Григорий Николаевич узнал, что открывается место секретаря томского статистического комитета, которое соответствовало его (наклонностям. Он поехал в Томск и представился губернатору Лерхе. Последний сообщил, что организация статистического комитета предположена только на будущий год, а пока предложил Григорию Николаевичу службу в губернском совете и выделил для него делопроизводство по крестьянским и «инородческим» делам. Таким образом, Григорий Николаевич сделался столоначальником, канцелярским чиновником, вместо путешественника, разъезжающего по краю с ученой целью. Он согласился считая, что это продлится не долго.
Потанин углубился в дела по освобождению крестьян, прикрепленных к алтайским заводам, и по улучшению быта «инородцев»; последнее дело тянулось уже 40 лет и достигло толщины в целый метр. Григорий Николаевич использовал его для составления статьи о географическом распределении туземных племен в Томской губернии, которую послал в Географическое общество. Он принял также участие в местной газете и привлек к этому своего друга Ядринцева, вызвав его из Омска, а также бывшего кадета Колосова, служившего у золотопромышленника в Забайкалье. Позднее все трое вызвали в Томск писателя Шашкова, временно преподававшего в Красноярске в женском училище и прочитавшего там несколько публичных лекций по истории Сибири. Лекции эти взволновали весь город, так как в них ярко были освещены нравы старого чиновничества, его произвол, взяточничество, казнокрадство и издевательство над населением. Эти лекции были повторены в Томске и имели большой успех. На последней лекции Шашков провозгласил, что сибирякам нужен свой университет, и весь переполненный зал приветствовал это заявление аплодисментами и сочувственными криками. Эту лекцию Шашков закончил цитатой из статьи Щапова о сельской общине, в которой говорилось о новгородском вече; она кончалась словами, что нам нужны такие же новые земские советы и такой же новый великий земский собор.
Пропаганда необходимости создания сибирского университета встречала много противников. Генерал-губернатор Восточной Сибири Муравьев-Амурский боялся, что университет будет рассадником сибирского сепаратизма. В реакционной части русской литературы давались советы правительству не поощрять развитие гражданской жизни в Сибири, а идея создания в Сибири университета объявлялась вредной, мешающей сосредоточить внимание на более важных государственных вопросах. Томское чиновничество было возмущено лекциями Шашкова и пожаловалось на него губернатору, который вызвал к себе лектора. Но он не мог их запретить, так как Шашков показал, что он читает лекции по тексту своих напечатанных статей, согласно правилам того времени.
В ту же зиму освободилось место преподавателя естественной истории в мужской и женской гимназиях, и общий директор обеих предложил Григорию Николаевичу преподавать этот предмет до лета. Это занятие очень увлекло Потанина. Он тщательно готовился к урокам и сделал их очень интересными. Но томские обыватели, очень мало читавшие, были напуганы проникавшими из столиц слухами о новых идеях, о нигилистах, готовых ниспровергнуть установленный «порядок». Всякий появлявшийся в городе новый человек, не похожий на обыкновенного обывателя, вызывал подозрения. Григорий Николаевич, приехавший из столицы, также был взят на подозрение как нигилист. Как ему передавали, одна домовладелица, мимо дома которой он проходил, при виде его всегда испытывала тревожное чувство и говорила: «Вот этот человек подожжет мой дом».
Григорий Николаевич Потанин благодаря своей прямоте и активности вскоре занял видное положение в кружке молодежи Томска, членов которого объединяли идеи так называемого «сибирского патриотизма», позднее ставшего называться,— впрочем, как мы увидим ниже, совершенно ошибочно — даже «сибирским сепаратизмом». Прогрессивная роль всего движения «сибирского патриотизма» заключалась в том, что это движение, провозгласив своим лозунгом мобилизацию сил сибирской интеллигенции на борьбу за культурный и экономический подъем Сибири, уже по одному этому объективно сделалось центром объединения и сплочения всех элементов, недовольных колониальной политикой русского царизма в Сибири. А тем самым оно, естественно, постепенно подводило наиболее решительную часть своих учеников к позициям тогда только складывавшегося революционного народничества 60—70-х годов. Царское правительство быстро учуяло эту невидимую на поверхности революционную струю в движении «сибирского патриотизма» и, конечно, отнюдь не без основания, объявило «крамольными» казавшиеся невинными идеи этого движения.