По происхождению он был эстонец и воспитывался у себя на родине, у дяди. Еще ребенком Карлуша Бэр старательно собирал раковины и окаменелости. Он очень дорожил своими сокровищами и так старательно их прятал, что часто потом и сам не мог найти.
Когда Карлу исполнилось одиннадцать лет, он попал в руки учителя — медика Гланстрёма.
— Что ты делаешь? — спросил его однажды Карл, увидев, что учитель держит в одной руке цветок, а другой перелистывает какую-то странную книгу.
— Я хочу узнать название этого цветка, — ответил учитель, большой любитель ботаники.
— Да разве это можно узнать по книге?
Гланстрём объяснил ему, как узнают по книгам названия растений, и Карл увлекся ботаникой. Определение растений стало для него чем-то вроде решения ребусов и загадок, и он готов был решать эти хитрые ребусы с утра до ночи. Одно огорчало: учитель был не очень силен в ботанике, и далеко не всегда он и Карл могли поручиться за правильность сделанных определений. Гланстрём не только приохотил мальчика к естествознанию: он соблазнил его и медициной. Карл начал мечтать о том счастливом времени, когда он станет врачом.
Мечтая о карьере врача, Карл попал в школу, в Ревель. Здесь вскоре его мечты стали иными: работа врача, целителя человеческих недугов, перестала соблазнять мальчика. «Я буду военным», — решил Карл и принялся изучать артиллерийское искусство и фортификацию.
Восемнадцатилетний Карл окончил школу, и перед ним встал вопрос: куда ехать учиться дальше. Он уже успел забыть о своих мечтах стать военным и собирался в университет. Отец предпочитал заграничные университеты, но Карлу хотелось остаться в России.
Он выбрал Дерпт: в Дерптский университет собирался поступить один из его приятелей.
— Хорошо, я отпущу тебя туда, — согласился отец после долгих споров с Карлом. — Но только на пробу — на один год. А там посмотрю, как и что…
Когда будущий студент въезжал в Дерпт, ему казалось, что он найдет здесь ответы на все интересовавшие его вопросы. «Мне показалось, что отсюда исходит сияние света на всю окрестную страну», — писал позже об этом дне Бэр. Он быстро разочаровался. Став студентом-медиком, Бэр не увидел ни одной лаборатории, даже анатомического театра не оказалось в недавно открытом и совсем еще не оборудованном университете. Профессора читали лекции скучно и неинтересно, да и откуда у них мог быть особый интерес к лекциям, когда, например, знаменитого ботаника Ледебура заставляли читать заодно и курс зоологии и даже минералогии. Конечно, Ледебур читал как попало и что придется. Только физиолог Бурдах порадовал молодого студента, да и то — читать-то он читал, но ничего не показывал. А какие же это лекции по физиологии, если на них не покажут ни одного опыта!
В 1812 году на Россию напал Наполеон со своими полками, собранными из всех стран Европы. Его генерал Макдональд повел армию на Ригу.
«На защиту родины!» — раздался клич среди студентов Дерпта, и многие из них — в том числе и Бэр — отправились защищать отечество. Воевать Бэру и его товарищам не пришлось: они были почти врачами, и их отправили работать в военные госпитали. В Риге свирепствовал тиф, и приехавшие студенты вскоре заболели. Выздоровев, Бэр попробовал лечить, но в военных госпиталях мало чему научился: больных было много, средств на лечение мало, порядка еще меньше. Правда, он выучился очень искусно шагать между наваленными прямо на пол больными, выучился узнавать температуру больного на ощупь и наливать лекарства прямо «на глаз», узнал, как ухаживать за больными, имея только воду, да и то сырую. Может быть, эти сведения и были очень полезны здесь, в военном госпитале, битком набитом тифозными больными, но на что они врачу, работающему в мирной обстановке!
«Мы были очень рады, когда Макдональд отступил от Риги и мы смогли возвратиться в Дерпт, — писал Бэр об этих героических месяцах своей жизни. — Сомневаюсь, чтобы мы принесли заметную пользу государству».
Должно быть, отец Бэра забыл, что отпускал сына в Дерпт только на год: прошло четыре года, а Карл продолжал числиться студентом и уже готовился к выпускным экзаменам. Темой для своей докторской диссертации он взял «Эпидемические болезни в Эстонии». Диссертация получилась очень недурная, а если добавить сюда, что в ней Бэр занялся кстати и этнографией, то она была и совсем хороша.
«Но я ничего не знаю, — сказал сам себе Бэр, получив диплом врача. — Как же я буду лечить?»
Доучиваться Бэр решил за границей. Отец дал ему на поездку немного денег и посоветовал быть поэкономнее: небольшой суммы должно было хватить на полтора года. Столько же Бэр занял у старшего брата и таким способом обеспечил себе два — три года заграничной жизни.
«Я буду изучать только практическую медицину. Никаких лекций: их уже было достаточно».
И Бэр отправился в Вену, где гремели имена Гильдебрандта, Руста, Беера и других знаменитостей медицины.
— Оставайся здесь, — уговаривал его в Берлине один из знакомых натуралистов. — Здесь такие лаборатории, такие музеи и библиотеки, здесь так читают лекции, что…