Между жалованными грамотами короля, позволяющими иезуитам иметь одно общежитие в Париже, и буллами римского папы, дающими им право устраивать всои коллегии где угодно, существует противоречие. Жалованные грамоты не определяют, будет ли парижское общежитие коллегий, или чем-нибудь иным. Если это учреждение не коллегия, то иезуиты по своему уставу и по буллам не могут иметь никакого имущества. Если же они хотят устроить коллегию, то их воспитанники, как не принадлежащие к ордену, ибо не приняли пострига, не могут опираться на жалованные грамоты, которые дают иезуитам лишь право иметь для себя общежитие.
Принимая во внимание злобу времени и сильное оскудение милостыни, тем более, что уже есть много существующих и разрешенных монастырей и общежитий, живущих подаянием, которым этот орден принесет большой ущерб, так как отвлечет от них пожертвования, следует спросить их мнения, как заинтересованной стороны. Точно также был бы нанесен вред богадельням и больницам и призреваемым в них беднякам, живущим милостынею»
Парижский архиепископ заявил, что усматривает в дарованных ордену привилегиях нарушение прав епископов и приходских священников.
Лукавое и не аргументированное заключение парижского архиепископа говорил, как относятся во Франции к римскому папе и борьбе с реформацией. В декабре 1554 года на иезуитскую тему высказался парижский университет:
«Так как все верующие и в особенности богословы должны быть готовы объяснить всем спрашивающим все, касающееся веры, нравов и назидания Церкви, то Богословский факультет счел своей обязанность. Удовлетворить желанию, запросу и намерению суда. Поэтому, прочитав и несколько раз перечитав и хорошо уразумев все статьи обеих булл пап Павла III и Юлия III и обсудив и рассмотрев их в течение нескольких месяцев, в различные времена и часы по обычаю, ввиду важности предмета, Факультет единогласно постановил настоящее решение, которое и почтительнейше представляется Святому Престолу.
Новый орден, присвоивший себе необычное название ордена Иисуса, принимающий в число своих членов всякого рода людей, как бы преступны, беззаконны и обесчещены они ни были, оскорбляет честь монашеского звания. Он совершенно ослабляет трудное, благочестивое и весьма необходимое соблюдение требований добродетели, постов, обрядов и строгости поведения. Он даже дает возможность слишком свободно покидать другие монашеские ордена.
Он противозаконно лишает их власти особ, как светских, так и духовных, вносит беспорядок, возбуждает жалобы в народе, тяжбы, пререкания, споры, зависть и всевозможную рознь. Поэтому, обсудив весьма тщательно и внимательно все эти вещи и многие другие, мы находим этот орден опасным для веры, могущим нарушить спокойствие церкви и уничтожить монашеский строй».
Парижский парламент назвал соратников Лойолы «безнравственным скопищем, в среде которого множество преступников, заведомых негодяев и незаконнорожденного отребья».
В 1555 году в Рим из Парижа приехал кардинал де Лоррен-Гиз с четырьмя докторами богословия парижского университета. В диспуте с Игнатием Лойолой и его соратниками они признали, что Богословский факультет дал свое заключение без знания дела. Иезуиты продолжали свою деятельность в Клермонской коллегии на территории парижского аббатства святой Женевьевы. Протестанты свободно действовали во Франции и преемник Лойолы Иаков Лайнес резко писал французской королеве Екатерине Медичи, итальянке и стороннице Общества Иисуса: «Желая заслужить симпатию самой ничтожной и презренной части населения, королева навлечет на себя ненависть самого многочисленного класса, наиболее достойного уважения. Католики решатся на все, если их доведут до отчаяния и если они составят план переменить правительство». В 1562 году по Сен-Жерменскому эдикту все церкви протестантов – гугенотов во Франции были конфискованы, а их религиозные собрания запрещены. Противостояние католиков и гугенотов закончилось ужасающей Варфоломеевской ночью во Франции в 1572 году.
В Швейцарии иезуиты появились в 1559 году, а первые коллегии ордена начали создаваться там с 1578 года. В Швеции иезуиты появились в 1574 году, но успехов не добились.
В 1580 году четырнадцать иезуитов во главе с Робертом Парсонсом и Эдмондом Кампионом приехали в Англию и Шотландию. Вблизи Лондона ими была основана коллегия.