Наместнические полномочия Цезаря в Галлии истекали 1 марта 50 года до н. э.[95] Он попытался их продлить, но безуспешно. Участвовать же в выборах консулов (на 48 год до н. э.) заочно, то есть не сдавая командования и не приезжая в Рим, Цезарю тоже не позволили, хотя он этого всячески добивался. Тогда один из его сторонников, народный трибун 50 года до н. э. Гай Скрибоний Курион, сначала сорвал обсуждение вопроса о назначении преемника Цезаря, намеченное на 1 марта 50 года до н. э., а затем в апреле решился провести через сенат довольно смелое предложение, согласно которому Цезарь и Помпей одновременно снимают все свои чрезвычайные полномочия, сдают провинции и распускают войска, дабы не создавать в государстве нежелательного политического дисбаланса и не допустить возвышения одного человека. Народ и часть сенаторов одобрили это предложение, но олигархи, выступавшие на стороне Помпея, сорвали его утверждение, требуя, чтобы Цезарь первым распустил свои войска и явился в Рим. 1 декабря этого же года состоялось очередное заседание сената, на котором снова был поднят вопрос о прекращении полномочий Цезаря. Сенат опять склонился к предложению Куриона, но сторонники Помпея во главе с консулом Марцеллом сорвали заседание. Более того, сам Помпей, подстрекаемый олигархами, решился, наконец, открыто выступить против Цезаря. 1 января 49 года до н. э., несмотря на примирительное письмо готового пойти на уступки Цезаря, зачитанное прямо на заседании сената, сенаторы все же высказались за лишение покорителя Галлии всех полномочий, повелев ему сложить командование и распустить свои легионы. В случае отказа он объявлялся врагом отечества. 7 января сенат ввел чрезвычайное положение и приказал Помпею, наделенному неограниченными полномочиями, набирать войска[96].
Цезарь оказался перед весьма сложным выбором: либо война с сенатом и Помпеем, то есть, по сути, со всей Римской республикой, либо забвение и смерть. После долгих и мучительных размышлений, он выбрал войну. У Цезаря была прекрасная, дисциплинированная, закаленная в кровопролитных боях с галлами армия. Войска же Помпея были раздроблены, находились в основном в провинциях и более десяти лет не участвовали в сражениях. Кроме того, на стороне Цезаря были некоторые представители римской политической элиты, на которых он мог опереться.
В ночь с 10 на 11 января 49 года до н. э. Юлий Цезарь форсировал со своими войсками пограничную реку Рубикон, которая являлась рубежом между Цизальпинской Галлией и Италией, и тем самым объявил войну Римской республике, ибо вступление проконсула с армией на территорию Италии воспринималось как военный мятеж[97]. По свидетельству Плутарха, когда Цезарь приблизился к реке, «он заколебался перед величием своего дерзания. Остановив повозку, он вновь долгое время молча обдумывал со всех сторон свой замысел, принимая то одно, то другое решение. Затем он поделился своими сомнениями с присутствовавшими друзьями, среди которых был и Азиний Поллион; он понимал, началом каких бедствий для всех людей будет переход через эту реку и как оценит этот шаг потомство. Наконец, как бы отбросив размышления и отважно устремляясь навстречу будущему, он произнес слова обычные для людей, вступающих в отважное предприятие, исход которого сомнителен: „Пусть будет брошен жребий!“ — и двинулся к переходу»[98].
Перейдя через Рубикон, Цезарь захватил Аримин (современный Римини) и затем уверенно двинулся в глубь Италии, занимая по пути близлежащие города, которые сдавались ему практически без боя. Серьезное сопротивление он встретил лишь у города Корфиния, где в середине февраля верные Помпею легионы попытались преградить ему путь, но затем капитулировали и перешли на его сторону. Рим охватила паника, Помпей еще 17 января принял решение об эвакуации и покинул столицу. За ним по его приказу последовали консулы, магистраты, многие сенаторы и всадники, бросив на произвол судьбы народ и государственную казну. Узнав об этом, Цезарь двинулся к порту Брундизий, где собрались бежавшие помпеянцы и верные им войска. В начале марта он подошел к городу и осадил его, рассчитывая пленить Помпея. Однако 17 марта Помпею со всем флотом удалось отплыть из Брундизия в Грецию, где он намеревался собрать большую армию и подготовиться к решающему сражению с Цезарем[99].