На повестку дня ставился вопрос об эффективном функционировании системы управления государством, ключевым звеном в котором оставался человек, чиновник. Одной из целей, которую ставил перед собой Валуев, было желание усилить власть центра непосредственно на местах, где реально решался вопрос о Земле и Свободе — свободе личности и праве на землю. Этим целям впоследствии послужила земская реформа 1864 года, а затем те же принципы и подходы уже без участия Валуева были положены в основу Городового положения (1870).
На долю Валуева выпала самая трудная часть внутригосударственной работы — административные преобразования. Решение крестьянского вопроса стимулировало реформы в системе управления России. Каждая из выдвигаемых проблем смыкалась с другими, которые, в свою очередь, находились в зависимости от ряда противоречивых факторов. Министерство внутренних дел в ту пору было одним из главных, если не ключевым, а министр внутренних дел — едва ли не первым министром. Ведомство сосредоточивало в своих руках многочисленные функции, регулирующие жизнедеятельность гражданского общества. Правильнее сказать: жизнь россиян в мирное время. В его обязанности входило отнюдь не только обеспечение спокойствия и общественного порядка во всей империи, но и вопросы организации административного управления в губерниях, городах, волостях и уездах. Делать эту работу в России успешно мало кому удавалось. Отлаживать этот процесс, учитывая, как он складывался веками, было крайне трудно. Отсталый хозяйственно-экономический уклад, отсутствие транспортных коммуникаций, низкий уровень законности и законопослушания граждан, неграмотность значительной части населения — все это обусловливало управленческие задачи, одолеть которые было не под силу даже самым талантливым администраторам. Власть в центре и на местах исходила из собственного понимания целесообразности, руководствуясь принципом «что хочу, то и ворочу». Не случайно в русской истории практически нет имен государственных мужей, чьи заслуги в этом направлении были бы бесспорно признаны.
Валуев одним из первых попытался выстроить целостный взгляд на управление, оценить эффективность работы государственного аппарата. Стремясь проследить движение распорядительных функций от центра до конкретного присутственного места, указывая на уязвимые звенья, Валуев формулировал предложения по исправлению ситуации. Часто ему приходилось прибегать к тактике «прокладывания троп», когда вопросы делились на части, а их решение продвигалось в коридорах власти в зависимости от обстоятельств, прежде всего от настроения самого императора. Проводить в жизнь правительственные распоряжения, когда у каждого сановника имеется своя точка зрения, было непросто. Требовалось искусство политического маневрирования, умение лавировать. Любая постановка вопроса «ребром» не имела перспективы: всякая новация в управлении воспринималась с превеликой осторожностью. Принцип «недостатки всякого нового скрыты, а старого известны» в этой среде был особенно чтим, поскольку дело, которому служил Валуев, затрагивало самую тонкую и важную сферу — отправление властных функций. Время диктовало их перераспределение, а именно: передачу от столицы к периферии, и это встречало непонимание, а то и сопротивление. В таких ситуациях Валуеву помогали его красноречие, способность маневрировать, находить уклончивые ходы, альтернативные решения.