Акоста также побывал в Риме, где встретился с генералом ордена иезуитов Клавдием Аквавивой, а затем понтификом Климентом VIII. Он первым из членов ордена, вернувшихся из Нового Света, предпринял попытку убедить генерала, а затем и понтифика в том, что следует создать государство иезуитов, дабы показать Старому Свету, что возможно мирное и взаимовыгодное существование белого человека и индейца. Но смелые идеи учёного не вызвали интереса у генерала Аквавивы, и не нашли поддержку у Папы Римского. Ибо на создание нового католического государства нужны были деньги и немалые. А орден и казна Ватикана в то время не располагали необходимой суммой.
Хосе де Акоста также выполнил обещание, данное Пабло Арринаге в Куско и предоставил генералу краткое сообщение, основанное на докладе молодого иезуита, написанного когда-то для вице-короля Перу. Но Аквавива скептически отнёсся и к этому начинанию миссионеров, посчитав, что сведений касательно мифического города или королевства явно маловато. И одной загубленной экспедиции в дебрях Амазонии достаточно.
Впоследствии Хосе де Акоста в своём труде
После отъезда Акосты из Лимы Диего де Торрес долго размышлял над их последним разговором по поводу божественного города. И пришёл к выводу: возможно город существует, но никто точно не знает его местоположения – земли Парагвая обширны и малоизученны. Возможно, город и таит некую тайну, а возможно – нет. Он может потратить на поиски обиталища Тамандуаре много времени и все его усилия в очередной раз обернутся банальной экспедицией за золотом, которое пополнит испанскую казну.
Поэтому Диего убрал в «дальний ящик» свиток, подаренный Акостой, решив, что всему своё время.
Вскоре после этого в Лиме разразился скандал, главным виновником которого стал Блас Валера, друг и сподвижник Хосе де Акосты.
Блас родился в Перу в семье обеспеченного землевладельца Гарсиласо Валеры от его связи с красавицей индианкой Урпай, которую он и убил впоследствии от ревности. А так как ребёнок появился на свет в день святого Бласа, то и был назван его именем. Как только мальчик подрос, отец отдал его на обучение в Трухильо, а затем – в Лиму, где он и попал в школу доминиканцев, а затем – колледж иезуитов. Успешно завершив обучение, Блас стал новицием и вступил в орден иезуитов вместе с двумя другими метисами-чачапойцами.
По этому поводу у многих братьев-иезуитов имелись возражения. Но последнее слово оставалось за Херонимо Руисом дель Портильо, местным главой ордена (провинциалом). Он счёл, что юноши достойно прошли обучение и послушание, владеют кечуа и латынью и потому могут быть полезными ордену.
Затем юноши продолжили обучение в коллегии Сан-Пабло, где тщательно изучали теологию. Затем Бласа направили в Куско, где он проповедовал Евангелие. После знакомства с Хосе де Акостой, он испросил дозволения у ордена преподавать в университете Сан-Маркос, на что получил положительный ответ.
До 1582 года в жизни Бласа складывалось всё на редкость удачно, пока он не вступил в связь с некой индеанкой, дочерью одного из местных вождей, у которой родился сын. Однако, иезуит не признал своего отцовства. Несчастная индеанка смирилась со своей судьбой и сама воспитывала ребёнка.
Когда мальчику исполнилось шесть лет, с ним произошёл несчастный случай, и бывшая возлюбленная иезуита пришла к нему с ребёнком на руках, дабы просить о помощи. Блас ничего не смог сделать, ребёнок умер. Разгневанная индеанка учинила скандал, отголоски которого дошли до тамошней коллегии иезуитов.
Ректор коллегии отец Себастьян всегда отрицательно относился к пребыванию метисов в рядах ордена. Он тотчас воспользовался случаем, дабы избавиться от запятнавшего себя иезуита. В итоге отец Себастьян добился от генерала Аквавивы высылки за пределы Перу всех иезуитов-метисов. Но членства в ордене лишать их не стали.
Блас Перес Валера отправился в Испанию, в Вальядолид, где в это время обосновался Хосе де Акоста. Профессор по старой дружбе помог Бласу Валере устроиться преподавателем в колледж святого Николая.
Несмотря на скандал, случившийся в Лиме, руководство колледжа решило, что не стоит умолять заслуг опального иезуита перед орденом. Тем более, что к тому времени он завершил работу над следующими фундаментальными трудами: словарём языка кечуа, рукописью об обычаях народа Тавантинсуйу[24] (отдельные главы он вручил Хосе де Акосте ещё в Лиме); «Истории империи Инков» и «Новой Хронике и Добром Правлении».