Члены потанинского кружка молодежи, объединенные идеями «сибирского патриотизма», при случае открыто и с естественным молодым задором высказывали свои «крамольные» идеи. Ведь считалось «крамольным» употреблять в разговоре, а тем более в печати, выражения «наша Сибирь», «мы сибиряки», т. е. выделять себя из общего отечества. Нельзя было любить Сибирь, можно было любить всю Россию. А кружок мечтал об основании журнала, который преследовал бы специальную цель развивать любовь к Сибири. Однако практическая деятельность в этом направлении была почти невозможна, и члены кружка ограничились тем, что организовали сбор денег в помощь студентам-сибирякам, учившимся в Петербурге и Москве. Но и тут встретилось затруднение: из столицы от студентов поступил запрос, выдавать ли деньги всем сибирякам или только «сепаратистам». Под последними подразумевались те, которые брали на себя обязательство по окончании учения возвращаться в Сибирь и служить на родине. Так как жизнь в Европейской России была привлекательнее, среда образованнее и многие учащиеся сибиряки не хотели брать на себя такое обязательство, сибирская колония в столицах соответственно разделилась на два лагеря, из которых один стал называться лагерем «сепаратистов».
История этого словечка такова: монархист и реакционер Катков[19] в «Московских ведомостях» в то время печатал ряд статей, в которых обвинял окраины в «сепаратизме», т. е. в стремлении отделиться от России. Он обвинял в сепаратизме Украину, открыл его в Донском войске. Сибиряки, не желавшие возвращаться в Сибирь, подхватили словечко «сепаратизм» и стали называть «сепаратистами» тех, кто хотел вернуться в Сибирь. Представители движения «сибирского патриотизма», в том числе и члены потанинского кружка молодежи, не разобравшись в провокационном характере катковского словечка «сепаратисты», с некоторым задором сами стали называть себя «сепаратистами», хотя даже и наиболее революционные элементы этого движения никогда и в мыслях не имели отделения Сибири от России.
Волна общественного пробуждения 60-х годов докатилась уже до Томска. Образовались кружки, в которых рассуждали о политике, читали литературные новинки, иногда подпольные листки, между прочим доставленную из Лондона прокламацию Герцена «К молодому поколению», вызывавшую восторг у томской молодежи. Все это, конечно, было известно жандармам. Особенное подозрение возбуждал кружок «сепаратистов» Потанина. И вот однажды, когда члены этого кружка отправились на загородную заимку одного из них, на речке Киргизке, и бродили по тайге, к ним явился полицейский и объявил, что все они арестованы.
Пришлось вернуться в Томск. Потанина объявили под домашним арестом, к дверям его квартиры поставили жандарма; потом к нему явился жандармский полковник, произвел обыск, в результате которого забрал десятка два писем.
Вскоре арестованных Потанина, Ядринцева и Колосова увезли в Омск и посадили в разные камеры городского острога. Это было в 1865 г. В следственной комиссии Григория Николаевича допрашивали о всех лицах, упомянутых в письмах его друзей к нему и в его письмах к ним. Он догадался, что и у них были сделаны обыски. Спрашивали, чем каждое лицо занимается, с какой целью завелось знакомство, были ли беседы о недостатках государственного режима. В руках комиссии оказалась и статья Потанина, напечатанная в «Военном сборнике», в которой он описал, как казаки ходят в киргизскую степь на пикетную службу. Его спросили, не имел ли он намерения поселить в казаках неудовольствие правительством, изображая их условия жизни в непривлекательном свете. Выяснилось, что все дело возникло в связи с маленькой прокламацией, в которой правительство обвинялось в угнетении Сибири и народ призывался к восстанию. Эту прокламацию случайно нашли в корпусе у одного кадета, который получил ее от другого кадета, брата офицера, друга Потанина. Кадет нашел ее в столе своего брата, заинтересовался ею и принес в корпус, где она пошла по рукам. Обыск у офицера, взятие писем Потанина, Ядринцева и других вызвали громкое дело о сибирских «сепаратистах», к которому привлекли также Щапова, Шашкова, Щукина из Иркутска и других лиц из Москвы и Уральска.
Происхождение этой прокламации и другой, более пространной и резкой, найденной у Щукина, комиссии не удалось раскрыть, но на основании писем она выяснила всю деятельность друзей Потанина в Петербурге и в Сибири, их намерения изучать интересы Сибири и отстаивать ее нужды, их разговоры о возможном отделении Сибири от России в далеком будущем. Убедившись в этом во время следствия, Григорий Николаевич написал признание, в котором заявил, что главным агитатором в кружке был он, что при случае он говорил о возможном отделении Сибири, но только с целью поразить этими словами равнодушное сибирское общество и заставить его задуматься над вопросом о причинах, препятствующих культурному и экономическому развитию Сибири.