Увидев, что Помпей ускользнул, Цезарь направился со своими войсками в Рим и без сопротивления вошел в столицу 1 апреля 49 года до н. э. Собрав остававшихся в городе магистратов и сенаторов, он сумел сформировать новое правительство. Затем он конфисковал государственную казну, хранившуюся в храме Сатурна, и немедленно объявил набор в армию, дабы пополнить свои легионы. По свидетельству Плутарха, «народный трибун Метелл хотел воспрепятствовать Цезарю взять деньги из государственной казны и ссылался при этом на законы. Цезарь ответил на это: „Оружие и законы не уживаются друг с другом. Если ты недоволен моими действиями, то иди-ка лучше прочь, ибо война не терпит никаких возражений. Когда же после заключения мира я отложу оружие в сторону, ты можешь появиться снова и ораторствовать перед народом. Уже тем, — прибавил он, — что я говорю это, я поступаюсь моими правами: ведь и ты, и все мои противники, которых я здесь захватил, находитесь целиком в моей власти“. Сказав это Метеллу, он направился к дверям казнохранилища и, так как не нашел ключей, послал за мастерами и приказал взломать дверь. Метелл, ободряемый похвалами нескольких присутствовавших, вновь стал ему противодействовать. Тогда Цезарь решительно пригрозил Метеллу, что убьет его, если тот не перестанет ему досаждать. „Знай, юнец, — прибавил он, — что мне гораздо труднее сказать это, чем сделать“. Эти слова заставили Метелла удалиться в страхе, и все потребное для войны было доставлено Цезарю быстро и без помех»[100].
После этого Цезарь со свежими силами двинулся в Испанию, навстречу стоявшим там легионам Помпея. Их необходимо было обезвредить, чтобы обеспечить крепкий тыл перед военной экспедицией в Грецию. 2 августа 49 года до н. э. в сражении при Илерде (современная Лерида) Цезарь заставил капитулировать деморализованные помпеянские легионы, часть которых перешла на его сторону. Кроме того, ещё весной полководцы Цезаря подчинили острова Сардинию и Сицилию, высадка же в Африке обернулась крупной неудачей[101].
Вернувшись в Рим в конце ноября 49 года до н. э., Цезарь, ранее заочно провозглашенный диктатором (он занимал эту должность всего 11 дней), был избран консулом 48 года (вместе с Публием Сервилием Ватией Исавриком). Получив официальные полномочия, он решил не дожидаться, пока Помпей накопит значительные силы, и со своими легионами отплыл из Брундизия в Грецию. В январе 48 года до н. э. Цезарь высадился около города Орик и, захватив его и ещё несколько населенных пунктов, двинулся к портовому городу Диррахию — основной базе помпеянцев, но путь ему преградили легионы Помпея. В начале июля, после нескольких месяцев бесплодного маневрирования и позиционной войны, Цезарь потерпел серьезное поражение в бою при Диррахии. От неминуемой гибели его спасла лишь удивительная нерешительность Помпея, прекратившего преследование[102].
После поражения у Диррахия Цезарь в конце июля начал отступать в Фессалию. Помпей же двинулся за ним следом, намереваясь измотать обессиленного врага, тесня и преследуя его. Соратники Помпея, желавшие как можно быстрее уничтожить Цезаря и закончить войну, требовали от командующего более решительных действий. Они были так уверены в победе, что уже заранее стали распределять должности и награды. Именно они заставили колебавшегося Помпея устроить генеральное сражение[103].
Наконец, 9 августа 48 года до н. э. близ города Фарсал в Фессалии армии Цезаря и Помпея вступили в сражение[104]. Несмотря на то, что численность войск Помпея была почти в два раза больше, в битве главную роль сыграл именно полководческий талант Цезаря. По словам Плутарха, «когда Помпей с противоположного фланга увидел, что его конница рассеяна и бежит, он перестал быть самим собою, забыл, что он Помпей Магн. Он походил скорее всего на человека, которого божество лишило рассудка. Не сказав ни слова, он удалился в палатку и там напряженно ожидал, что произойдет дальше, не двигаясь с места до тех пор, пока не началось всеобщее бегство и враги, ворвавшись в лагерь, не вступили в бой с караульными. Тогда лишь он как бы опомнился и сказал, как передают, только одну фразу: „Неужели уже дошло до лагеря?“ Сняв боевое убранство полководца и заменив его подобающей беглецу одеждой, он незаметно удалился»[105].
Армия Помпея была полностью разбита, а сам он бежал. Добравшись до города Митилены на острове Лесбос, Помпей воссоединился с семьей и отплыл в Киликию, а затем посетил Кипр. Посоветовавшись с друзьями, воспрянувший духом полководец принял решение отправиться с флотом в Египет и просить помощи у юного царя Птолемея XIII, отца которого он некогда восстановил на троне. Помимо большого флота, у Помпея еще оставалось несколько легионов, стоявших в Африке. Узнав о прибытии римского полководца, советники египетского царя решили, что лучше избавиться от него, нежели ссориться с Цезарем. При высадке на берег 29 (или 28) сентября 48 года до н. э. Помпей был предательски убит[106].