Сдал Котовского кто-то из подельников, прельстившись наградой и амнистией. Имя предателя до сих пор неизвестно. 24 июня 1916 года предатель явился в Кишиневе в губернское полицейское управление и сообщил, что Котовский скрывается в Бендерском уезде на хуторе Кайнары помещика Стаматова, где служит ключником (помощником управляющего), и имеет подложный паспорт на имя Ивана Ромашкина. Имение было обширное, разбросанное на десятки верст. Фактически же Котовский исполнял обязанности управляющего, поучая весьма приличное жалованье в 800 рублей в год. Днем он усердно трудился, объезжал все имение, строго спрашивал с батраков. Ночью же, на конях, со своими подельниками, часть из которых тоже служила у Стоматова, жег и грабил соседние имения. А когда надо было прищучить кого-нибудь в Одессе или Кишиневе, управляющий Романкин брал краткосрочный отпуск по семейным обстоятельствам.
В автобиографии Котовский утверждал, что и у Стоматова в имении занимался революционной работой: ««Веду агитаторскую и пропагандистскую работу среди рабочих, которые состоят из пленных австро-венгерцев, солдат русской старой армии больших возрастов и деревенской бедноты окружающих сел, которых работает в этом имении свыше трех тысяч человек. Веду также работу между частями сапер, роющими окопы на территории имения». Окопы копали на тот случай, если в Бессарабию придут австро-германские войска.
Сразу же в Бендерский уезд на автомобиле был направлен полицейский отряд во главе с кишиневским полицмейстером Славинским и кишиневским и кишиневским исправником Хаджи-Коли. Во избежание утечки информации, только они знали о подлинной цели миссии. Рядовых полицейских о задании проинформировали только тогда, когда оказались в имение помещика Недова, соседа Стоматова.
Доносчик получил искомые 2 тыс. рублей, а захватившие Котовского полицмейстер Славинский и исправник Хаджи-Коли – еще 5 тысяч.
Арест произошел 25 июня 1916 года. Брал Котовского старый знакомый – исправник Хаджи-Коли. Перед арестом за ним несколько часов следили. Григорий Иванович после физзарядки успел съездить в поле, распределить работу между батраками и к 12 часам вернуться в имение. Тогда-то его и взяли. Полицейские пришли, переодетые крестьянами, и завязали с Котовским разговор о найме поденщиками. Котовский заподозрил неладное и попытался ускакать. Но его блокировали на ячменном поле. При аресте атаман оказал сопротивление и был тяжело ранен в грудь навылет. Его сковали по рукам и ногам и под конвоем из 30 человек препроводили в Кишиневскую тюрьму. При обыске квартиры Котовского на хуторе был найден браунинг с одним патроном вместе с запиской: «Сия пуля при трудном положении принадлежала для меня лично. Людей я не стрелял и стрелять не буду. Гр. Котовский». Нашли также большую корзину с огромными камнями, заменявшими Котовскому гири. На полке лежала стопка брошюр по гимнастике, стояло несколько флаконов одеколона. В этот день Котовский оставил револьвер в кармане пальто, что существенно облегчило его поимку.
Впоследствии этот последний арест в рассказах Котовского оброс многими фантастическими деталями. Леонид Утесов передает один та кой рассказ: «Никогда не забуду рассказа Григория Ивановича о том, как за ним охотился целый отряд жандармов.
…Когда было обнаружено место его пребывания, он выбежал из своего убежища и бросился в степь, в хлеба. Жандармы начали прочесывать хлебное поле. Колосья были высокие, и Григорий Иванович лежал, прижавшись к земле, надеясь остаться незамеченным. Но вдруг перед ним возникла толстая, красная, мокрая от пота рожа жандарма. Несколько секунд они смотрели друг на друга.
– Я понял, – сказал Григорий Иванович, – что должен кончить этого человека, но так, чтобы рожь не колыхнулась. И рожь не колыхнулась…
Григорий Иванович рассказывал мне этот эпизод с какой-то особой, я бы даже сказал, скромной улыбкой, словно хотел убедить меня, что ничего особенного, сверхчеловеческого он не сделал, что сделал он только необходимое. Необходимое-то необходимое, но какие душевные силы надо иметь для этого!»
К счастью, подобное хладнокровное убийство Григорий Иванович совершил только в собственном богатом воображении. При последнем задержании Котовского, кроме его самого, никто не был ни ранен ни убит. А если бы даже один полицейский или жандарм был хот я бы ранен, Котовскому в военное время вряд ли бы удалось избежать смертной казни. Григорий Иванович это отлично понимал, и кровь старался не проливать.
Сопровождали Котовского в Кишинев Славинский, Хаджи-Коли, пристав 3-го участка титулярный советник Гембарский, помощник пристава Чаманский и околоточный надзиратель Садовский. Хаджи-Коли доносил в жандармское управление, что «беглый каторжник Григорий Иванович Котовский задержан 25 июня с. г. утром на вотчине Кайнары Бендерского уезда».