Работа шла сравнительно спокойно, пока речь шла о «старых годах» (три первых тома), хотя и тут конфликтов хватало. Михаил Антонович постоянно спорил с весьма вспыльчивым Тихомировым. Тот был ученым старой школы, почитавшим С. М. Соловьева за 29 томов русской истории, и презиравшим революционных демократов, как тогда говорили. Главный его аргумент был: «Но что же Ваши Герцен с Чернышевским написали?». Отец, для которого иерархия ценностей была противоположной, горячо спорил, но все же какие-то компромиссы удавалось достигать. Но чем становилось ближе к современности, тем ситуация обострялась. Четвертый том о 20–30-х гг. писался с огромным трудом, а по поводу последних десятилетий авторы и редакторы переругались, и мудрая Нечкина поняла, что писать об этом времени еще рано (в одном выступлении она сказала: «Мы идем по минированной целине»). Работа была прервана, издание осталось неоконченным. Сектор сохранился, став сектором историографии.
Алпатов активно участвовал в многотомнике и как автор. Еще работая в энциклопедии, он по вечерам допоздна сидел за столом и писал для первого тома главу о Т. Н. Грановском. Помню, как поздно вечером, когда все уже спали, он встал из-за стола и произнес: «Кончил Грановского!» (это были первые числа 1953 г.). Для второго и третьего тома он писал о большом числе историков-медиевистов конца XIX и начала ХХ в., о которых часто ничего не было известно, за исключением их сочинений. И ему все его «герои», начиная с Грановского, были интересны и как личности, он ходил в Ленинскую библиотеку, читал мемуары, переписку, выискивал биографические данные, искал у них живые человеческие черты. И ему важно было, сохраняя, разумеется, марксистский подход, охватить весь спектр направлений, учесть и либералов, и консерваторов, включая самые одиозные по тем временам фигуры. Например, он счел нужным остановиться на А. С. Вязигине, крайне правом историке, связанном с черносотенцами и расстрелянном в 1919 г. красными. Долго он выяснял биографию Л. П. Карсавина, про которого было известно, что он после эмиграции вновь оказался в СССР и после войны недолго преподавал в Вильнюсе, а дальше следы его терялись. Он посылал запросы в Вильнюс, где не могли назвать год смерти Карсавина, а потом через знакомого по МИФЛИ узнал, что тот был арестован и умер в советском лагере. Тогда этот ученый еще не был реабилитирован, однако Михаилу Антоновичу было важно включить в свою галерею историков и его. Сейчас имя Карсавина стало популярным (правда, больше пишут о нем как о философе, чем как об историке), но именно отец первым его вспомнил после полного забвения.
Однако историку хотелось иметь и собственную исследовательскую тему. Он, как и многие советские ученые его поколения, не любил «мелкотемья» и мыслил глобальными категориями. Его всегда волновала проблема славянофильства и западничества, выбора Россией своего исторического пути. Об этом он писал даже в личных письмах, а любимой его оперой была «Хованщина» Мусоргского, где он видел близкую ему историческую концепцию. И он выбрал для разработки тему «Русская историческая мысль и Западная Европа». Ему хотелось рассмотреть, как в России формировались знания о Западе и как на Западе формировались знания о России. Серия книг должна была охватить период от Киевской Руси до наших дней, Михаилу Антоновичу очень хотелось показать, как Россия долгие столетия металась между подражанием Западу и поисками собственного пути развития, пока не стала после Октября, наоборот, примером для остального мира. Тема, конечно, была очень широка, Недавно в журнале «Вопросы истории» опубликованы дневники М. В. Нечкиной, в которых о ее выборе Алпатовым написано в неодобрительном тоне: тема сама по себе интересна, но не Алпатову ей заниматься. По-видимому, она исходила, как когда-то Е. А. Косминский, из того, что человеку из деревни для ее разработки не хватит культуры.
Тем не менее, работа пошла, первая часть исследования в 1966 г. была защищена в качестве докторской диссертации (оппоненты Л. В. Черепнин, А. А. Зимин, В. Д. Королюк). Затем в 1973 и 1976 гг. вышли два тома, третий, незаконченный том вышел посмертно в 1985 г. Автор успел дойти примерно до середины XIX в. (с некоторыми пробелами). Алпатов писал «обобщающий» труд, не претендуя на открытие новых фактов и имен и основываясь на опубликованных отечественных исследованиях. Конечно, в его подходе была вторичность и компилятивность, особенно сказывавшаяся в зарубежной части: когда-то отец штудировал Фюстеля де Куланжа в оригинале, но теперь он уже отвык от чтения иностранных текстов и брал материал из публикаций по-русски (иногда в отношении англоязычных публикаций просил моей помощи). Но оценки его были, разумеется, собственными, и свою задачу он видел в том, чтобы разрозненные фрагменты свести в общую картину.