Парижский университет был ведущим богословским учебным заведением в Европе. Само слово «университет», «universitas maristrorum et auditorum», «всемирное сосредоточие преподавателей и студентов», впервые было применено к Парижскому высшему учебному заведению. Устав Парижского университета, написанный английским ученым Курсоном, в 1200 году был утвержден французским королем Филиппом II. Со времен Карла V Мудрого университет в Париже стали называть «старшей дочерью французских королей». В 1252 году Роберт Сорбонн преобразовал богословский факультет Парижского университета в отдельное высшее учебное заведение, которое с гордостью стали называть «непрерывным галльским собором». Университет, имевший большие льготы и привилегии, с XIV века вмешивался в политические события во Франции и имел своих представителей в генеральных собраниях. Сорбонна всегда следила за чистотой католической религии, помогала Ватикану в борьбе с ересями. Во Франции изучение философской диалектики было объединено с богословием и под названием схоластики получило большую известность в Европе. В Париже начала XVI века преподавали светила науки Гомбо, Буханан, Говеа, Бюде, Латомус, Дантес, Ласкарис, Рамус, Саменьяк. С наступлением Реформации именно Сорбонна стала первой опровергать учение Лютера, Цвингли, Кальвина. В Парижский университет и Сорбонну со всей Европы стремились тысячи слушателей, желавших, правда, не только укрепиться в догматах христианской веры, но и ознакомиться с реформаторскими учениями.
Парижские профессоры проэкзаменовали тридцатисемилетнего Иниго Лойолу. Обучение в университете велось на латыни, и Лойоле было рекомендовано более основательно изучить латинский язык. Вообще, уровень его знаний, полученных в Испании, был признан элементарным. В Париже было много высших учебных заведений высокого уровня. В середине XIV века архиепископ Руанский Жиль Эслен де Монтегю основал в Париже Коллегию для изучения гуманитарных наук. Туда и поступил Иниго, которого во Франции стали звать Игнатием. Полтора года вместе с детьми Лойола изучал латинский язык и другие науки в парижской Коллегии Монтегю. Учиться было трудно, на саму учебу пришлось только шесть месяцев.
У Игнатия были деньги, собранные ему для учебы испанскими благотворителями. Он поселился в госпитале недалеко от Коллегии. Слово «hospitalis», объединяло в себе два значения – «странноприимный дом», в котором заботились о паломниках, и «больница». Свои деньги Игнатий отдал на хранение испанскому земляку, который их благополучно потратил. Милостыню испанцу в Париже подавали плохо, и из-за безденежья Лойола переселился в дальний госпиталь Святого Иакова в предместье Сен-Дени. Путь до Коллегии был долгим, а госпиталь закрывался рано. Игнатий был вынужден пропускать некоторые лекции, что сильно мешало учебе. Несколько часов Лойола тратил на дорогу, потом учился, потом просил подаяние, чтобы прокормиться. Несмотря ни на что, он продолжал работать над своими «Духовными упражнениями». Он видел, что мало преуспевал в изучении наук и не знал, что делать. Испанский монах посоветовал ему раз в год на два месяца ходить за сбором средств во Фландрию, где было множество благотворителей. Средств, там собранных, хватало на год, чтобы хоть как-то перебиться. Игнатий побывал во Фландрии весной 1529 года, осенью 1530 и осенью 1531 года, когда он побывал и в Англии. С 1531 года Лойола стал изучать философию и другие, как тогда говорили, свободные искусства, в основанной в 1460 году Коллегии святой Варвары. В январе 1532 года Игнатий Лойола получил диплом бакалавра свободных искусств, в марте 1534 года стал магистром. Осенью он уже изучал теологию. Современники и последователи отмечали, что отличительными чертами его характера были склонность к самым удивительным мечтаниям, стремление к самым невозможным подвигам и предприятиям, твердость воли в достижении поставленной цели.
Научные занятия и получение знаний Игнатий Лойола рассматривал как средство достижения поставленной цели – обращения язычников в христиан, христиан – в кающихся, презирающих все мирские соблазны. Об успехах Реформации Лойола в Испании слышать не мог, но во Франции многие профессора были заражены идеями Мартина Лютера.
Игнатий Лойола продолжал проповеди об умственной и телесной нравственности, на которые собирались массы людей. Однажды почти все студенты Коллегии оставили свои аудитории, чтобы послушать Лойолу. Профессора пожаловались ректору, требуя его высечь за бунт слушателей, но управляющий Коллегией святой Варвары особый совет монахов не стал этого делать. Три студента продали свое имущество, разделили деньги и поселились в госпитале святого Иакова, продолжая учебу. Это произвело большой переполох в Париже. Студентов не могли переубедить и с трудом вернули в университет, договорившись, что сначала они получат дипломы, а потом уже осуществят свои замыслы.