Как только стало ясно, что война неизбежна (это стало понятно всем после удара японского флота по Порт-Артуру 27 января 1904 г.), начались поиски полководца для Дальнего Востока. Через несколько дней после японской атаки на Порт-Артур и начала войны военный министр представил императору доклад, в котором представил собственное видение будущей кампании на Дальнем Востоке. Первая фаза — установление господства на море. Вторая фаза — оборона в Маньчжурии до тех пор, пока не будет достигнуто численное превосходство русской Маньчжурской армии над противником на континенте. Третья фаза — переход в наступление и разгром японских сухопутных сил в Китае и Корее. Четвертая фаза — вторжение в Японию и ее оккупация. Очевидно, ясность плана и величайший оптимизм побудили царя при выборе будущего командующего Маньчжурской армией остановить свой выбор как раз на военном министре.
Однако в России того времени все было не так просто. Дворцовые связи и родственность с императорской фамилией играли свою роль. Главнокомандующим всеми вооруженными силами на Дальнем Востоке являлся наместник адмирал Е.И. Алексеев — внебрачный сын императора Александра II, поэтому военному министру пришлось считаться с этим человеком. Дабы не мешать командованию, А.Н. Куропаткин назначался командующим сухопутными войсками в Маньчжурии с правом самостоятельно сноситься с императором и правительством. Но в любом случае двойное соподчинение в руководстве войсками не могло не иметь многочисленных негативных сторон в управлении армией на театре военных действий. Если же учесть, что Алексеев и Куропаткин терпеть не могли друг друга, так как Куропаткин справедливо полагал Алексеева бездарностью, в то время как Алексеев считал Куропаткина выскочкой, то оба штаба отдавали войскам свои приказы, часто противоположного свойства, и это сказалось на ходе войны.
По выбору А.Н. Куропаткина должность начальника штаба Маньчжурской армии занял ген. В.В. Сахаров, генерал-квартирмейстера — ген. В.И. Харкевич. Выбор начальника штаба обусловливался сложными перипетиями внутри русского генералитета, а именно — военное министерство от Куропаткина принял ген. В.В. Сахаров — брат начальника штаба Маньчжурской армии. Исследователи пишут: «Алексеев на все свои планы получал одобрение царя. Куропаткин шел против штаба главнокомандующего, прикрываясь авторитетом военного министра, который всегда стремился поддержать своего брата — начальника штаба Маньчжурской армии. Трения и взаимное подсиживание отрицательно влияли на деятельность русского командования в Маньчжурии»{128}. Характерно, что А.Н. Куропаткин взял в помощники Сахарова именно поэтому, так как в целом тот доверием главнокомандующего не пользовался. После проигранной Мукденской операции смещенный на должность командующего 1-й Маньчжурской армией Куропаткин взял к себе начальником штаба А.Е. Эверта, а В.В. Сахаров был снят со своего поста.
В свою очередь, генерал Харкевич являлся исследователем и популяризатором опыта Отечественной войны 1812 г. Намереваясь вести войну против Японии по образцу 1812 г., А.Н. Куропаткин и не мог подобрать себе иного помощника. Достижение численного превосходства, чтобы иметь возможность «задавить противника массой», на дальневосточном театре военных действий предусматривалось не ранее, чем через полгода после начала войны и перебросок войск. В первые полгода войны в Маньчжурию возможно было доставить не более 20 тыс. чел. в месяц. Поэтому отступление в глубь Китая, от китайско-корейской границы (Корея оккупировалась японцами) чуть ли не до Харбина, по мысли генерала Куропаткина, должно было измотать японцев. Тот факт, что китайцы являются нейтралами и будут поддерживать скорее ту сторону, которой будет сопутствовать успех, в отличие от 1812 г., где каждый шаг французов в глубь России вызывал новый всплеск народной партизанской войны, почему-то Куропаткиным не учитывался.