Нисколько не скрывает Иван Михайлович своих разногласий с Голубятниковым, возникавших по ходу совместной поездки и составления плана. Он посвящает в них участников совещания, частенько даже приглашая их взять на себя роль третейских судей. «Здесь мы с Голубятниковым скрестили шпаги. В протоколе имеется особое мнение Губкина и особое мнение Голубятникова, и Азнефти приходится решать самой, к какому мнению ей присоединиться…» «По поводу разведки этих куполов у нас с проф. Голубятниковым опять вышел большой спор…» Демократичность подобного рода обсуждений ясна, и, может быть, она-то больше чего другого способствовала поддержанию авторитета «нефтяного комиссара» среди рядовых техников.
В архиве Азнефти немало материалов, свидетельствующих, что связь Губкина с Баку не прерывалась ни на день даже тогда, когда он уезжал в Москву или в нефтеносные районы страны. Еще до революции выдвинул Иван Михайлович необходимость создания в Азербайджане научного центра по изучению нефти; теперь такой центр возник — Азербайджанский филиал Академии наук; во главе его стал Губкин. В архиве есть любопытный документ: договор Азнефти с Московской горной академией (в лице Ивана Михайловича) о Производстве геологоразведочных и топографических работ на юго-западе Апшеронского полуострова и составлении пятилетнего плана (от 1 октября 1925 г.). Тем этот документ любопытен, что фиксирует появление избыточной, не предусмотренной сметой и штатами производственной единицы: обычная уловка Ивана Михайловича, когда под рукой не хватало организационных форм для того, чтобы по локоть влезть в захватившую его проблему. Так, несколько позже создал он при Московском отделении Геолкома, которым заведовал, комиссию по поискам уральской нефти: она должна была собрать и обобщить все сведения 6 жидких углеводородах Заволжья. «Какое отношение уральская нефть имеет к Московскому отделению?» — возмутился Геолком. Комиссию прикрыли, однако в кабинете Ивана Михайловича скопилось несколько десятков толстых папок, перевязанных тесемочками…
В письме от 4 июня 1923 года на имя Серебровского Губкин настоятельно советует продолжать опыты по установке глубинного насоса. Это приспособление позволяет эффективно извлекать на поверхность нефть. При Губкине Азербайджан превратился в своеобразный испытательный полигон новейшей техники. Иван Михайлович активно и радостно поддерживал Матвея Капелюшникова, изобретавшего турбобур. В 1923 году Капелюшников предложил первый его вариант, испытанный через два года в Хоросанах; еще через два года испытания были перенесены в Сураханы и прошли успешно. В 1928 году на промыслах работало уже восемнадцать станков турбинного бурения, в 1930-м — тридцать. Забойный двигатель для вращательного бурения — первый в мире — был создан в Баку.
На примере разведки КМА Губкин убедился, как много могут помочь геофизические методы «просвечивания» земных недр (сейчас это аксиома, тогда приходилось доказывать и «пробивать»).
Поэтому и в АзССР он всячески поощрял каротаж скважин, гравиметрию и аэрогеофизику. (В 1923 году инженер С.Р. Зубер — тоже один из первых в мире — произвел с аэроплана фотосъемку. Он летал над островами Бакинского архипелага.)
Изучив старые месторождения Азербайджана, Губкин доказал, что они далеко еще не раскрыты до конца (он выражался так: «Мы до самого дна их еще не докопались»). Им составлены были проекты глубокого бурения — до 1,5–2 тысяч метров. Проекты, обдуманные всесторонне и расчетливо: как всегда, у Губкина ни одна из скважин, заложенных по его расчетам, не промахнулась. В Ленинском районе была установлена нефтеносность кирмакинской и подкирмакинской свит, в Сура-ханах — горизонты V-в и V-1, на Биби-Эйбате XVI пласт и свита XVI пласта и т. д. Профессор Лисичкин отмечает как образец дальновидности и рачительности то, что «Губкин предлагал вовлекать в эксплуатацию малодебитные скважины, которые из-за недостатка оборудования были заброшены (а таких скважин было много). Эти скважины могли давать от 1,5 до 5 тонн в сутки нефти. Он считал также необходимым имевшиеся семьсот скважин в Азнефти, заброшенные по тем или иным причинам, тоже вовлечь в работу. По его расчетам, они могли давать в год до 1,8 миллиона тонн нефти. Кроме того, он предлагал добурить незаконченные скважины, что проще и дешевле, чем бурение новых скважин».
Приезд Губкина всегда был для бакинцев большим событием; его ждали. К нему приурочивали совещания, разбор новых карт, утверждение отчетов и другие важные дела. «Вот уж Губкин приедет, тогда…» Останавливался Иван Михайлович в гостинице «Новая Европа», извлекал из чемодана толстовку, панамку и краги… По вечерам в номере собирались инженеры. А целыми днями он пропадал в поле. Почти каждый год вступало в эксплуатацию новое месторождение… Кара-Чухур, Зых, Лок-Батан…