою очередь, состоит из различных элементов. Эта комбинация образует природу, общую всем людям, всем телам и т. д. Однако для того, чтобы единство различных элементов могло рассматриваться как природа, оно должно быть неизменным. Другими словами, элементы действительно должны быть частями единой природы, их единство должно быть «природным», а не случайным или ограниченным во времени.
Поэтому нельзя сказать, что во Христе одна природа, ибо, с одной стороны, Божество существовало как совершенная природа до соединения, и, следовательно, не может являться «частью природы Христа»; с другой стороны, соединение Божества и человека представляет собой не общий случай, а совершенно уникальный, поэтому никакой особой «Христовой природы» не существует.
В то же время Дамаскин хорошо знает, что свв. Отцы, в частности св. Кирилл Александрийский, говорили о «единой воплощенной природе» Слова. Следовательно, он признает, что понятие «природа» может обозначать также конкретную реальность индивидуального существования (en atomw qewroumenh), и в этом смысле оно не совпадает с понятием общей природы, постигаемой «через созерцание» (yilh qewria) существ одного и того же вида. Следовательно, преп. Иоанн Дамаскин признает полную обоснованность Кириллова богословия с его акцентом на единстве «воплощенной» природы. «Исповедуем также, — пишет он, — единую воплощенную природу Бога–Слова, говоря воплощенную, означаем сущность плоти».
Иоанн утверждает, что вера св. Кирилла является общей для православных и монофизитов: она выражает реальность Воплощения Слова, воспринявшего не абстрактную человеческую природу, общую для всех, но природу конкретного индивидуума, воипостазированную в Сыне; в этом смысле христология св. Кирилла полностью сохраняет свою значимость для преп. Иоанна Дамаскина.
Ясно осознавая, что определения Собора 553 года представляют собой истолкование халкидонской веры в духе учения св. Кирилла, Иоанн, тем не менее, значительное место в своих богословских трудах уделяет опровержению севирианского монофизитства. Признавая, что они православны во всем, кроме отрицания Халкидонского Собора, он в то же время не видел никакой разницы между монофизитством Евтихия и христологией Диоскора или Севира. Тот факт, что последние отвергали Халкидон, несомненно, являлся для Дамаскина достаточным доказательством их принадлежности к евтихианству.