На этом историческом фоне прошли детство, юность и молодые годы родившегося 27 марта 1676 года Ференца, единственного сына избранного князем Трансильвании, но так и не правившего Ференца I Ракоци и его жены — хорватки Елены Зринской (по-венгерски Илоны Зрини), дочери хорватского бана Петера Зрини и Катерины Франгепан. В 1670 году Ференц I Ракоци в своем родовом замке Шарошпатак участвовал в так называемом заговоре Вешшелени — заговоре венгерских магнатов против Габсбургов, известном впоследствии как заговор «sub rosa» («под розой»), так как тайные сходки заговорщиков в 1666–1671 годах происходили в зале, украшенном готическим изображением розы на потолке. Участники заговора Петер Зрини — тесть Ференца I Ракоци, и брат матери его жены Ференц Криштоф Франгепан были казнены, а сам он чудом избежал этой участи, и только потому что его семья заплатила австрийской казне неслыханный выкуп в 400 000 форинтов. После смерти 8 июля 1676 года Ференца I Ракоци его вдова Илона Зрини 15 июня 1682 года с позволения австрийского императора повторно вышла замуж за мятежного князя Имре Тёкёли, младше ее на 14 лет, с 1679 года воевавшего с Австрией. Из мелких дворян, воинов пограничных крепостей, беглых крепостных крестьян, именовавших себя «скитальцами», он создал повстанческую армию «куруцев» («крестоносцев»). Армия Тёкёли успешно боролась с войском Габсбургов, и ему даже удалось основать в 1682 году в северных комитатах Венгрии собственное независимое княжество. Оттуда в 1683 году куруцкая армия Тёкёли как союзная туркам совершила поход на Вену. В этот многомесячный, полный опасностей и сражений поход князь взял своего пасынка, семилетнего Ференца, которого мать отпустила только потому, что его сопровождал воспитатель мальчика, гофмейстер двора княгини Дьёрдь Кёрёши. Спешившие на выручку австрийскому императору польские войска под предводительством Яна Собеского разбили куруцев в Моравии 26 августа 1783 года, а затем 12 сентября вместе с войсками кронпринца Карла Лотарингского нанесли сокрушительное поражение туркам в битве при Каленберге. Поражением окончилась и борьба куруцев, и в 1685 году князь Тёкёли был вынужден бежать в земли османской Турции, оставив свою жену Илону Зрини, двух ее детей от первого брака и их общую дочь в осажденном врагами замке Мункач (современный город Мукачево, Украина). Почти 3 года, с 1685-го по 1688-й, эта цитадель выдерживала осаду австрийских наемников, а ее хозяйка, облачившись в шлем и панцирь и ведя за руку детей, ежедневно обходила крепостные стены, вызывая бессильную ярость осаждающих. Отчаявшись взять неприступную крепость силой, австрийцы пошли на хитрость и передали княгине фальшивое письмо якобы от Имре Тёкёли, по которому она должна была подписать капитуляцию. Обман открылся уже в Вене, когда ее разлучили с детьми, лишили опекунства над ними и над принадлежавшим им огромным наследным состоянием семьи Ракоци и поселили под домашним арестом в августинском монастыре.
15-летнюю дочь Юлианну насильно увезли в монастырь святой Урсулы, 11-летнего сына Ференца втайне отправили в иезуитский колледж в Нойхаус под Прагой. По желанию своего крестного отца императора Леопольда I Габсбурга и опекуна — кардинала Леопольда Коллонича мальчик должен был избрать духовную стезю. И хотя святые отцы преуспели в том, чтобы молодой князь Ракоци, блестяще овладев латынью, немецким, французским, позабыл родной венгерский, они не смогли заставить его забыть, что он наследник венгерской свободы и знатнейшей аристократической фамилии Европы, в чьих жилах течет королевская кровь. Его бабушка Жофия Батори, полька по матери, по отцу была последней представительницей той самой ветви рода, откуда вышел Иштван Батори, трансильванский князь, избранный в 1576 году королем Польши и называемый в русской традиции князем семиградским Стефаном Баторием.