2000, декабрь. Награждение премией «Liberty» за «вклад в развитие российско-американских культурных отношений». Церемония в Нью-Йорке; http://www.emory.edu/INTELNET/alb1.html
2000. Премия журнала «Звезда» за лучшие публикации 1999 г. (статья «Русская культура на распутье», № 1, 2).
2001, 19–28 января. Первая выставка тактильного искусства (памяти Генриха Сапгира), Арт-Полигон, С.-Петербург. Сопровождающий текст – М. Эпштейна. Экспонат И. Даниловой и М. Эпштейна «Наши любимые книги».
2001, февраль. Инициатива празднования 23 февраля как Дня терминалий, возрождающего древний обряд почитания границ между частными владениями; http://www.topos.ru/veer/news12.htm
2001. Выход книги «Философия возможного», над которой работал с 1992 г. Перевод книги на английский вышел в 2019 г. Основание серии «Тела мысли» в издательстве «Алетейя» (СПб.), в сотрудничестве с Г. Л. Тульчинским.
2002, апрель–май. Позиция приглашенного Lindholm Professor в Университете Орегона (Eugene, Oregon). Циклы лекций по русской интеллектуальной истории и по западному и русскому постмодернизму.
2002–2005. Член и председатель комиссии по присуждению премии им. Альдо и Жанны Скальоне (Aldo and Jeanne Scaglione) за исследования славянских языков и литератур. Ассоциация современных языков США (Modern Language Association).
2002, сентябрь – 2003, май. Стипендиат Центра гуманитарных исследований Университета Эмори. Проект «Будущее гуманитарных наук: парадигматические сдвиги и возникающие концепты» (Senior Fellow, Center for Humanistic Inquiry, Emory University. Project: «The Future of the Human Sciences: Paradigmatic Shifts and Emerging Concepts»).
2003, 16 октября – 10 ноября. Русско-американская выставка тактильного искусства «Touch me» в музее А. Ахматовой в Фонтанном доме, С.-Петербург. Куратор А. Франц. Концепция и сопровождающий текст М. Эпштейна. Экспонат «Райский ком»; http://museum.ru/N14868; https://pavlova.ws/publication/34.php
2002, ноябрь. Статья о М. Эпштейне в ведущем американском академическом журнале «Хроника высшего образования» Питера Монагана (Peter Monaghan) «Герой культуры советской эпохи смотрит в будущее. Теперь в Эмори Михаил Эпштейн представляет новые способы мышления в гуманитарных науках» («The Chronicle of Higher Education». 22 ноября 2002 г. P. A16–A18; https://www.chronicle.com/article/A-Cultural-Hero-of-the-Soviet/34241).
2003, 4 мая. Первое возвращение в Москву после 13-летнего отсутствия. Лекции в РГГУ, Институте русского языка, Философском обществе. Возобновление коллективных импровизаций.
С 2003, май. Регулярное (очное и заочное) участие в конференциях Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН (2003, 2005, 2007, 2008, 2010, 2015, 2018 гг.) и публикации в его изданиях, в основном по вопросам лингвистической поэтики, лексического и грамматического развития языка, неологии, словотворчества.
С 2003. Регулярные публикации английских неологизмов на сайтe «Urban Dictionary» и др.
2003–2009, 2015–2016. Совместная работа с Сергеем Юрьененом над диалогической книгой воспоминаний и размышлений «Энциклопедия юности» (издания 2009 и 2017 гг.).
2003, 14 октября – 2009, 19 ноября. Регулярные публикации в сетевом журнале «Топос». Там же опубликована электронная версия статей «Проективного словаря философии». http://www.topos.ru/article/1729
2003, 6 ноября – 2010, 15 октября. Основатель и ведущий сообщества АИСТ – Ассоциации искателей слов и терминов – в Живом Журнале; https://ru-words.livejournal.com/?skip=260; https://www.livejournal.com/userinfo.bml?user=ru_words
2004. Выход книги «Знак_пробела. О будущем гуманитарных наук», где очерчиваются новые стратегии мышления и письма, идущие на смену постмодернизму и постструктурализму.
2004–2014. Выступления с докладами и лекциями в МГУ (философский и филологический факультеты), Высшей школе экономики, Институте философии, Институте языкознания РАН и в других вузах и исследовательских институтах Москвы.
2004, июнь. Цикл лекций «Гуманистика в XXI веке: парадигматические сдвиги и транскультурные ценности» в рамках Фулбрайтовской летней школы, РГГУ, Москва; https://www.rsuh.ru/news/detail.php?ID=31547
2005, июль. Лекции в Летней школе по этике, Институт философии РАН.
2005, 2006. Летняя школа для американских писателей в С.-Петербурге. Курсы лекций на английском языке «Непереводимая Россия». Выступления с докладами и лекциями на философском факультете СПбГУ, в Музее А. А. Ахматовой.
2005–2006. Выход двухтомника «Слово и молчание. Метафизика русской литературы» и «Постмодерн в русской литературе» в издательстве «Высшая школа», Москва.
2005–2007. Авторская серия «Радуга мысли. Собрание работ в семи цветах» в издательстве «Бахрах-М», Самара. Планировалось издание 18 книг по 7 дисциплинам: философия, мифология и религия, лингвистика, культурология, литературоведение, идеография, эссеистика. Вышли три книги: «Новое сектантство», «Великая Совь» и «Стихи и стихии».