В первые дни военных действий в бассейне Азовского моря были вскрыты недостатки в организации сил и командования и особенно в организации управления ими. В середине мая учредили должность начальника (командующего) Морскими силами Черного и Азовского морей, подчинявшегося непосредственно командующему Морскими силами Республики. В оперативном же отношении он подчинялся командующим Юго-Западного и Кавказского фронтов. На эту должность назначили военного моряка А. В. Домбровского. Ему подчинили командующего Азовской флотилией (военного моряка Е. С. Гернета), начальника действующего отряда и укрепленного района северо-западной части Черного моря (военного моряка Н. А. Пини) и начальника укрепленного района Кавказского побережья (военного моряка А. А. Кондратьева). Такая реорганизация способствовала более успешным действиям Красного флота. При этом штаб командующего Морскими силами Черного и Азовского морей разместили в Мариуполе (там же находился штаб командующего Азовской флотилией). Разрозненные формирования [12] объединили в Азовскую флотилию, усилили ее катерами, переброшенными с Каспийского моря. Ядро флотилии составили канонерские лодки, сведенные первоначально в три дивизиона. С Балтики прибыл командный состав и матросы бывшего Балтийского флота. В Мариуполе оборудовали главную базу флотилии. Создали даже Мариупольскую морскую экспедиционную дивизию, которая должна была защищать главную базу флотилии с сухопутного направления.
Первые боевые столкновения противников произошли в Таганрогском заливе. Физико-географические условия позволяли у входа в этот залив создать мощную минно-артиллерийскую позицию, установив в проливе мины, а на Белосарайской и Долгой косах - артиллерийские батареи. В первых числах июня у входа в Таганрогский залив были выставлены мины. Всего же до сентября 1920 года в этом районе было выставлено более тысячи мин (в пять линий). Вход в пролив (у Белосайской косы) прикрывали батареи из 8- и 6-дюймовых орудий и постоянно дежурившая на фарватере плавучая батарея. Однако 9 июля белогвардейскому отряду удалось войти в Таганрогский залив и высадить войска полковника Назарова у Кривой косы.
В середине августа 1920 г. красная Азовская флотилия перешла к активным наступательным действиям. Красные спланировали высадку десанта в районе Геническа, а белые - в районе Ахтари. Причем обе стороны начали реализацию своих планов одновременно. Первым этапом плана красных было минирование Керченского пролива с целью воспрещения входа в Азовское море главных сил Белого флота. Руководил минными постановками командующий Морскими силами Республики А. В. Немитц. Лишь по случайности противники не встретили друг друга на этапе развертывания сил. Но поскольку в районе Ахтари практически без противодействия с 14 по 17 августа высадились белые войска генерал-лейтенанта С. Г. Улагая, красные вынуждены были отложить высадку десанта в Геническ и перенацелить свои силы против высадившегося противника, ограничившись лишь набегом сторожевых катеров на порт Геническ. [13]
19- 20 августа красная флотилия совершила набег на порт Ахтари, обстреляв его и выставив мины. На этих минах впоследствии подорвались миноносец «Жаркий» и транспорт «Волга». 23 августа красные высадили десант в районе северо-восточнее Ахтари, руководил высадкой командующий Морскими силами А. В. Немитц. В составе десанта было три морских полка, кавалерийский полк и одна батарея. Этот десант, так же как и высадка белых войск, прошел без противодействия противника. Красным десантом войска Улагая были поставлены в исключительно сложное положение, поскольку он не ожидал удара с тыла. В ходе высадки силы флотилии прикрывали район с моря, оказывали артиллерийскую поддержку и выставляли дополнительные минные заграждения. Врангель вынужден был отдать приказание на эвакуацию войск Улагая. При этом в связи с заминированном порта Ахтари погрузка белогвардейских войск осуществлялась в районе Ачуевской косы. Разведка красных с большим запозданием выявила начало эмбаркации противника. В район были направлены катера с задачей постановки мин на пути отхода транспортных судов противника, но корабли прикрытия не позволили им приблизиться к берегу. Десант Улагая был принят на транспорты и без потерь доставлен в Керчь.
С сентября развернулась борьба за господство на Азовском море. С учетом полученного опыта на судах Красного флота была организована боевая подготовка. Продолжалось усиление Морских сил вводом в строй новых кораблей. Численность Морской дивизии была доведена до 3400 человек. Азовскую флотилию переформировали в Действующий отряд Азовского моря, назначив его командиром С. А. Хвицкого. Отряд оставался в подчинении командующего Морскими силами Черного и Азовского морей.
15 сентября 1920 года произошел бой у Обиточной косы, в ходе которого победа, а следовательно и господство на Азовском море, была за Красным флотом. После этого боя контр-адмирал Н. Н. Машуков был отстранен от командования, вместо него назначили капитана 1 ранга М. А. Беренса. [14]